Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GIGYF2_0016100

Sequence Length

1107 nt

GC Content

0.4761

ACCAAAUUUUGAGGAAGGUGGACCAACAUCAGUAGGGAGAAAGCAUGAAUUUAUACGCUCAGAAAGUGAAAAUUGGCGCAUCUUUAGAGAGGAACAAAAUGGAGAAGAUGAAGAUGGAGGUUGGCGACUAGCUGGAUCAAGGAGGGAUGGAGAGAGGUGGCGACCUCACAGUCCUGAUGGCCCUCGUUCUGCAGGCUGGCGGGAACACAUGGAACGACGUCGGAGGUUUGAGUUUGAUUUUCGAGAUAGAGAUGAUGAACGGGGUUACCGAAGGGUUCGCUCUGGCAGUGGGAGCAUAGAUGAUGACAGGGAUAGCUUGCCCGAAUGGUGCUUAGAGGAUGCUGAAGAAGAAAUGGGUACAUUUGACUCAUCUGGAGCAUUCCUUUCUCUAAAAAAAGUACAGAAAGAGCCUAUUCCAGAAGAGCAGGAGAUGGACUUCCGGCCUGUGGACGAAGGGGAGGAGUGCUCUGACUCUGAGGGUAGCCAUAAUGAAGAGGCCAAAGAACCCGAUAAGACAAAUAAGAAAGAAGGAGAGAAAACAGAUAGAGUAGGAGUUGAAGCUAGUGAGGAAACUCCCCAGACCUCAUCAUCAUCUGCUAGACCAGGUACUCCUUCAGACCAUCAGUCUCAGGAAGCAUCACAGUUUGAGAGGAAAGAUGAACCAAAAACUGAGCAAACGGAAAAAGCUGAAGAGGAGACUCGGAUGGAAAAUAGUCUACCAGCCAAAGUGCCCAGCAGAGGGGAUGAAAUGGUUGCUGAUGUCCAGCAGCCCCUGUCGCAGAUUCCUUCAGAUACAGCCUCUCCUCUUCUCAUACUUCCACCUCCUGUUCCCAAUCCUAGUCCUACUCUCCGGCCAGUUGAAACACCAGUUGUAGGUGCUCCUGGUAUGGGCAGUGUUUCCACAGAACCUGAUGAUGAAGAAGGUCUCAAACAUUUGGAGCAGCAAGCUGAGAAAAUGGUGGCUUAUCUCCAAGACAGUGCACUAGAUGAUGAAAGAUUGGCAUCAAAACUGCAAGAGCACAGAGCUAAAGGAGUGUCGAUUCCAUUGAUGCAUGAAGCAAUGCAGAAGUGGUAUUACAAAGAUCCUCAGGGAGAAAUUCAAGGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-301.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -325.55

Frequency: 0.0000

Diversity: 293.66

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((..(((....)))..))).((.((....)).))......((.(((((((...((((.....))))..(((((((((.(((((((............((((((..........(((((.(((.((((((.(((....((((((..(((((.(((((....)))))....(((((..((((..(.....)..))))..)))))...............(((((((((.......)))))))))....((((.((.((..((((((...((((((.(((((((.......))))).....((.((((((((.((((((..(((.....(((((((.(((((((..(((.((((((....))))....)).)))..)))))))((((((.((.......)).))))))..(((..((((..((.((.((((......)))).)))).))))...)))((((((((((.(((..(((...(((((..((.((((.((((.........((.....................))...................((((((....(....)....)))))).....)))).)))).)))))))))).)))))))))))))....((((..(((....((((......))))....)))..)))).........)))))))..)))...))))))..(((....)))((.((((......)))))).((((..((.(((......))).))....))))(((((.....)))))..)))))))))))).))))))......)))))))).)).))))....)))))))))))....)))...))))))))).)))))(((((.(........(((((...(.((((((..((.(((((..(.(((.(((((...))).))..))).)..))).)).))....)))))).).))))).......).)))))..)))))).....((((.((((.(((((.........)))))...))...)).))))....))))))).)))))))))(((((..(((((......)))))..)))))...........(((....))).)))))))..))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((...,{(((((({.((((..,...)})).,,..{{,,,,,((.,..,{{{...{{((.....}}))..((((((({(,((((({{............{{{{||,,,},....,(((((.(((.((((((.(((,.,.((((((..{{{{,.(((((....)))))...,}}((((((((((((({{({(((((((((.(({,,(.,.{{((((..({(((,,,((((..,{((||.,,}},)},,..}))}..}},,)},.})}.)))....||||,|(((((.(((((({{({{...,...,.{{((,....}}}}}}}.....|||||,,{{(((((((..(((.{{,{(({{{.|,,,..}}))})))..)))))))||||{{,{......,,},.}}},}).,)))))))))}}.}}}}......}}..)),))))))))))))))},))|(((((((((.(((..(((..{(((.({{.,..,,,.|,||}......}}}}.....,...............|,,,............,,,{,(((({(,,..,...,|{{,.}}}}}}...,.))))}))})},}))}))},,.))))))))))))}...))))))){(((({,..{{......|})))))}((,,..{{{,..,.....,}}{((...........)))((((((((((.,.((.((({......}})}))}.,,...,{{(,,.,},{{|||{{{{,...((((((((.....)))))))).,,{|,.,.,|})))))).,.....}..))))))))))}}}}..)))).)))))),.,,)))...))))))))).)))))|||||,|,....,.,(((((...(.((((((..((.(((({..{.((({{{(({...}}}.})..}}),...)))})).})....)))))).).}))))......,}.))))),.)))))}...,.{({(.{{{{.(((((......,..)))))...}|},..,.||}}...,))}}})},)))))|||,(((((..(((((......)))))..)))))..,,.......))))))}}|,.,,,))}..})...