Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GIGYF2_0013800

Sequence Length

1563 nt

GC Content

0.3839

UUCCAGAUCACCAUUCAUCUCAGCCAGAACAUACCAGAGCACUGCAAAGACAAGCCAGUGGACAACAAAAGAAGCAGAAAAGACCAACAUCAUCCAACGCCAGCGCAUGUCCAUUAGGAUUCCCCAAGCAUCUCGAAGAUAUGCAAGACCUCUUUGAGCGCCAUCCAUUUGAAGUGUGCUGUGGCCAUCCUUGGUGACCAUCCUCCGGUAUCUUUGACUUAGGAGAGGAGCAAUAACUUUGCAAUUACUGCUGUCCAUCUCAGGCUGUAUUUCUCAGUUCUUUUGCUGGGUCAGCCUUUAUGCCAAGGUAGGUCUUAAGGAAAUUUACAGAGUCUGCCUUUUUGAUCAGAUAAUUUUAAUCUACAAGUCUAGUUUGUAGGUUCUCUUCUUGGACUGGUUUUACAGCUUACAUUCCUCUGUUUAUAAUGUUGUGGGGGCUGGUUUCAGCUGAGGUUGAUGUGAUUGGUCACUUAGCCUGCAGGGGGGCCAAUUAGCUCUGAUCAUGUGGAAAAGAAUGCUGGUUUGUUAGGAGGUCUUUCUUUACCCAACACAAACCUUAACAACUCUGGAGAAAGCCUCCAGAACUGACUUGGAGAAGGGGUGCAUUUUUUCCCUCUAAUCAGGACCGGUCUUUAGUAAGUUUGCAUAAUCUUACUUAAGAGUUUUUUUGAAAGUUCAAAGGGAUAAAAUUCCCUGCAAGAUUUUUCAGCCGUCUUUCCUUAUAUAGCAUGUUGAAGUGUGAGAUAUUUCCUUUACUAAUCUUUUUUUUUUUCCACCAUGUCUUUGGGGAAGAUUUAUUUGGAUAAGGACUUAUAGGCAUAAAUUAAUGCAUUGAUUUUCUUAGUUUUCUUCUCAUGUCUCAUCAGAAUGGCUACCAUUAGUUCCAGAACUAGUAAUAUAGAUAAUUACGUGAAAUCUUUUAUUUUUUUGGUUAGGAAACAAACUUUUUUUUUUUAAAGGCUGUAUACAAAGACCUUGAAUAGGAAUAAAAUUAAUUGUUCUGUACCUGAUACUUUAAAAAAUGCACACCUGUGGGAAAGAACCGAAGAAUUUUCUUAAGGCUUAUUUUAAUGAUGUUUAGAAGAUGUUUUCCUGAUCAGUGUGAUGAAGUAUAGUGUUAAUAAAACAUAGUGUACAGUGUACAGAAAAUGUAACACAACAUUGAAAUAGUGUUUAGCUGGAAAAUGUGAUCCAGCUUGUUGGAACCCUGAAACGUGCUGUGGUAUGGCUUUGUGCAGUGCCUUAGUGAACAGUACUUUUCUCCUCCUCCGUUAGCUGCUGAUUUUAAAACUUUGACCAAAUGUCACAUGUAAGAGGAUCUGAGAAACAAAGACUGUGAUUGUUCAAAGUAAAAUCUUGGAAGGCCUGCUGGGAAAAUUAUUAAUGUAGACCAAUAUAAUGCUACUUAGAAAGUGAAAUCCGCCUUUGUAGAAUCCUCUCCGUCCCCCCCCCGCCCCACAAUUUAAAAAAUAUAUUAAUUCCUUCUUUGUUUUAUUAGUACCAAAUACUUCAACACAAGUUCAGACACAGCAUUAGAAACACUGACCUUCAGAACUAGGGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-383.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -414.23

Frequency: 0.0000

Diversity: 348.00

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((((.((((.(((.((((((((..(((...(((((..((((((........).))))).((((((....(((((((.(((((((......(((((.((((((((((...((...((((.......((..((((((((...........)))))))).)).))))...))..))))))..))))..(((((((.((((..(((..(((((..(((((((((.((((((((((.....))))........(((.......)))((((.......)))))))))).))))))))).....))))).)))..)))))))))))..........(((((.(.....)..)))))......((((((((((.....))))))))))......))))).)))))))..............)))))))....)))))).....)))))))).)))))))).)))))))))))..)(((.((((......))))...((((.((((((((.(((......((((((((((((...(((((.(((((((((.......................))))))))))))))...(((((...((((((((((((((((((((.......((((((((.(.((((.((((((..........)))))).)))).)....(((((((.((..(((((......)))))....)).)))))))..((((((...((((((((..........(((((((((.(((((.....((((......((((((.(((......))))))))).......))))))))).......((((......))))........................)))))))))...(((((...)))))..((((..((((((.((.(((((..(((......)))..))))).)).)))))).)))).....((((........)))))))))))).))))))........(((((((......))))))))).)))))).....))))))))))).))).(((.......)))....(((((((..((((((((....)))).))))))))))).))))))...)))))(((.((((((((.((((((((((((((.((......(((((((.....))).))))(((((((...))))))).(((((((........)))))))....(((.....((((.((((((((((((.((.....)).))))).......))))))).))))...)))(((..((((.(((((((((...(((((((.((...((((((.((....(..((...))..)....)))))))))).)))))))))))))......)))..))))))).....((((((((((((..........((((..((...(((.....)))))..))))..........)))..........................))))))))).....)).))))))))))))))...)))))))).))).....))))).))))))).....))))))...))))).))))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{.((({{((({,(((.((((((((..(((...(((((..({((((........|||||}}.((((({....(((((((.,,({,,,......,{{,..((((((((((.{{{,...((((.......((..((((((((..,.....,..)))))))).)).))))...,),.))))))}}})}}..(((((((.((((..(((..(((((..,{{{{{{{{,((((((((({.....,}}}...,,,}|||,,,,.,,,)||((((.,...,,||||,}},,,,)))))})))},,..))))).)))..))))))))))).......,,.(((((.{.....}..))))}......{(((((((({.....))))))))))......,}))}{||}},,,.},},,.....,,,}))))))....)))))),....)))))))).)))))))).))))))))))),.}(((,({((,.,,,,||||...,{{|,|||{{(((.(((......((((((((((((,,,((((({{,{(((((.{{{,.......{{....{,..(((((((.....))))))).,||....||,,.{((,(((((((((((.......(((((({{.(.((((.((((((.,,....,}.)))))).)))).}....{((((((.((..(((((......)))))....)).))))))}..((((((...((((((((.,,.(({.{,(((((({(,.(((((..,,,({{{......((((((.(((......)))))))))......,))}})))))..,,...((((......))))..,{{.....,,},,.....,}}}))),)))),)}.(((((...))))).{((((..((((((.({.(((((..(((......)))..))))).}}.)))))).)))),}...((((........)))))))))))).))))))........(((((((......))))))))}.)))))).....))))))))))).))),}}|}}}}}},)),{{{,(((((({.,({({{(((....}})).}))}))))))).}))))}|||,,.,((((.((((((((.((((((((((((((.((,,,,..(((((((.....))),,)))(((((({...})))))).(((((((........))))))).,.,(((.....((((.((((((((((({.((.....)).})))).......))))))).))))...,,,}}}|,,,,,,,..((((((...{((((((.((...{(((((.((....{..{{...))..}....)))))))))).))))))))))))).{({..(({..|..(((,.....,,,..,({{{.,....,,..,.{{{{..({,,.(((.....))))),,))))..........,}}}},.....)))}},................,,,.......}}.))))))))))))))...)))))))).)))}....))))).))))))).....)))))),,,))))}.))))},)}}