Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HECTD1_0020400
Sequence Length
2350 nt
GC Content
0.4294
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-656.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -699.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 541.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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