Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GIGYF2_0012000

Sequence Length

686 nt

GC Content

0.3615

GUGAAUGUGGUUUCUACCAAAGAAGUUUUGAUGAAGUAGAGGGUGUUUUUGGUCGAGGAGGUGGCAGAGAAAUGCAUAGAUCGCAGAGCUGGGAGGAAAGGGGUGACAGACGUUUUGAAAAACCAGGACGAAAAGAUGUAGGUAAGGUUCUUACCUACACACAUAAGGAUAAAUUUAUUAAAAAUUGACUCAGUUACCUGCACCUCUCCAGUAGAUGGGGCUGCAGCAUUUCCUGCAUUUAAACUUCCACGGUUAUUUGAAGUCUCUACUGCAUGAAACCAGAGAUGAUGAAUACAGCCAUUAGGAUUUACUUGACUUGGUCUGUGUGUUCUCUGCAAGGCAUAUAUUCUUUAUUAAGGCCAAUUUGUGAACUGAAGACUCAAGUUAGGAACCAAUCUACUAACUCUUUUUCUAGUGUAGAUAGCAUCUCACAGAUGAGAAGAAAUAGGGCAAAUGCUAAAAUCUUUGCUUUUGUAUCAGAGAACAAAGGCCAAAACUAUGAAUGUUCUUAAUUUACUAAUUUAUUCAUUUGGCCUUUUUGCUGUAUAGUCCUUUUUUUUUUUUCUUGUUUUGUGAUGAGAACAAAAAAAAAAAUAACUCAGAUAAAUUGCAGUUAAGGUAGCCACUGAAGAGGAACAUAAUAAAGGAACAGGAUUCCAUUGUUUAUGAUGAAUUAAUCAUAAUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-181.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -194.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 159.41

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((...(((((......(((((.(((.((((((((.(.....((((((.((((((.((((.(((((((.(((.((.((..(((((((((....(((((((.(((((((((......)))))))......((((((((((...))))))))))...(((((......)))))...........)).)))))))...)))).)))))...)).)))))..)))))))))))......)))))).)))))).....).)))))))).))))))))((((((......((((((((((((((.....)))))..))).))))))..)))))).((((..(((((....((..((((((((...(((((.((((.....(((((((((((..((((((..(((........)))))))))..(((((...))))).(((((.....(((....)))....)))))((((((((........)))))))).............))))))))))).....)))))))))))))))))..))..)))))..))))..((((((((.(((((((......))))))).))))))))((((((((.....))).))))).)))))))))..............((((.((((.....)))).))))(((((((......)))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{....(((({..(((((......(((((.(((.((((((((.(.....((((((.((((((,((((.(((((((.(((.((.((..(((((((((....(((((((.{,(((((((......)))))))....,.((((((((((...)))))))))),......,,...,,|||,,...,,,,,...}}.)))))))...)))).)))))...)).)))))..)))))))))))......)))))).)))))).....).)))))))).)))})))){(((((..,,..((((((({{{{{((.....|||||,,|||,||}}}},,||}}}}.,{(({.{((({....||..{{{|||{{...|{|||,{{{|,,,.,||||||||{{{.,||||.({{..((((({({{.(((.((({...}))))))))}.}))))))..}}}(((....)))....,,|{{((({{{{{..,...,,}}}|||||{||,....,|{,,}}}}}}}}}}}.....)))))))))))))))))..,),,))))}},)}||{(((((((((,((((({,..,,,,))))})))))))))},((((((({.....})).))))).))))))))).....,,,..,..,{{{{.((({.....)))).))}}|((((((......))))))}.,}