Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GIGYF2_0016500

Sequence Length

927 nt

GC Content

0.4779

AUGGCCCUCGUUCUGCAGGCUGGCGGGAACACAUGGAACGACGUCGGAGGUUUGAGUUUGAUUUUCGAGAUAGAGAUGAUGAACGGGGUUACCGAAGGGUUCGCUCUGGCAGUGGGAGCAUAGAUGAUGACAGGGAUAGCUUGCCCGAAUGGUGCUUAGAGGAUGCUGAAGAAGAAAUGGGUACAUUUGACUCAUCUGGAGCAUUCCUUUCUCUAAAAAAAGUACAGAAAGAGCCUAUUCCAGAAGAGCAGGAGAUGGACUUCCGGCCUGUGGACGAAGGGGAGGAGUGCUCUGACUCUGAGGGUAGCCAUAAUGAAGAGGCCAAAGAACCCGAUAAGACAAAUAAGAAAGAAGGAGAGAAAACAGAUAGAGUAGGAGUUGAAGCUAGUGAGGAAACUCCCCAGACCUCAUCAUCAUCUGCUAGACCAGGUACUCCUUCAGACCAUCAGUCUCAGGAAGCAUCACAGUUUGAGAGGAAAGAUGAACCAAAAACUGAGCAAACGGAAAAAGCUGAAGAGGAGACUCGGAUGGAAAAUAGUCUACCAGCCAAAGUGCCCAGCAGAGGGGAUGAAAUGGUUGCUGAUGUCCAGCAGCCCCUGUCGCAGAUUCCUUCAGAUACAGCCUCUCCUCUUCUCAUACUUCCACCUCCUGUUCCCAAUCCUAGUCCUACUCUCCGGCCAGUUGAAACACCAGUUGUAGGUGCUCCUGGUAUGGGCAGUGUUUCCACAGAACCUGAUGAUGAAGAAGGUCUCAAACAUUUGGAGCAGCAAGCUGAGAAAAUGGUGGCUUAUCUCCAAGACAGUGCACUAGAUGAUGAAAGAUUGGCAUCAAAACUGCAAGAGCACAGAGCUAAAGGAGUGUCGAUUCCAUUGAUGCAUGAAGCAAUGCAGAAGUGGUAUUACAAAGAUCCUCAGGGAGAAAUUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-251.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -270.52

Frequency: 0.0000

Diversity: 282.16

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((.(((((..((..(((.((((((((..(.((((..(....)..)))).)...)).))))))...)))...))..)))))))))))((....((((((((((.(((((..((((((.......(.((((.....))))).......))))))....((((((((.....(((((....)))))...((((((((.(((((.((((((.((.......)).)))))).((((((.((((.((.((.(((((.(((((...((....(((..(((.((((((.(((((((((..((((.(((.(((..........)))............................(((((((........(((.(((..((((((....(....)....))))))......))))))...(((((......))))).)))))))..))).))))..))))..)))))..((((((....((.........))..)))))).......((((......((((((((((...((.((((......)))))).......((.(((......))).)).....((((((((.....)))))))).((((..(.((.....)).)..))))..))))))))))......)))).)))))).))))))..)).)))))...))))).)).........((((.......)))))).)))).)))))).((((((....(((.(((..(.....)..)))))).))))))((((((.(((..(((........))).)))...))))))...))))).)))))))).......))))))))...))))).)))))...)))))...))..(((.(((.(((((..(((((......)))))..))))).))))))....(((....)))..........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((,((.(((((((((((((((.(((.,,{{(.,..{..,.(((((((((.......}}}})))))....,.,,},,}}..((((((.(((....)))..)))))),.(((((((,{.({(.,,.,....((({{{{{{,{|,|....,({((((((((((((((..(({.{{,{(({{{.|,,,..}}))})))..))))}})}|||,|.,.....,})))},,...)})}})))))).,..(((((((((.((((.(((((.{(((.((({((.((((((((((((.(((..(((,.{(((.(((.,......|.)))......,}}|....................,||{{............,,{{,((((,(,,..,..,,{{{,.,,}}}}...,.))))}))}}},}))})),.,.)))))))))))))...)).)).))))))))..{{.,..((((((....({.........})..)))))).}}...}}}}}......((((((((((,,.((.((({......}})}))}.,,...,{{(,,.,},{{|||{|{{,...((((((((.....)))))))).,,{},.,.,|}}))))).,....,}..)))))))))).......)))).))))))))).,,,,}}}}}))))))),))).)))})).....,((({{..{{.,,,)}.,))))}.|||{{{,{{{||,,.,{({{(((..{.....}..))))}),......{(((((.(((..(((........))).)))...)))))))}}).))).)}},,(({((......}..))))}...)))),,))))..}).)))}...(({(,(,(({.(((((..(((((......)))))..))))).})),,.....{((....))},,.})))...