Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GIGYF2_0010200

Sequence Length

1923 nt

GC Content

0.4758

GCUCCGAGCUCUGUCCAGUGGUGGGAGUAUUACAUCCCCUCCUCUUUCUCCAGCAUUGCCGAAGUAUAAAUUAGCAGAUUAUCGUUACGGCAGAGAAGAAAUGUUAGCACUUUUCCUUAAAGACAACAAGAUACCUUCAGACCUUCUGGAUAAAGAAUUUCUGCCUAUCCUCCAGGAGGAACCCCUUCCACCAUUGGCUCUGGUACCCUUUACAGAAGAAGAACAGAGAAACUUUUCCAUGUCUGUAAAUAGUGCUGCUGUCCUGCGAUUGACAGGACGAGGAGGAGGAGGAACAGUGGUGGGGGCUCCUAGAGGUCGAAGUUCUUCAAGAGGGCGAGGCAGAGGCAGAGGUGAAUGUGGUUUCUACCAAAGAAGUUUUGAUGAAGUAGAGGGUGUUUUUGGUCGAGGAGGUGGCAGAGAAAUGCAUAGAUCGCAGAGCUGGGAGGAAAGGGGUGACAGACGUUUUGAAAAACCAGGACGAAAAGAUGUAGGAAAGAAGAAUGGAUAUUAUUGCAUGUACUCACCAGUUCUUUUGCUGGGUCAGCCUUUAUGCCAAGGGAGACCAAAUUUUGAGGAAGGUGGACCAACAUCAGUAGGGAGAAAGCAUGAAUUUAUACGCUCAGAAAGUGAAAAUUGGCGCAUCUUUAGAGAGGAACAAAAUGGAGAAGAUGAAGAUGGAGGUUGGCGACUAGCUGGAUCAAGGAGGGAUGGAGAGAGGUGGCGACCUCACAGUCCUGAUGGCCCUCGUUCUGCAGGCUGGCGGGAACACAUGGAACGACGUCGGAGGUUUGAGUUUGAUUUUCGAGAUAGAGAUGAUGAACGGGGUUACCGAAGGGUUCGCUCUGGCAGUGGGAGCAUAGAUGAUGACAGGGAUAGCUUGCCCGAAUGGUGCUUAGAGGAUGCUGAAGAAGAAAUGGGUACAUUUGACUCAUCUGGAGCAUUCCUUUCUCUAAAAAAAGUACAGAAAGAGCCUAUUCCAGAAGAGCAGGAGAUGGACUUCCGGCCUGUGGACGAAGGGGAGGAGUGCUCUGACUCUGAGGGUAGCCAUAAUGAAGAGGCCAAAGAACCCGAUAAGACAAAUAAGAAAGAAGGAGAGAAAACAGAUAGAGUAGGAGUUGAAGCUAGUGAGGAAACUCCCCAGACCUCAUCAUCAUCUGCUAGACCAGGUACUCCUUCAGACCAUCAGUCUCAGGAAGCAUCACAGUUUGAGAGGAAAGAUGAACCAAAAACUGAGCAAACGGAAAAAGCUGAAGAGGAGACUCGGAUGGAAAAUAGUCUACCAGCCAAAGUGCCCAGCAGAGGGGAUGAAAUGGUUGCUGAUGUCCAGCAGCCCCUGUCGCAGAUUCCUUCAGAUACAGCCUCUCCUCUUCUCAUACUUCCACCUCCUGUUCCCAAUCCUAGUCCUACUCUCCGGCCAGUUGAAACACCAGUUGUAGGUGCUCCUGGUAUGGGCAGUGUUUCCACAGAACCUGAUGAUGAAGAAGGUCUCAAACAUUUGGAGCAGCAAGCUGAGAAAAUGGUGGCUUAUCUCCAAGACAGUGCACUAGAUGAUGAAAGAUUGGCAUCAAAACUGCAAGAGCACAGAGCUAAAGGAGUGUCGAUUCCAUUGAUGCAUGAAGCAAUGCAGAAGUGGUAUUACAAAGAUCCUCAGGGAGAAAUUCAAGGUCCCUUCAAUAAUCAGGAGAUGGCAGAAUGGUUUCAGGCGGGCUAUUUUACUAUGUCUUUAUUGGUGAAGAGAGCGUGUGAUGAAAGCUUCCAACCUCUUGGCGAUAUCAUGAAAAUGUGGGGAAGGGUUCCCUUUUCUCCAGGUCCAGCUCCCCCUCCUCAUAUGGGAGAGCUGGACCAGGAACGACUGACCAGGCAGCAAGAACUCACAGCCUUAUACCAGAUGCAGCACCUGCAGUACCAGCAGUUUUUAAUACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-578.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -617.56

Frequency: 0.0000

Diversity: 489.04

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.(.(.((....)).).).)))))....((((((.(((((.....(((((.((((.((..(((...((((((..((.((...........)).))..))))))((((..(((((...(((...(((((((((((.....((((......))))(((((((((.(((((...(((((((..((((((((((((.(((((((((..((((((((....(((.((.....)).)))....))))))))..)))))..((((((((....).))))))).......))))...))))))))))))(((...)))......)))))))..)))))..)))))))))(((((.(.....((((....))))....).)))))........)))))))))))..))))))))))))(((......))))))..)))))).))))))))))..)))))).....(((((((......)))))))......((((..(((((....(((....(((((((.((.((....((((((((((((.(((((((((....((((((((...((.........))..((((......)))).((.(((((....((.....((((((((((..........(((((((((.(((((((............((((((..........(((((.(((.((((((.(((....((((((..(((((.(((((....)))))....(((((..((((..(.....)..))))..)))))...............(((((((((.......)))))))))....((((.((.((..((((((...((((((.(((((((.......))))).....((.((((((((.((((((..(((.....(((((((.(((((((..(((.((((((....))))....)).)))..)))))))((((((.((.......)).))))))..(((..((((..((.((.((((......)))).)))).))))...)))((((((((((.(((..(((...(((((..((.((((.((((.........((.....................))...................((((((....(....)....)))))).....)))).)))).)))))))))).)))))))))))))....((((..(((....((((......))))....)))..)))).........)))))))..)))...))))))..(((....)))((.((((......)))))).((((..((.(((......))).))....))))(((((.....)))))..)))))))))))).))))))......)))))))).)).))))....)))))))))))....)))...))))))))).)))))(((((.(........(((((...(.((((((..((.(((((..(.(((.(((((...))).))..))).)..))).)).))....)))))).).))))).......).)))))..)))))).....((((.((((.(((((.........)))))...))...)).))))....))))))).)))))))))(((((..(((((......)))))..))))).........((.(((...(((....))).))))).(((((.((((.((((.((((.((((((((((.....)))))))))).)))).)))).)))).))))).))))))))))))....))))).)))))))))).....(((....)))((((((((((....))))))))))((((((((((.(((.........))).))))))))))))).....)))))).))))).)))))))....((.((......)).)))).)).))))))))))....)))))..))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.{,(,((,,,.,}.|,},|||}}....{,|||||{(((({{{{{(((((.((({{((..(((...{(((((..{{.((.|,.....,},)).}}..))))),((((..(((((...(((...(((((((((((..{{,((((......}},,{((((((((.,((((.{{(((,,.({((..(((((((((.{((((((((..((((((((....(((.((.....)).)))....))))))))..))))).{((((((({....}.)))))),,}.....}}))...))))))))))))|}}}}.)))|.....||||||}..))))),.))))))))}|||||,|.....((((....))))....}.})))}.....,,.)))))))))))..))))))))))))(((......)))}))..)))))).)))))))))),}))))}),,...(((((((......)))))))......((((..(((((....(((....(((((((,((.{{,...((((((((((((.(((((({{{,,.,((((((((...{{......,,.}}..((((......)))).{{.{(({{...,({,....{(((((((((.....,,,..(((((((((.(((((((............{(({{{.,,,.....,(((((.(((.((((((.(((,.,.((((((,.{{({,.(((((....)))))...,}}((((((((((((({{({(((((((((.(({,,(.,.{{((((..({(((,,,((((..,{((||.,,}},)},,..}))}..}},,)},.})}.)))....||||,|(((((.(((((({{({{...,...,.{{((,....}}}}}}}.....|||||,,{{(((((((..(((.{{,{(({{{.|,,,..}}))})))..)))))))||||{{,{......,,},.}}},}).,)))))))))}}.}}}}......}}..)),))))))))))))))},))|(((((((((.(((..(((..{(((.({{.,..,,,.|,||}......}}}}.....,...............|,,,............,,,{,(((({(,,..,...,|{{,.}}}}}}...,.))))}))})},}))}))},,.))))))))))))}...))))))){(((({,..{{......|})))))}((,,..{{{,..,.....,}}{((...........)))((((((((((.,.((.((({......}})}))}.,,...,{{(,,.,},{{|||{{{{,...((((((((.....)))))))).,,{|,.,.,|})))))).,.....}..))))))))))}}}}..)))).)))))),.,,)))...))))))))).)))))|((((,|.....,..(((((,,.(.((((((,,((.(((((..{.{(({{,{({..,||,.|}..}})..,,)))})}.}}..,.))}}}}.}.}}))}.......}.)))))..}))))).....{(((.{{{(.(((((......,..)))))...})},.,,.)))}....))))))).)))))))}}(((((..(((((......)))))..)))))..,,.....,.|{{|...|||....,}}..,,}}.(((((.((((.((((.((((.((((((((((.....)))))))))).)))).)))).)))).))))).))))))))))}}...,))))).,})))))))),....{{{....})){(((((((((...,)))))))))}((((((((((.(((.........))).)))))))))).})}..,.)))))).))))).)))))))....||,|,......}.,)|}).)),))))))))))....)))))..)))}