Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GIGYF2_0009800

Sequence Length

1118 nt

GC Content

0.4750

GCUCCGAGCUCUGUCCAGUGGUGGGAGUAUUACAUCCCCUCCUCUUUCUCCAGCAUUGCCGAAGUAUAAAUUAGCAGAUUAUCGUUACGGCAGAGAAGAAAUGUUAGCACUUUUCCUUAAAGACAACAAGAUACCUUCAGACCUUCUGGAUAAAGAAUUUCUGCCUAUCCUCCAGGAGGAACCCCUUCCACCAUUGGCUCUGGUACCCUUUACAGAAGAAGAACAGAGAAACUUUUCCAUGUCUGUAAAUAGUGCUGCUGUCCUGCGAUUGACAGGACGAGGAGGAGGAGGAACAGUGGUGGGGGCUCCUAGAGGUCGAAGUUCUUCAAGAGGGCGAGGCAGAGGCAGAGGUGAAUGUGGUUUCUACCAAAGAAGUUUUGAUGAAGUAGAGGGUGUUUUUGGUCGAGGAGGUGGCAGAGAAAUGCAUAGAUCGCAGAGCUGGGAGGAAAGGGGUGACAGACGUUUUGAAAAACCAGGACGAAAAGAUGUAGGAAAGAAGAAUGGAUAUUAUUGCAUGUACUCACCAGUUCUUUUGCUGGGUCAGCCUUUAUGCCAAGGGAGACCAAAUUUUGAGGAAGGUGGACCAACAUCAGUAGGGAGAAAGCAUGAAUUUAUACGCUCAGAAAGUGAAAAUUGGCGCAUCUUUAGAGAGGAACAAAAUGGAGAAGAUGAAGAUGGAGGUUGGCGACUAGCUGGAUCAAGGAGGGAUGGAGAGAGGUGGCGACCUCACAGUCCUGAUGGCCCUCGUUCUGCAGGCUGGCGGGAACACAUGGAACGACGUCGGAGGUUUGAGUUUGAUUUUCGAGAUAGAGAUGAUGAACGGGGUUACCGAAGGGUUCGCUCUGGCAGUGGGAGCAUAGAUGAUGACAGGGAUAGCUUGCCCGAAUGGUGCUUAGAGGAUGCUGAAGAAGAAAUGGGUACAUUUGACUCAUCUGGAGCAUUCCUUUCUCUAAAAAAAGUACAGAAAGAGCCUAUUCCAGAAGAGCAGGAGAUGGACUUCCGGCCUGUGGACGAAGGGGAGGAGUGCUCUGACUCUGAGGGUAGCCAUAAUGAAGAGGCCAAAGAACCCGAUAAGACAAAUAAGAAAGAAGGAGAGAAAACAGAUAGAGUAGGAGUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-324.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -348.04

Frequency: 0.0000

Diversity: 320.93

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((..(((((((((((.(((.((((((((...((((((((((((((((((((.((((.((..(((...((((((..((.((...........)).))..))))))((((..(((((...(((...(((((((((((.....((((......))))(((((((((.(((((...(((((((..((((((((((((.(((((((((..((((((((....(((.((.....)).)))....))))))))..)))))..((((((((....).))))))).......))))...))))))))))))(((...)))......)))))))..)))))..)))))))))(((((.(.....((((....))))....).)))))........)))))))))))..))))))))))))(((......))))))..)))))).)))))..))))))))).......(((((((......)))))))((((((....((..((....(((.(......).)))...))..))...))))))((((((((((((((((((((((.....((....(((((((...((((......)))).(((.(((...........))).))).))))))).)).....))))).(((((((..................)))))))...))))))))))))..))))).((.(((....(((((.....(((((....)))))...)))))..))).))((((((.(((((((((.(((..(((((.(.......(((((((((.......)))))))))........).)))..(((.....)))....((((..(((((.(((((((((((.......(.((((.....))))).......)))))....(((((((..(((.((((((....))))....)).)))..)))))))((((((.((.......)).))))))..))))))))))).))))......))..))))))))))))))))))))))))..)))))))).)))))).((((.(((..........)))......)))).................................)))))))).))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((..(((((((((((.(((.((((((({.{.((((((((((((((((((((.(((((((..(((...{(((({..{{.((.{{.,....,.},.,,..}}}}},((((,,(((((...(((...{((((((((((..,{{((((......,,,,{((((((((.,((((.,{((({,,((((..(((((((((.(((((((((..((((((((....(((.((.....)).)))....))))))))..))))}.{((((((({....}.)))))),,}.....,}))...))))))))))))|||}}.)))|,....||||||}..))))),.))))))))}|||||,|.....((((....))))....}.}}}}}.....,,.))))))))))),,))))))))))))(((......)))}}}..)))))}.)))}}|,})))))))}..,....(((((((......)))))))...,,,,,|.{{..{{,{,,{{{,,...,,|}.},}.,.,},.))},})))}}}{{{{(((((((((({{{(((({||...,}}...{{(({{{,..{(((......)))).|||,,||...........})},)}}.}}}}}},.,},....))))).(((((((,.................,},,,)),,,))))))))))))..}}})),||,{{{,,}|||{{{,{,..(((((....))))).,.,)))}..,}}}}}((({((((((((((((.(({,,(.,.({((((..({(((,.,((((..,{((||.,,}},)},,..}))}..)},,)),.})).)))....||||,|(((((.(((((({{({{...,...,.{{((,....}}}}}},.....|}|||,,{{(((((((..(((.{{,{(({{{.|,,,..}}))})))..)))))))||||{{,{......,,},,,}},}).,)))))))))}}.}}}}......})..)),))))))))))))))))))))),.)))))))).)))))).((((.(((..........)))......)))).................................)))))))).))))...