Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECTD1_0015200

Sequence Length

1256 nt

GC Content

0.3997

AUCCAGUAAAAACUUCUGUUAUAAUCCCUUUAGUCCUCUUUUUUUCAGUUUUUAUGAAGAACAGUUUGUCAGCAUCUUCAUUUAUGCAGGACAAUGUAAUUUGACCCAGUCUCCAUCGAAGGCAAGAGAUUAUAAGAAGGAAGGAGAUAAAAAUGAUGCAAGUUGUUUUGAACUUCCUUAUGUGCUAGAUAAUAUGGAUAACAUGAAAGAUGCCACAUACAUUAUUCCGUAGUAAAUAGGCAUUAUCUUAAGUAGUCAUUGUUUUUAAGUAACCUACCAGGUCACAUAUCUAAGCCCCGUUUUUCACUGAUUGACUUAAUUCUGUUUUUCCUCGUAAGAUCUUUUACAUGUUGUAAAGGUUUGUUUUUUUGGUUAUUGUUUUUUAAAUAGCCCCACAUGGUUAUCCAUUUAUAUUAUGAUUUUGUAAUUCAGGUUUAGUUUAUGGUUGUCCUUUAUCACUUGUUUUUGUCAUGCUUGUGUCUGUGCUCAUCUUGUAUGUGGUGGCAGAACGCAACAGUUGUCCCUUUUGAAUUUUACUUUUGUUUUGUAAAAACCUAAAAUGCAAAGUUCCUUUGUUAUGCUUUCUUAAUUGUGUUGACAUAAGGUUGUGGGUUUUGUUUUCAAGAUUUCCUUGAUAGCUGCCGUGCCAGUACUCUAUUGGCUGAGCUCGAUGAUGAUGAGGACUUACCUGAGCCAGAUGAAGAAGAUGAUGAGAAUGAAGAUGACAAUCAGGAGGACCAAGAAUACGAGGAGAUUCUGAGACGCCCAUCCCUGCAACGUCGAGCUGGCUCCCGCUCUGAUGUAACGCAUCAUGCUGUUACCUCGCAGCUACCACAGGUACCUGCUGGAGCAGGGAGCCGACCUAUUGGGGAGCAGGAAGAAGAAGAGUACGAAACUAAAGGAGGACGCCGGAGAACAUGGGAUGAUGAUUAUGUGCUAAAGAGACAGUUUUCUGCAUUGGUUCCUGCUUUUGAUCCUAGACCUGGUCGUACUAAUGUCCAGCAGACAACUGAUCUAGAAAUACCACCCCCAGGGACCCCUCAUUCAGAGCUCUUGGAAGAAGUCGAAUGUACUCCGUCACCUCGAUUAGCUCUCACUUUGAAAGUAACAGGUCUUGGAACGACUCGUGAAGUUGAAUUACCACUCACCAAUUUCAGAUCAACCAUCUUUUACUAUGUACAAAAAUUGCUUCAAUUGUCCUGUAAUGGCAAUGUGAAAUCAGAUAAACUUAGGCGUAUUUGGGAGCCCACAUACAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-300.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -329.55

Frequency: 0.0000

Diversity: 283.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((.........)))......................(((((((.......))))))).((((((((.((((..((((...((((((((((((((((((((((..((((..((((((((((.(((........(((((((......((((((((....))))))))...)))))))(((((.((.....((((.....)))).....)).))))).(((((((((((.((.....(((.((.((((..(((.((.((.(((((..((..((((..(((((...............(((..((...))..))).....((.(..(((((((((.((((((((.(((...)))))))))))........(((((((........)))))))....((((....))))........(((.((((.....)))).)))((((.(((((.(((((((((..(((((((((((((.(((.((((((.(((((...(((((..(((((.(.(((......))).).)).......((((((.........)))))))))....)))))(((((((.((((((((((((((((..(((....)))))))).....(((...(((.(((((.....))))).))).)))..(((((((...))))))).))))...))))))).).))))))...))))))))))..).)))))))))))))))).))))).....)))).))))).)))))))))))))..).))((((.............)))).....((((((((((((((.((((((((...))).))))).))((((.((((...)))).)))).))))).))))))))))))..))))..))...))))).)))).)))........)))).)).))).....))))))))))))).....((((..((((.....))))..))))...))).))))))))))...))))..))))((((...((((.....))))..((((((.(((((.......(((((.(((...(.(((((((....(((.((.((((((.((........))..))))))..)).)))))))))).).....))))))))........((((.((.(......)))))))..)))))))))))...............))))..)))))))....)))))))))))))))..)))).......))))))))...(.((((.(((....))).)))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

....{(,....,|,..|||.....,,,,..,,..,,,...{((((((.......))))))}.((((((((.{,{(..(((({,,((((((((((((((((((((((..((((..((((((((((.({{,,,,....{((((((......((((((((....))))))))...))))))}{((((,,{.....{(((.....)))}.....}|.||||||(((((((((((.((.....(((.{{.((((..(((.((.((.(((((..((..((((..(((((.........{({..,({{...{,..||..},}.....((.(..((((((((({((((((((((({...}))))))))))........(((((((........)))))))....((((....))))....,...{{{.,,{|.,,..}}}}.,,,,{((.(((((.((((((,(({{(((((((((((((.(((.{(((((.(((((..,{{{{{..(({{({(,{{{{,,,.{||,,|{,,....|..,,,{||,..,},,,,)),}}|}}},,..}}}|||,,..((((((((({((..........)}},})))).))))..,}|{|||,,(((.((({{.....}}})}.}||,|||,.(((((((...))))))),}}))||,}.,,,.,})))))),,}},))))))))))..}.))))))))))))))}),),))).,,..)))).))))).))}))))))))))..).)){{{{..,,....}}...))}},.},,((((((((((((((.((((((({...})).))))).))((((.((((...)))).)))).))))).))))))))))))..))))..))..,))))}.)})).)))........)))).}}.))).....)))))))))))))..,},|||{..,((({,...,})))}))})}}}))).))))))))))...))))..))))((((...{(({....,)}}}..((((((.(((((.......(((((((((...(.(((((((.,..{{{,,{.{(((({.,{.....,,.,},.)))))}..|)}}|}}}})))}.).....))))))))...,..,.((({,({,(......,)}))))..)))))))))))....,,,....,...))))..)))))))....)))))))))))})))..}}))},...,.)))))))).,}}.{||{.{||,,..}}).)))).,