Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0016800

Sequence Length

2020 nt

GC Content

0.5446

GUUUCCGAGACACUAAAGCGUUUUGCAGGGAAGGUGACAACAGCCAGUGUAAAGGAACGGAGAGAAAUCCUCAGUGAACUUGGGAAGUGUGUUGCUGGAAAAGAUCUUCCAGAGGGAGCAGUGAAGGGGCUCUGCAAAUUGUUCUGCUUGACUCUGCAUCGAUAUAGAGAUGCAGCCUCCCGCAGGGCCUUGCAGGCAGCCAUCCAGCAGUUGGCUGAGGCCCAGCCAGAAGCCACUGCUAAGAACCUUCUACACUCUCUGCAGUCUUCUGGUAUAGGCUCCAAAGCAGGUGUUCCCAGUAAGAGCAGUGGCUCUGCCGCCUUGCUGGCCUUGACCUGGACCUGCCUCCUGGUGCGCAUUGUCUUUCCAUCGAGAGCCAAGCGACAAGGAGACAUCUGGAACAAACUGGUGGAAGUGCAGUGCCUGCUCUUGCUGGAGGUGCUGGGUGGCUCCCACAAGCACGCCGUGGAUGGUGCUGUGAAGAAACUCACGAAGCUGUGGAAAGAGAACCCCGGGCUGGUGGAACAGUACUUGUCAGCCAUUCUCAGCCUAGAGCCCAACCAGAACUAUGCUGGCAUGCUGGGGCUGCUGGUGCAGUUCUGCACGAGUCACAAGGAGAUGGACGUGGUCAGUCAGCACAAGAGCGCCCUACUGGACUUUUACAUGAAGAACAUCCUGAUGAGCAAAGUCAAGCCUCCGAAGUACCUGUUGGAUAGCUGUGCCCCUCUGCUCCGAUACCUGUCCCACUCAGAAUUUAAGGAUCUGAUACUGCCCACCAUACAGAAGUCCUUACUGAGGAGUCCAGAGAAUGUUAUUGAAACUAUUUCUAGUCUGCUGGCAUCAGUGACGCUUGACCUCAGCCAGUAUGCCAUGGACAUCGUGAAAGGACUGGCUGGUCACCUGAAAUCCAACAGUCCCCGCCUGAUGGAUGAAGCUGUGCUGGCACUGCGGAACCUGGCACGCCAGUGCAGUGACUCUUCGGCCAUGGAAUCCCUGACCAAGCACCUAUUUGCUAUCCUCGGAGGCUCGGAAGGAAAACUAACUGUUGUAGCCCAGAAGAUGAGCGUCCUCUCAGGGAUUGGGAGCGUCAGUCAUCACGUGGUGUCUGGACCUUCCAGUCAGGUCCUGAAUGGGAUCGUGGCUGAGCUGUUCAUCCCGUUCCUUCAGCAGGAAGUUCAUGAAGGGACCUUGGUACACGCUGUCUCAGUCCUGGCUCUCUGGUGUAACCGAUUCACUAUGGAAGUGCCCAAGAAGCUCACUGAAUGGUUCAAAAAAGCUUUCAGCCUUAAAACCUCCACAUCUGCGGUGAGGCAUGCCUACCUGCAGUGCAUGUUGGCCUCUUACCGGGGUGACACGCUGUUGCAGGCCCUGGACUUACUGCCCUUGCUCAUCCAGACAGUGGAGAAGGCAGCCUCCCAAAGCACUCAGGUUCCCACCAUCACUGAAGGGGUUGCCGCAGCCUUGUUGCUCUUAAAGUUGUCAGUGGCUGACUCACAGGCUGAGGCCAAACUGAGCAGUUUCUGGCAGUUGAUUGUGGAUGAGAAAAAGCAGGUUUUCACUUCUGAGAAAUUCCUGGUCAUGGCUUCAGAGGAUGCCCUGUGUACUGUGUUGCAUCUGACAGAGAGACUUUUCCUUGACCACCCGCAUAGACUCACUGGCAACAAAGUUCAGCAGUACCACCGGGCUCUGGUGGCGGUGCUCCUGAGCCGCACCUGGCACGUCCGCAGGCAGGCUCAGCAGACAGUUCGGAAGCUGCUGUCCUCUCUUGGGGGCUUUAAGCUGGCGCACGGACUCUUGGAGGAGCUGAAGACUGUCCUCAGUUCUCACAAGGUGCUGCCCUUAGAGGCUUUGGUGACUGAUGCUGGAGAGGUGACUGAGGCAGGCAAGGCCUACGUGCCUCCACGGGUCCUGCAGGAGGCUCUGUGUGUCAUCUCCGGUGUGCCAGGGCUCAAGGGUGAUGUCACCGACACUGAACAACUGGCCCAGGAAAUGCUGAUCAUCUCCCACCACCCAUCCUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-755.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -789.33

Frequency: 0.0000

Diversity: 574.25

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((....((((......((((((((...(((..(((((((.(.((((((.(((((...(.((((((.(((((...(((...(((((((.(((((.((((((......))))))..(((((((...((((((.((((((...(((((((..((..(((((((........)))))))..))..))))))).))))))(((((.(((((((((...((((((((...((((((((..(((((..(((...........)))..)))))))))))))....((((.....(((((((((((((((((....(((((...)))))))))))))..(((..(((((..((.(((((.((.(((.(((.(((((....))))).)))))))).))))).)))))))..))).(..((((((((.(((((..((((((((((((.((.(((((((..((((((((.((.((((......)))).(((((......)))))..)))))))...))).)))).((((((((((.(((.....)))...))))...))))))..)))))..)))).....(((((((.(((.((((((((....)))))))))))((.(((.((......))))).))....)))))))))))))))...))))).))))))))..)..))))).))))..))))........)))))...)))..))))))))).))))))))))))))))))))))))).))))).))).......)))))..(((((((((.((((.......((((((.((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).(((.((((....)))))))...(((((..(((((((....((((.....)))).....))))))))))))......(((((.(((.......))).)))))...(((((((((((..(((........))).))))))))))))))))))))).....(((.((.((((((((((......))))......((((.((((((((((((((...(((((((.(((((((....(((((((((.((((((((((((((.(((((.((((....)))).)).))))))))))))....)))))..)))))((.((((((((.((....((.(((((((((............)))))))))...)).....)).).))))))).))))))))))).)).))..((((((.....((.((((..(((((((.........(((((.....((((.((((((......((((((.((((.((((((((((((((......)).)))))).(((......(((((((.....((....))..))))))).......)))....))))))))))..))))))..(((((((((.........((((.............)))).)))))))))(((((...))))).......((.(((((...)))))..)))))))))))).....)))))))))))))))).))....)))))).......))))))))))).))))))))...)))))))))).)).))).))))))((((.((((((((((((((......(((.(((.((...................)).))).))))))))........)))))).))).))))..))))))))))).))(((((((...((((.........))))..)))))))(((.(((((....))))))))...)))))).)...))))).))))))((((.....((((..((((((((.((...)).))))))))..)))))))).((((((.(((.(((((((.....((((((((((..((((.(((((((((...)))....))))))((((((.(((.....))).)))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))................)))..)))))))).....)))).....))(........)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((....((((,.....{({{{||{,,.(((..((((({{.,,((((((,(,{((,,,({({(((,..|||{{{((({.,.(((((((.(((((.((((((......))))))..(((((((...((((((.((((((...(((((((..((..(((((((........)))))))..))..))))))).))))))(((((.(((((((((.,.{(((((((...((((((((..(((((..(((...........)))..)))))))))))))...,((({.....(((((((((((((((((,(({{.(((.{{|||}|}}}||}||..{{{..({(({..{(.(((((.((.(((.(((.(((((....))))).)))))))).))))).)}})}))..}},.|.,|||{{{|{,|||{|,,||||||||||||.{({{((((,{({(((((((,{((.((((,....,)))).{((((......))))}..)))))))...|||.,.,,.{(((((((((.({{,...,)))..,))}},,})))))).,)))},..}))}.,,,.{((((((.{((.{(((((((....)))))))))))({.(((.({......))))).))}}},))))))))}}))))).,.,}}}),}))))}}}..,..}}}}},)))),})}}}........)))))...}))..))))))))).))))))))))))))))))))))))).))))),{{{{....{{{{|||{{(,{{,{(...,,|,..}}},.,|||}}}|||||(((((.(((((..(((.....)))..))))).(((.((((,...)))))))...{((({.,(((((((.,..((((,...,)))).....)))))))))))).,,...(((((.(((.....,.))).)))))...(((((((((((..(((........))).))))))))))))))))|}}||{{{,{{,{,(({{(({{,((((......))))......((({,(((({{{(({{(((...{{{{{|{.{{{{{{{...,||||,|||{.((((((((((((((.(((((.((((....)))).))}})))))))))))....)))))..)))))||,|||||||{.{|,,.,{|,||||||{({,,.,...,,,,.})}}|||}|,,,||,,,{,}|,|,|||||||.,|}||||||||,||.,|..((((((.{{.,({.((((..(((((((.........(((((.....(({{{((((((......((((((.((((.(((((((((.{((..(((((((.((.((({{{((({.....)))})}))).))..)))))))....))......}))}....})))))))))..))))))..((((((({(,...,,...,,,({,....,}}....)),,.)))))))))(((((...}}}}}.......||.(((({.,,)))})..,,)))))))))).....)))))))))))))))).)).},.))))))..,....}}|}}}}}}}|.}}}}))))...,}))))})}}.}}|}}|,}}}}},{{{{.((({((({((((((......(((.(((.,,..,|..{{.......,,,.}),))).)))))))),..,,...}||}|}||||.||}||||||}|||||||{|.(((((((...((({,{......}))))..))))))),||,{((({{{..,{{{||||{{{||,,,,})}}}),,,,}))}})){,{||}||,((((..((((((((.({...}).))))))))..))))))})}|||{||,||||||{||||,,,,,|||||||||||,{|||,|||{{{{((...||},...|))))}((((({.({{....,))).}))))).)))))))))}))))))))))))))}}))})}.})}))))..,,}}},,,..}}},),|||,}}}}))),.,,,)))),,...)}{........)