Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HECTD1_0005500
Sequence Length
2190 nt
GC Content
0.4219
AUUCUGAGACGCCCAUCCCUGCAACGUCGAGCUGGCUCCCGCUCUGAUGUAACGCAUCAUGCUGUUACCUCGCAGCUACCACAGGUACCUGCUGGAGCAGGGAGCCGACCUAUUGGGGAGCAGGAAGAAGAAGAGUACGAAACUAAAGGAGGACGCCGGAGAACAUGGGAUGAUGAUUAUGUGCUAAAGAGACAGUUUUCUGCAUUGGUUCCUGCUUUUGAUCCUAGACCUGGUCGUACUAAUGUCCAGCAGACAACUGAUCUAGAAAUACCACCCCCAGGGACCCCUCAUUCAGAGCUCUUGGAAGAAGUCGAAUGUACUCCGUCACCUCGAUUAGCUCUCACUUUGAAAGUAACAGGUCUUGGAACGACUCGUGAAGUUGAAUUACCACUCACCAAUUUCAGAUCAACCAUCUUUUACUAUGUACAAAAAUUGCUUCAAUUGUCCUGUAAUGGCAAUGUGAAAUCAGAUAAACUUAGGCGUAUUUGGGAGCCCACAUACACAAUCAUGUACAGAGAAAUGAAGGAUUCUGAUAAAGAAAAGGAAAAUGGAAAAAUGGGUUGCUGGUCUAUAGAGCAUGUGGAGCAGUACCUUGGCACUGAUGAAUUACCAAAGAAUGACUUGAUAACCUACCUGCAGAAGAAUGCAGACGCUGCUUUCCUGCGCCACUGGAAAUUAACUGGCACUAAUAAAAGUAUUAGGAAAAACAGAAAUUGUUCUCAGCUCAUAGCUGCAUAUAAGGAUUUUUGUGAGCAUGGAACAAAGUCUGGGUUAAACCAGGGGGCCAUUUCUACUCUUCAAAGUAGUGAUAUUCUUAAUUUAACAAAAGAACAACCUCAGGCCAAAGCAGGCAAUGGACAGAACUCUUGUGGAGUAGAAGAUGUCCUUCAGCUUCUGCGUAUUCUAUAUAUAGUUGCAAGUGACCCUUAUUCAAGAAUAUCCCAGGAAGAUGGUGAUGAACAGCUUCAGUUUACUUUUCCACCAGAUGAAUUCACUAGCAAAAAAAUUACAACAAAAAUAUUACAGCAGAUUGAGGAACCAUUGGCACUGGCAAGUGGGGCUCUGCCAGACUGGUGUGAACAAUUAACCAGCAAAUGUCCUUUUCUAAUACCAUUUGAAACUAGACAGCUUUAUUUCACAUGUACAGCAUUUGGCGCCUCAAGAGCAAUAGUAUGGUUACAGAACCGACGUGAAGCCACUGUGGAGCGAACGAGAACCACAAGCAGUGUUAGGCGAGAUGACCCUGGAGAGUUUCGAGUUGGUCGUCUCAAGCAUGAAAGAGUAAAAGUUCCACGUGGCGAGUCACUGAUGGAAUGGGCUGAGAAUGUCAUGCAAAUACAUGCAGAUCGGAAAUCAGUUCUUGAGGUUGAAUUUUUAGGAGAAGAAGGAACUGGCUUGGGACCCACAUUAGAGUUUUAUGCUCUGGUGGCAGCAGAAUUCCAGAGAACUGACUUGGGAGCUUGGCUUUGUGAUGAUAAUUUUCCAGAUGAUGAAUCUCGUCACGUUGAUCUUGGAGGUGGAUUGAAACCUCCUGGAUAUUAUGUGCAGAGGUCAUGUGGACUGUUCACAGCACCAUUUCCACAGGAUAGUGAUGAGCUUGAAAGGAUCACGAAACUGUUUCAUUUCCUUGGAAUUUUCUUGGCCAAAUGCAUUCAAGACAAUAGACUUGUGGACUUACCUAUUUCUAAACCUUUUUUUAAACUUAUGUGUAUGGGUGACAUUAAAAGCAAUAUGAGUAAACUGAUUUAUGAGUCACGAGGUGAUAGAGACUUACACUGUACUGAAAGUCAGUCUGAAGCUUCUACAGAAGAAGGUCAUGAUUCACUCUCGGUAGGAAGCUUUGAAGAGGAUUCAAAAUCAGAAUUUAUUCUUGAUCCCCCUAAACCAAAACCCCCAGCUUGGUUUAAUGGAAUUUUGACUUGGGAAGACUUUGAAUUAGUAAACCCACACAGAGCCAGAUUUUUAAAAGAAAUUAAAGACCUUGCUAUCAAGAGGCGCCAAAUUUUAAGCAACAAAGGUCUUUCUGAAGAUGAGAAGAACACAAAAUUACAGGAACUAGUGCUGAAGAAUCCAUCAGGUUCUGGGCCUCCACUUAGCAUAGAGGAUUUAGGUUUAAAUUUCCAGUUUUGCCCUUCCUCAAGAAUAUAUGGUUUUACAGCUGUGGAUCUCAAGCCAAGUGGUGAAGAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-596.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -642.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 485.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.........(((((..(.((((..(((((((((((((((.((((((((...))).))))).))((((.((((...)))).)))).))))).)))))))).....)))).).))))).....((((.(..(((((((...(((((.(.((((((......((((........(((.((....))))).(((((.(((((((((((((.(((((.........((((.(((....))).)))).......((.(((((((((.(((.(((...)))...((((.(((((((((.((((......))))..((.(((.(((((((((....((((((((.(((..(...(((((.(.(((...((.((.((((((((.............))))))))))))..)))..................(((((...)))))).)))))..)..))).))))((((((....(((((.((.......(..(((((..((((((....(((.(((((..........))))))))(((((((((....(((((..(((((((((((.((((((.....)))))).)))))..(((((...((.(((((.((((.((((((.................((((..(((((((.(((((......))((((.(........).)))).((((((....))))))......((((..(((((((..((((((((.(.(......).)...))))))))..)))))))..))))(((...))).(((((.((((((((((((.((((((..((...(((((..........)))))...((....(((......)))...)).))..))).))).))))))).))))).)))))))).))))))).))))....((((((....((((.((((..(((((..(((((..(((.(((((((.(((((((...((((((.(((((((.......(((((((......................................(((...(((((.((....)).)))))..))).((((((((((((((((....(((..(((...((((..((((...........))))...)))))))))).)))))))...)))..))))))(((((((((((....((.(((((....)))))))((((.(((((.(((((((..........(((.....)))....(((((((((((((.((.....)).))..)))))))))..))..............))))))))))))...))))((((........((((...((.((((......))))))..))))..))))))))))))))))))))))...)))))))...))))))(((.((..(((((((((((((.....)))))))))..(((((..(((....)))))).))))))..)).))).((((....))))...((((.(((((....(((..(((((..((((.((((((........)))))).))))...)))))..)))))))).)))))))))))...))))))))))...)))))........))))))))).))))..)))))).))))))..)))))))))))...))))).......((((........)))).......)))))))))))..))))))))).......)))))))))))..).......))....)))))...))))))...))))..))))))))).)))))......(.((((((.(((.(((((((..(((((.....))))).))).)))).))).)))))).).)))))))))))))((((.......))))...((((((((.((..((((((((..........))))))))..))..........((((...(((.......)))...)))).....(((.((.(((((((......))))))).)).)))))))))))((............))......))).)))))..)))).)).......)))))...))))))))))))).)))))))))......)))))))))))).(((......)))((((((....))))))...))))))).)))))))).)))))......((((((.(((.(((........)))))).)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({{((.......,.(((((..(.((((,.(((((((((((((((.((((((({...})).))))).))((((.((((...)))).)))).))))).)))))))).....))))},.))))).....{,{{.{,..,{{{((...(((((.(.((((((.,,,,,((((........{((.{{....}}})}.(((((.((((((((((((({((((,{{{(((((.((((.(((....))).))))(((....))).}))))........{((...)))...((((.((((((((({({......,{|,,|,.((.(((.(((((((((....(((({(({.,{|..{{{,({(((.,.{((...((.((.((((((((.............))))))))}}}}..}}}|}}.||||,..|,,.,...,{||.|||||{{|.||,}}..,}}))),}))|{(((((....(((((.,.{{.{{{{(..(((({.,((((({....{{{.(((({..........})))),,,(((((((((....(((({,.{((((((((((.((((((.....)))))).)))))..(((((...((.(((((.((((.((((((...............,.((((..(((((((.(((({.,,{{,|}((((.,,.......,,)))).((((({....)))))),.,...((((..(((((({,,((((((((.{.,......).,...)))))))).,)))))))..))))(({...})).{((((,{(((((((((((.((((((..((...{((((..........))))}...{(....(((......)))...)).))..))).))).))))))))))}))})))})))).))))))).))))....((((((....((((.(((,.,(((((..(((((..(((((((((((.(((((((..{((((((.{({((((,.{{{.,(({((({,...,..................{{{{{,..{{...{{((((..((({,.((.,,{||,|||},.,)),}|||||,((((({{{{.....,,}}}||{...((((..((((.,,....,,,,)))}...))))|||.|||,}}},}},,,,})).,,))),,||||||,,||..,,||,|((((....)))),,,{{{{.(((((.(((((((..........{((.....}))|,..{{(((((((((((.((,...,)).))..)))))))))..}}.,,.....,,....))))))))))))...))))|}.|,,,,,||}||||...(({(((({{,,..||}||}..||}|...|||||||||}}}}}}}}}}}},,.}}}))))..,}))))}|,,,({...|||(((((((((.....)))))))))..{{{,|..||||.|||,,}}},}))})),}}}}}}}}||||.,,,))},...((((.(((({...{(((..(((((..((((.((((((........)))))).))))...)))))..)))))))).)))))))))))...))))))))))...)))))........))))))))).))))..)))))).))))))}.)))))))))))...)))))...,...((((.,......)))),}.....)))))))))))..))))))))).......)))))))))))..).,,}},.))....)))))...)))))),..))))..))))))))).)))}}.},,},|.((((((.(((.(((((({..(((((.....))))).))).)))).))).)))))),).}))))))))))))..||...{((((({....}))}}))}.{{..((((((((..........))))))))..))..,{{{{...((((...(((.......)))...))))..}})}||.,({(((({...,}}}}))||((((((((({...{{{{,........}}},.})),....})))))))}},..})).)))))....,,,,,...))))))))))))).)))))}})),,,...)))))))))))).,|,......{{(((.,,,{{...||||,,,,}))))})}})))))))..}}}}...,,|{{{{{{.|||.{||}}{{{,.{||,,,,})),,,,.}}}}
Back