Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GIGYF2_0019100

Sequence Length

1127 nt

GC Content

0.5173

GUCCCUUCAAUAAUCAGGAGAUGGCAGAAUGGUUUCAGGCGGGCUAUUUUACUAUGUCUUUAUUGGUGAAGAGAGCGUGUGAUGAAAGCUUCCAACCUCUUGGCGAUAUCAUGAAAAUGUGGGGAAGGGUUCCCUUUUCUCCAGGUCCAGCUCCCCCUCCUCAUAUGGGAGAGCUGGACCAGGAACGACUGACCAGGCAGCAAGAACUCACAGCCUUAUACCAGAUGCAGCACCUGCAGUACCAGCAGUUUUUAAUACAACAACAAUAUGCACAGGUUUUGGCCCAACAGCAGAAAGCAGCACUGUCUUCCCAGCAGCAGCAGCAGUUGGCACUUCUUCUUCAACAGUUUCAGACCUUGAAGAUGAGAAUAUCUGAUCAGAACAUCAUUCCCUCAGUAACUAGGUCUGUGUCCGUGCCAGAUACUGGCUCUAUCUGGGAGCUUCAGCCAACAGCUUCACAGCCUACAGUUUGGGAAGGUGGUAGUGUAUGGGAUCUUCCUCUGGACACCACGACACCAGGCCCUGCCCUGGAACAGCUUCAGCAGCUAGAGAAGGCCAAAGCUGCAAAGCUAGAGCAAGAGAGAAGAGAGGCAGAAAUGAGGGCAAAACGGGAAGAGGAAGAGCGAAAGAGGCAGGAAGAACUCCGAAGACAACAGGAGGAAAUUCUUCGGCGACAGCAGGAAGAAGAAAGGAAAAGGCGAGAGGAAGAAGAACUUGCCCGAAGGAAACAGGAAGAGGCUCUGCGUCGCCAGCGGGAGCAAGAAAUUGCAUUAAGGCGACAGCGAGAAGAGGAAGAAAGACAGCAGCAAGAAGAAGCUCUUAGAAGACUGGAAGAGAGGAGAAGAGAAGAGGAAGAAAGGCGGAAGCAGGAAGAAUUGUUACGCAAACAGGAAGAGGAGGCUGCAAAAUGGGCCCGGGAAGAAGAAGAAGCCCAGCGUCGAUUAGAGGAGAACCGGCUGCGGAUGGAAGAGGAGGCAGCCAGACUCCGGCAUGAGGAAGAAGAACGGAAGAGAAAGGAGCUGGAGGUCCAGCGGCAGAAGGAGUUAAUGCGCCAGAGGCAGCAGCAGCAAGAGGCUCUCCGGAGGUUGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACAGCUGGCGCAGAUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-340.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -358.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 179.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((.(((((.((((.((((.((((.((((((((((.....)))))))))).)))).)))).)))).))))).)).(((.((.((..((((.....(((((((((.....(((....)))((((((((((....))))))))))((((((((((.(((.........))).))))))))))........(((.((.(((.(((..(((((...(((((...(((..((((((..((((.......))))..........................((((((((((((..........(((((..(.((((((((((.((....)).))))...((((((((((.((.(...(((((((......((((......((((......))))....))))......)))))))...).))(((((...)))))(((.((((((((((((.(((.....((((.(.((((...((((((....(((((.((.((.((((...)))).)).)))))))....))))))((((((((.(....(((((.((((((............))))))...((....))...........))))).....).))))))....))..................)))).)))))..((((..........))))....((((((.((....))..))))))..........((((((...........)))))).................)))(((((((((((....((.((((....)))).))..)))))).)).))).........................)))))))))))))))((.......)).......))))))))))....(((..(((((......))))).))).....)))))).)..)))))....)))))).(((............)))..(.((.....)).))))))).))))))..))).....))))).(((....((((................))))..........(((((....)))))))).....)))))..))))))...)))))..))..)))))))(((....)))(((((.((....)).)))))......))))..)))).))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((.(((((.((((.((((.((((.((((((((((.....)))))))))).)))).)))).)))).))))).)).(((.((.((..((((.....(((((((,{.....{{{....}}){(((((((({...}))))))|||,((((((((((.(((.........))).)))))))))).}},....(((.((.(((.(((..(((((.,.(((((...(((..((((((..((((.......))))....................,,....((((((((((((..........(((((.,(.((((((((((.((....)).))))...((((((((((..{.,.,,(((((((.,....((((......{(({......})))....))))....,.)))))))...,.|.(((((...))))),|{.((((((((((((.{({....,((((.{.((((...{(((((....(((((.((.((.((({...}))).)).)))))))....)))))|((((((((.,....(((((.((((((........,...))))))...((....))...........))))).,...}.))))))....})}..........,|....,}))).,},,,..((((..........))))....((((((.((....))..))))))..........((((((...........)))))),................}}||({((((((((....{(.((((....)))).))..)))))).)),,}.................,........)))))))))))))))||}.....,,}}.,,,..))))))))))....(((..(((((......))))).))).....)))))).}.,)))))....)))))).(((............)))..(.((.....)).)}))))),))))))..))).....))))).(((...,((((...,............)))}..........(((((....)))))))).....)))))..))))))...))))),.}}..)))))))(((....)))(((((.((....}}.))}))..,...))))..)))).))...)