Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HECTD1_0000900
Sequence Length
1862 nt
GC Content
0.4157
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-507.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -544.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 588.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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