Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HECTD1_0002200
Sequence Length
2312 nt
GC Content
0.4079
GAAGAAGAAGAGUACGAAACUAAAGGAGGACGCCGGAGAACAUGGGAUGAUGAUUAUGUGCUAAAGAGACAGUUUUCUGCAUUGGUUCCUGCUUUUGAUCCUAGACCUGGUCGUACUAAUGUCCAGCAGACAACUGAUCUAGAAAUACCACCCCCAGGGACCCCUCAUUCAGAGCUCUUGGAAGAAGUCGAAUGUACUCCGUCACCUCGAUUAGCUCUCACUUUGAAAGUAACAGGUCUUGGAACGACUCGUGAAGUUGAAUUACCACUCACCAAUUUCAGAUCAACCAUCUUUUACUAUGUACAAAAAUUGCUUCAAUUGUCCUGUAAUGGCAAUGUGAAAUCAGAUAAACUUAGGCGUAUUUGGGAGCCCACAUACACAAUCAUGUACAGAGAAAUGAAGGAUUCUGAUAAAGAAAAGGAAAAUGGAAAAAUGGGUUGCUGGUCUAUAGAGCAUGUGGAGCAGUACCUUGGCACUGAUGAAUUACCAAAGAAUGACUUGAUAACCUACCUGCAGAAGAAUGCAGACGCUGCUUUCCUGCGCCACUGGAAAUUAACUGGCACUAAUAAAAGUAUUAGGAAAAACAGAAAUUGUUCUCAGCUCAUAGCUGCAUAUAAGGAUUUUUGUGAGCAUGGAACAAAGUCUGGGUUAAACCAGGGGGCCAUUUCUACUCUUCAAAGUAGUGAUAUUCUUAAUUUAACAAAAGAACAACCUCAGGCCAAAGCAGGCAAUGGACAGAACUCUUGUGGAGUAGAAGAUGUCCUUCAGCUUCUGCGUAUUCUAUAUAUAGUUGCAAGUGACCCUUAUUCAAGAAUAUCCCAGGAAGAUGGUGAUGAACAGCUUCAGUUUACUUUUCCACCAGAUGAAUUCACUAGCAAAAAAAUUACAACAAAAAUAUUACAGCAGAUUGAGGAACCAUUGGCACUGGCAAGUGGGGCUCUGCCAGACUGGUGUGAACAAUUAACCAGCAAAUGUCCUUUUCUAAUACCAUUUGAAACUAGACAGCUUUAUUUCACAUGUACAGCAUUUGGCGCCUCAAGAGCAAUAGUAUGGUUACAGAACCGACGUGAAGCCACUGUGGAGCGAACGAGAACCACAAGCAGUGUUAGGCGAGAUGACCCUGGAGAGUUUCGAGUUGGUCGUCUCAAGCAUGAAAGAGUAAAAGUUCCACGUGGCGAGUCACUGAUGGAAUGGGCUGAGAAUGUCAUGCAAAUACAUGCAGAUCGGAAAUCAGUUCUUGAGGUUGAAUUUUUAGGAGAAGAAGGAACUGGCUUGGGACCCACAUUAGAGUUUUAUGCUCUGGUGGCAGCAGAAUUCCAGAGAACUGACUUGGGAGCUUGGCUUUGUGAUGAUAAUUUUCCAGAUGAUGAAUCUCGUCACGUUGAUCUUGGAGGUGGAUUGAAACCUCCUGGAUAUUAUGUGCAGAGGUCAUGUGGACUGUUCACAGCACCAUUUCCACAGGAUAGUGAUGAGCUUGAAAGGAUCACGAAACUGUUUCAUUUCCUUGGAAUUUUCUUGGCCAAAUGCAUUCAAGACAAUAGACUUGUGGACUUACCUAUUUCUAAACCUUUUUUUAAACUUAUGUGUAUGGGUGACAUUAAAAGCAAUAUGAGUAAACUGAUUUAUGAGUCACGAGGUGAUAGAGACUUACACUGUACUGAAAGUCAGUCUGAAGCUUCUACAGAAGAAGGUCAUGAUUCACUCUCGGUAGGAAGCUUUGAAGAGGAUUCAAAAUCAGAAUUUAUUCUUGAUCCCCCUAAACCAAAACCCCCAGCUUGGUUUAAUGGAAUUUUGACUUGGGAAGACUUUGAAUUAGUAAACCCACACAGAGCCAGAUUUUUAAAAGAAAUUAAAGACCUUGCUAUCAAGAGGCGCCAAAUUUUAAGCAACAAAGGUCUUUCUGAAGAUGAGAAGAACACAAAAUUACAGGAACUAGUGCUGAAGAAUCCAUCAGGUUCUGGGCCUCCACUUAGCAUAGAGGAUUUAGGUUUAAAUUUCCAGUUUUGCCCUUCCUCAAGAAUAUAUGGUUUUACAGCUGUGGAUCUCAAGCCAAGUGGUGAAGAUGAGAUGAUAACAAUGGAUAAUGCAGAAGAAUAUGUGGAUUUGAUGUUUGACUUUUGUAUGCAUACGGGUAUUCAGAAACAAAUGGAAGCCUUUAGAGAUGGGUUUAAUAAAGUUUUUCCAAUGGAGAAAUUAAGUUCCUUCAGCCAUGAAGAAGUCCAAAUGAUUCUUUGUGGAAACCAGUCACCAUCCUGGGCAGCAGAGGAUAUUAUCAAUUACACUGAACCUAAGCUGGGUUAUACACGUGACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-604.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -652.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 486.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(..((..(((((((.......((((.((((.((((.((.((((((........)))))).))..(((((....)))))....)))))))).)))).....(((((.((((.(((....))).))))(((....))).)))))........(((...)))...((((.(((((((((.((((......))))..((.(((.(((((((((....((((((((.(((..(...(((((.(.(((...((.((.((((((((.............))))))))))))..)))..................(((((...)))))).)))))..)..))).))))((((((....(((((.((.......(..(((((..((((((....(((.(((((..........))))))))(((((((((....(((((..(((((((((((.((((((.....)))))).)))))..(((((...((.(((((.((((.((((((.................((((..(((((((.(((((......))((((.(........).)))).((((((....))))))......((((..(((((((..((((((((.(.(......).)...))))))))..)))))))..))))(((...))).(((((.((((((((((((.((((((..((...(((((..........)))))...((....(((......)))...)).))..))).))).))))))).))))).)))))))).))))))).))))....((((((....((((.((((..(((((..(((((..(((.(((((((.(((((((...((((((.(((((((.......(((((((......................................(((...(((((.((....)).)))))..))).((((((((((((((((....(((..(((...((((..((((...........))))...)))))))))).)))))))...)))..))))))(((((((((((....((.(((((....)))))))((((.(((((.(((((((..........(((.....)))....(((((((((((((.((.....)).))..)))))))))..))..............))))))))))))...))))((((........((((...((.((((......))))))..))))..))))))))))))))))))))))...)))))))...))))))(((.((..(((((((((((((.....)))))))))..(((((..(((....)))))).))))))..)).))).((((....))))...((((.(((((....(((..(((((..((((.((((((........)))))).))))...)))))..)))))))).)))))))))))...))))))))))...)))))........))))))))).))))..)))))).))))))..)))))))))))...))))).......((((........)))).......)))))))))))..))))))))).......)))))))))))..).......))....)))))...))))))...))))..))))))))).)))))......(.((((((.(((.(((((((..(((((.....))))).))).)))).))).)))))).).)))))))))))))((((.......)))).)))))))..))..)((..((.......((((((((((((((.((.((((((..(((((((((((((((......((((((((.....(((.((.(((((((......))))))).)).))).((.((((((.(((........((((((((((((.((((.......))))(((((((((.(((((....((..(((......((((((.(((((...)))))((((..(((...(((((....(((..(((((...))))).)))..))))).(((((.....)))))...)))))))((((((.(((....))).....)))))).......))))))...)))..))....))))).)))).)))))))))))))).)))......((........))...)))..)))))).))..)))))))).)))))))))))))).)..))))))......(((((....)))))...........(((((((((.....((((........))))...)))))))))...........)).)))))).))))))))........))...))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(..((..(((((((.,...,.((((.((((.((((,{{.((((((........)))))}.|,..{{{{.,,,,}))))}}.,}))))))).)))).}.,,(((((.((((.(((....))).))))(((....))).)))))........(((...)))...((((.((((((((({({.,....,,|,,,..((.(((.(((((((((....(((({(({.,{|..{{{,({(((.,.{((...((.((.((((((((.............))))))))}}}}..}}}|}}.||||,..|,,.,...,{||.|||||{{|.||,}}..,}}))),}))|{(((((....(((((.,.{{.{{{{(..(((({.,((((({....{{{.(((({..........})))),,,(((((((((....(((({,.{((((((((((.((((((.....)))))).)))))..(((((...((.(((((.((((.((((((...............,.((((..(((((((.(((({.,,{{,|}((((.,,.......,,)))).((((({....)))))),.,...((((..(((((({,,((((((((.{.,......).,...)))))))).,)))))))..))))(({...})).{((((,{(((((((((((.((((((..((...{((((..........))))}...{(....(((......)))...)).))..))).))).))))))))))}))})))})))).))))))).))))....((((((....((((.(((,.,(((((..(((((..(((((((((((.(((((((..{((((((.{({((((,.{{{.,(({((({,...,..................{{{{{,..{{...{{((((..((({,.((.,,{||,|||},.,)),}|||||,((((({{{{.....,,}}}||{...((((..((((.,,....,,,,)))}...))))|||.|||,}}},}},,,,})).,,))),,||||||,,||..,,||,|((((....)))),,,{{{{.(((((.(((((((..........{((.....}))|,..{{(((((((((((.((,...,)).))..)))))))))..}}.,,.....,,....))))))))))))...))))|}.|,,,,,||}||||...(({(((({{,,..||}||}..||}|...|||||||||}}}}}}}}}}}},,.}}}))))..,}))))}|,,,({...|||(((((((((.....)))))))))..{{{,|..||||.|||,,}}},}))})),}}}}}}}}||||.,,,))},...((((.(((({...{(((..(((((..((((.((((((........)))))).))))...)))))..)))))))).)))))))))))...))))))))))...)))))........))))))))).))))..)))))).))))))}.)))))))))))...)))))...,...((((.,......)))),}.....)))))))))))..))))))))).......)))))))))))..).,,}},.))....)))))...)))))),..))))..))))))))).)))}}.}.,},|.((((((.(((.(((((({..(((((.....))))).))).)))).))).))))))}).))))))))))))){{((.......))}}.)))))))..))..)((..((.......((((((((((((((.((.((((((..((((((((((((((,...,..((((((((,....(((.((.(((((((......))))))).)).))).{{.((((((.((,........((((((((((((,((((.......)))}{((((((((.(((((....((..(((......((((((.{{(({,,.}}}}}((((,,{((...(((((...,(({..((((,...,)))).)}),,))))).,{{.,...{{|||,,..,))))))}{{{{{,.||{.,,,))}.....}})))}.......))))))...)))..))....))))).)))).))))}))))))))).)))....,|||.{{{{........))),.)))))).}},.)))))))).)))))))))))))).)..)))))}...,{,(((({.,,,|||||,,.,,.....,|||||||||,,...((((........))))...))})))))}.,}........)).)))))).))))))))........))...))
Back