Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0016900

Sequence Length

2051 nt

GC Content

0.5480

CAGCCCCGGCAGGAUGGCGGCGGACACGCAGGUUUCCGAGACACUAAAGCGUUUUGCAGGGAAGGUGACAACAGCCAGUGUAAAGGAACGGAGAGAAAUCCUCAGUGAACUUGGGAAGUGUGUUGCUGGAAAAGAUCUUCCAGAGGGAGCAGUGAAGGGGCUCUGCAAAUUGUUCUGCUUGACUCUGCAUCGAUAUAGAGAUGCAGCCUCCCGCAGGGCCUUGCAGGCAGCCAUCCAGCAGUUGGCUGAGGCCCAGCCAGAAGCCACUGCUAAGAACCUUCUACACUCUCUGCAGUCUUCUGGUAUAGGCUCCAAAGCAGGUGUUCCCAGUAAGAGCAGUGGCUCUGCCGCCUUGCUGGCCUUGACCUGGACCUGCCUCCUGGUGCGCAUUGUCUUUCCAUCGAGAGCCAAGCGACAAGGAGACAUCUGGAACAAACUGGUGGAAGUGCAGUGCCUGCUCUUGCUGGAGGUGCUGGGUGGCUCCCACAAGCACGCCGUGGAUGGUGCUGUGAAGAAACUCACGAAGCUGUGGAAAGAGAACCCCGGGCUGGUGGAACAGUACUUGUCAGCCAUUCUCAGCCUAGAGCCCAACCAGAACUAUGCUGGCAUGCUGGGGCUGCUGGUGCAGUUCUGCACGAGUCACAAGGAGAUGGACGUGGUCAGUCAGCACAAGAGCGCCCUACUGGACUUUUACAUGAAGAACAUCCUGAUGAGCAAAGUCAAGCCUCCGAAGUACCUGUUGGAUAGCUGUGCCCCUCUGCUCCGAUACCUGUCCCACUCAGAAUUUAAGGAUCUGAUACUGCCCACCAUACAGAAGUCCUUACUGAGGAGUCCAGAGAAUGUUAUUGAAACUAUUUCUAGUCUGCUGGCAUCAGUGACGCUUGACCUCAGCCAGUAUGCCAUGGACAUCGUGAAAGGACUGGCUGGUCACCUGAAAUCCAACAGUCCCCGCCUGAUGGAUGAAGCUGUGCUGGCACUGCGGAACCUGGCACGCCAGUGCAGUGACUCUUCGGCCAUGGAAUCCCUGACCAAGCACCUAUUUGCUAUCCUCGGAGGCUCGGAAGGAAAACUAACUGUUGUAGCCCAGAAGAUGAGCGUCCUCUCAGGGAUUGGGAGCGUCAGUCAUCACGUGGUGUCUGGACCUUCCAGUCAGGUCCUGAAUGGGAUCGUGGCUGAGCUGUUCAUCCCGUUCCUUCAGCAGGAAGUUCAUGAAGGGACCUUGGUACACGCUGUCUCAGUCCUGGCUCUCUGGUGUAACCGAUUCACUAUGGAAGUGCCCAAGAAGCUCACUGAAUGGUUCAAAAAAGCUUUCAGCCUUAAAACCUCCACAUCUGCGGUGAGGCAUGCCUACCUGCAGUGCAUGUUGGCCUCUUACCGGGGUGACACGCUGUUGCAGGCCCUGGACUUACUGCCCUUGCUCAUCCAGACAGUGGAGAAGGCAGCCUCCCAAAGCACUCAGGUUCCCACCAUCACUGAAGGGGUUGCCGCAGCCUUGUUGCUCUUAAAGUUGUCAGUGGCUGACUCACAGGCUGAGGCCAAACUGAGCAGUUUCUGGCAGUUGAUUGUGGAUGAGAAAAAGCAGGUUUUCACUUCUGAGAAAUUCCUGGUCAUGGCUUCAGAGGAUGCCCUGUGUACUGUGUUGCAUCUGACAGAGAGACUUUUCCUUGACCACCCGCAUAGACUCACUGGCAACAAAGUUCAGCAGUACCACCGGGCUCUGGUGGCGGUGCUCCUGAGCCGCACCUGGCACGUCCGCAGGCAGGCUCAGCAGACAGUUCGGAAGCUGCUGUCCUCUCUUGGGGGCUUUAAGCUGGCGCACGGACUCUUGGAGGAGCUGAAGACUGUCCUCAGUUCUCACAAGGUGCUGCCCUUAGAGGCUUUGGUGACUGAUGCUGGAGAGGUGACUGAGGCAGGCAAGGCCUACGUGCCUCCACGGGUCCUGCAGGAGGCUCUGUGUGUCAUCUCCGGUGUGCCAGGGCUCAAGGGUGAUGUCACCGACACUGAACAACUGGCCCAGGAAAUGCUGAUCAUCUCCCACCACCCAUCCUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-774.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -807.29

Frequency: 0.0000

Diversity: 593.64

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((.((((.(.(((.((..((((((((((((((((((((........)))))((((((...(((......(((((((........(((.(((.....)))..(((...(((((((.(((((.((((((......))))))..(((((((...((((((.((((((...(((((((..((..(((((((........)))))))..))..))))))).))))))(((((.(((((((((...((((((((...((((((((..(((((..(((...........)))..)))))))))))))....((((.....(((((((((((((((((....(((((...)))))))))))))..(((..(((((..((.(((((.((.(((.(((.(((((....))))).)))))))).))))).)))))))..))).(..((((((((.(((((..((((((((((((.((.(((((((..((((((((.((.((((......)))).(((((......)))))..)))))))...))).)))).((((((((((.(((.....)))...))))...))))))..)))))..)))).....(((((((.(((.((((((((....)))))))))))((.(((.((......))))).))....)))))))))))))))...))))).))))))))..)..))))).))))..))))........)))))...)))..))))))))).))))))))))))))))))))))))).))))).)))....(((((((((((....(((.(((.((((((..((((((.((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).(((.((((....)))))))...(((((..(((((((....((((.....)))).....))))))))))))......(((((.(((.......))).)))))...(((((((((((..(((........))).))))))))))))))))))))).....(((.((.((((((((((......))))......((((.((((((((((((((...(((((((.(((((((....(((((((((.((((((((((((((.(((((.((((....)))).)).))))))))))))....)))))..)))))((.((((((((.((....((.(((((((((............)))))))))...)).....)).).))))))).))))))))))).)).))..((((((.....((.((((..(((((((.........(((((.....((((.((((((......((((((.((((.((((((((((((((......)).)))))).(((......(((((((.....((....))..))))))).......)))....))))))))))..))))))..(((((((((.........((((.............)))).)))))))))(((((...))))).......((.(((((...)))))..)))))))))))).....)))))))))))))))).))....)))))).......))))))))))).))))))))...)))))))))).)).))).))))))...))))))...)))..))).....))))........)))))))....)))........))))))).......(((((((....((((((.((((((.((((((((..(((((((...((((.........))))..))))))).....((((((...((((((((((((....))))))....))).)))...))))))((((..((((((((.((...)).))))))))..)))))))))))).)))))).))..)))).....)))))))(((((.((..((((.......))))..))))))))))...)))))).)))))).))))))))).)).))).).)))).)))))((((((((.((((...)))).........(((....(((.(((.....))).)))..)))..))))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((({.,((((((((.((.((((,{{((((,,,{,{(((({,...,(({(,,,,({(((.(((((((..((((((((.{..,,..((({.{.{,..{{{({{((({,{,(((((((.(((((.((((((......))))))..(((((((...((((((.((((((...(((((((..((..(((((((........)))))))..))..))))))).))))))(((((.(((((((((.,.{(((((((...((((((((..(((((..(((...........)))..)))))))))))))...,((({.....(((((((((((((((((,(({{.(((.{{|||}|}}}||}||..{{{..({(({..{(.(((((.((.(((.(((.(((((....))))).)))))))).))))).)}})}))..}},.|.,|||{{{|{,|||{|,,||||||||||||.{({{((((,{({(((((((,{((.((((,....,)))).{((((......))))}..)))))))...|||.,.,,.{(((((((((.({{,...,)))..,))}},,})))))).,)))},..}))}.,,,.{((((((.{((.{(((((((....)))))))))))({.(((.({......))))).))}}},))))))))}}))))).,.,}}}),}))))}}}..,..}}}}},)))),})}}}........)))))...}))..))))))))).))))))))))))))))))))))))).))))}.{({{....,{{{{{||||,,,,{{.......,.)))}.,)}}))))))))||{{{|(((((..(((.....)))..))))).(({{({((((.,,||{|,.,,.,{||..,|}}|}|}},}}||||}}}.,))),...,.)))))))))))))))...(((((.(((.......))).)))))...(((((((((((..(((........))).)))))))))))|||,,{((((((((({.,((((.{,...((((......))))......(((.(((((...({..,{(...,.}}},,.,,},......))))).)))..((((((((((((((.(((((.((((....)))).))}})))))))))))....)))))..))))))))))))))},.}|||,|,},|((((({{{..|||,..,,..))))}))}),}}},,..}}))})})))||,}}}|||(((,((({({..,...,,|||,},}}|{,{{{|..,(({(({...{{{,.,{({|,....,|||}}||(((({.....((((((.((((.(((((((((.{((..(((((((.((.((({{{((({.....)))})}))).))..)))))))....))......}))}...,})))))))))..))))))}}||||||,||.....}},,}..|}}}}}}.))}}).)))..)))))))|,(((((...))))).......,{{(((((.{((((.((({..(((....)))....))))))))).)))))),}},,,.({((,,(({,...({((,,{(((({....}))))}.{{((((({((.{,.{((({.{{{.((((.((((((((((((((......(((.(((.,,..,,..{{........,,.}),))).)))))))),..,,...})))))}|)).))))}}|(({((((.{(({{,((((({...{((((({{{.{{{|,,,..,))||||((..((((((.{{{(((,{{((((((....)))))),,,,||,.((|(((||.||.((((..((((((((.({...}).))))))))..))))))})}))))}}))})))))),),))))).)))))},{{{(((((.(((((((((...))),...}))))){{{{{{,|{{...,,))),}))))).))))))))))})))))))))))))|,}||||.}}}))))}.,.))))}....})),,}))}},.|}))...,,))))},.)}},.,}}},,..)