Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0018700

Sequence Length

637 nt

GC Content

0.5259

GAUAGCUGUGCCCCUCUGCUCCGAUACCUGUCCCACUCAGAAUUUAAGGAUCUGAUACUGCCCACCAUACAGAAGUCCUUACUGAGGAGUCCAGAGAAUGUUAUUGAAACUAUUUCUAGUCUGCUGGCAUCAGUGACGCUUGACCUCAGCCAGUAUGCCAUGGACAUCGUGAAAGGACUGGCUGGUCACCUGAAAUCCAACAGUCCCCGCCUGAUGGAUGAAGCUGUGCUGGCACUGCGGAACCUGGCACGCCAGUGCAGUGACUCUUCGGCCAUGGAAUCCCUGACCAAGCACCUAUUUGCUAUCCUCGGAGGCUCGGAAGGAAAACUAACUGUUGUAGCCCAGAAGAUGAGCGUCCUCUCAGGGAUUGGGAGCGUCAGUCAUCACGUGGUGUCUGGACCUUCCAGUCAGGUCCUGAAUGGGAUCGUGGCUGAGCUGUUCAUCCCGUUCCUUCAGCAGGAAGUUCAUGAAGGGACCUUGGUACACGCUGUCUCAGUCCUGGCUCUCUGGUGUAACCGAUUCACUAUGGAAGUGCCCAAGAAGCUCACUGAAUGGUUCAAAAAAGCUUUCAGCCUUAAAACCUCCACAUCUGCGGUGAGGCAUGCCUACCUGCAGUGCAUGUUGGCCUCUUACCGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-209.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -220.30

Frequency: 0.0000

Diversity: 115.79

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((.....((((...(((..((((((.(((........(((((((((.(((.........)))...(((...((((((((((.(((((..(((.....)))..))))).(((.((((....)))))))...(((((..(((((((....((((.....)))).....))))))))))))......(((((.(((.......))).)))))...(((((((((((..(((........))).)))))))))))))))))))))....)))((((((((...((((......))))......(((.(((((...((..(((.....)))....)).......))))).)))..))))))))((((((.(((((.((((....)))).)).))))))))))))))))))))).)))))).)))...))))..........(((((((((............)))))))))...)))))).))))))((......((((((.(((.(((.(((........)))...)))))))).))))..(((((.((((......)))))))))....................((((((((...(((.((.(((...))).)).))).))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((((((.,,{.((((.{.{{{..{(((((.(({.......{(((((((((.{((.........)))...{((...((((((((((.{((((..(((.....}))..})))}.(((.{(((....)))))))...(((((..(((((((.,..((((,...,)))).....))))))))))))......(((((.(((.......))).)))))...(((((((((((..(((........))).)))))))))))))))))))))....))}((((((((...((((......))))......(((.(((((...{{..,{(...,.,,,,,,,,}.......))))).)))..))))))))((((((.(((((.((((....)))).))}})))))))))))))))))))).)))))),)}),}.)))}..........(((((((((...,....,,..)))))))))...)))))).))))))(({({...(((({(,(((.(((.((,.,......}))...)))))}))}}))).)}|||..((((......,|||,,.))}.,,..,,,,.......,{.((((((((...(((.((.(((...))).)).))).)))))))),)