Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0016400

Sequence Length

1378 nt

GC Content

0.5414

AGCGCCCUACUGGACUUUUACAUGAAGAACAUCCUGAUGAGCAAAGUCAAGCCUCCGAAGUACCUGUUGGAUAGCUGUGCCCCUCUGCUCCGAUACCUGUCCCACUCAGAAUUUAAGGAUCUGAUACUGCCCACCAUACAGAAGUCCUUACUGAGGAGUCCAGAGAAUGUUAUUGAAACUAUUUCUAGUCUGCUGGCAUCAGUGACGCUUGACCUCAGCCAGUAUGCCAUGGACAUCGUGAAAGGACUGGCUGGUCACCUGAAAUCCAACAGUCCCCGCCUGAUGGAUGAAGCUGUGCUGGCACUGCGGAACCUGGCACGCCAGUGCAGUGACUCUUCGGCCAUGGAAUCCCUGACCAAGCACCUAUUUGCUAUCCUCGGAGGCUCGGAAGGAAAACUAACUGUUGUAGCCCAGAAGAUGAGCGUCCUCUCAGGGAUUGGGAGCGUCAGUCAUCACGUGGUGUCUGGACCUUCCAGUCAGGUCCUGAAUGGGAUCGUGGCUGAGCUGUUCAUCCCGUUCCUUCAGCAGGAAGUUCAUGAAGGGACCUUGGUACACGCUGUCUCAGUCCUGGCUCUCUGGUGUAACCGAUUCACUAUGGAAGUGCCCAAGAAGCUCACUGAAUGGUUCAAAAAAGCUUUCAGCCUUAAAACCUCCACAUCUGCGGUGAGGCAUGCCUACCUGCAGUGCAUGUUGGCCUCUUACCGGGGUGACACGCUGUUGCAGGCCCUGGACUUACUGCCCUUGCUCAUCCAGACAGUGGAGAAGGCAGCCUCCCAAAGCACUCAGGUUCCCACCAUCACUGAAGGGGUUGCCGCAGCCUUGUUGCUCUUAAAGUUGUCAGUGGCUGACUCACAGGCUGAGGCCAAACUGAGCAGUUUCUGGCAGUUGAUUGUGGAUGAGAAAAAGCAGGUUUUCACUUCUGAGAAAUUCCUGGUCAUGGCUUCAGAGGAUGCCCUGUGUACUGUGUUGCAUCUGACAGAGAGACUUUUCCUUGACCACCCGCAUAGACUCACUGGCAACAAAGUUCAGCAGUACCACCGGGCUCUGGUGGCGGUGCUCCUGAGCCGCACCUGGCACGUCCGCAGGCAGGCUCAGCAGACAGUUCGGAAGCUGCUGUCCUCUCUUGGGGGCUUUAAGCUGGCGCACGGACUCUUGGAGGAGCUGAAGACUGUCCUCAGUUCUCACAAGGUGCUGCCCUUAGAGGCUUUGGUGACUGAUGCUGGAGAGGUGACUGAGGCAGGCAAGGCCUACGUGCCUCCACGGGUCCUGCAGGAGGCUCUGUGUGUCAUCUCCGGUGUGCCAGGGCUCAAGGGUGAUGUCACCGACACUGAACAACUGGCCCAGGAAAUGCUGAUCAUCUCCCACCACCCAUCCUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-485.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -510.98

Frequency: 0.0000

Diversity: 382.49

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((((.((((((((((...((((((((.....((((((((..((..((((..((.......(((((((..((...........)))))))))...((((((.(((........(((((((((.(((.........)))...(((...((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).(((.((((....)))))))...(((((..(((((((....((((.....)))).....))))))))))))......(((((.(((.......))).)))))...(((((((((((..(((........))).)))))))))))))))))))))....)))((((((((...((((......))))......(((.(((((...((..(((.....)))....)).......))))).)))..))))))))((((((.(((((.((((....)))).)).))))))))))))))))))))).)))))))).))))..))))))))))..))).)))))...))))))))).).))))..((((((((((.(((((((((((..(.(((((((((((.....((((((.....((.((((..(((((((.........(((((.....((((.((((((......((((((.((((.((((((((((((((......)).)))))).(((......(((((((.....((....))..))))))).......)))....))))))))))..))))))..(((((((((.........((((.............)))).)))))))))(((((...))))).......((.(((((...)))))..)))))))))))).....)))))))))))))))).))....)))))).......(.((((((((((....))))))...)))).)((.(((.((....)).))).))((.(((.((((((......(((.(((.((...................)).))).))))))))).))).)).((((((((..((.((((((.((((((((..(((((((...((((.........))))..))))))).....((((((...((((((((((((....))))))....))).)))...))))))((((..((((((((.((...)).))))))))..)))))))))))).)))))).)).)))).))))))))))))))).))))))))))))(((.((((..((((....)))))))).))).(((((...((.....))))))).)))))))))))))((((((((.((((...)))).........(((....(((.(((.....))).)))..)))..))))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.((((.((((((((((...((((((((.....((((((((..((({((({,,{{,.,....{((((({.,((.{.......|,}|}}}}}}}.,,{|{{,,,((({....{{((((((((,(..{{.......,.))),..}||}}}||||||||,,,||{{{..(((.....}}}..})))}.(((.{(((....)))))))}}}||||({(((((({,,(.,(((((,,..|}||,.{{{||}}|||}|||,.{{{..,({((,(((,,,..{,||}.}||||,..(((((((((((..(((........))).))))))))))),,}}))))||.,,.||,,,{|{{|{,,.((((......)))).,,,..{{|,||{{|}..{|....{..,}}}))}.,..,}}}..,,)})))})))}.)))})|||((((((.(((((.((((....)))).))}}))))))))))),,))))},,})))})),,}))))))).))))))))..)))}}))))...))))))))).).)))).|((((((((((.(((((((((((..{.(((((((((((..,..((((((.{{.{({.((((..(((((((.........(((((.....(({{{((((((......((((((.((((.(((((((((.{((..(((((((.((.(((({{((({.....)))})}))).))..)))))))....))......}))}....})))))))))..))))))..((((((({(,...,,...,,,({,....,}}....)),,.)))))))))(((((...}}}}}.......||.(((((.,,)))}}..,,)))))))))).....)))))))))))))))).)).},.)))))),.|....,.(((({((((,....}}}))),..)))).|{{.(({.{(,.,,}}.}})||||{.{((.((((({......{{(.({{.,,..,|..||.......,},.,),))).))))))))}.})}.}}|(({(,{(({{((.((((((.((((((((,.(((((((...((((,{......}))))..)))))))..,..((((((...((((((((((((....))))))....))).)))...))))))((((..((((((((.({...}).))))))))..)))))))))))).)))))).)).}))))})))))))))))))).}))))))))))){{{.((({,,(({(,.,,}))}))}},))}.||||||..,,,,.}}}.,}}}}.)))))))))))))((((((((.((((...)))}.........{((....(((.(((.....))).)))..}}}..))))))).)