Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECTD1_0025200

Sequence Length

2161 nt

GC Content

0.4031

GAUGAUGAUGAUGGCCACUUGCUGGCUUUGCAGAUCAUAAGGGAUUUAGUAGAUAAAGGUGGUGAUAUAUUUUUGGAUCAGCUAGCCAGACUUGGUGUAAUUAGCAAAGUGUCAACGUUGGCAGGUCCUUCCUCUGAUGAUGAGAAUGAAGAGGAAUCAAAACCAGAAAAAGAAGAUGAACCACAGGAAGAUGCUAAAGAAUUGCAACAAGGUAAACCAUAUCAUUGGAGAGACUGGUCAAUCAUUAGGGGAAGGGACUGCUUAUAUAUUUGGAGUGAUGCAGCAGCCUUGGAAUUAUCUAAUGGCAGUAAUGGAUGGUUCAGAUUUAUCUUGGAUGGAAAACUUGCCACCAUGUAUUCAAGUGGUAGUCCGGAAGGUGGAUCUGACAGUUCAGAAAGCCGAAGUGAAUUCUUAGAGAAGUUACAAAGAGCUCGAGGCCAAGUAAAGCCAUCUACUUCAAGUCAACCUAUACUGUCAGCACCAGGACCCACUAAACUUACUGUAGGAAAUUGGUCACUGACAUGUUUGAAAGAAGGAGAAAUUGCUAUUCAUAAUUCAGAUGGUCAGCAAGCUACAAUAUUGAAAGAAGAUUUACCUGGUUUUGUAUUUGAAUCUAAUAGAGGAACCAAACAUUCAUUUACUGCAGAAACUUCCCUGGGUUCAGAAUUUGUGACUGGCUGGACUGGCAAAAGAGGCAGAAAACUGAAAUCUAAGUUAGAAAAAACAAAGCAAAAGGUACGAACUAUGGCUCGAGAUUUAUACGAUGACCAUUUUAAAGCUGUUGAAAGCAUGCCUCGUGGAGUAGUGGUAACACUCAGAAACAUAGCAACUCAGUUAGAGUCAUCUUGGGAACUUCAUACAAAUAGACAAUGUAUUGAGAGUGAGAACACUUGGAGAGAUUUAAUGAAGACAGCUUUAGAAAACCUAAUUGUACUUUUGAAGGAUGAAAACACAAUUUCACCAUAUGAAAUGUGUAGCAGUGGCUUGGUACAAGCACUUCUUACUGUGUUAAACAAUAGCAUGGAUUUGGAUAUGAAACAAGAUUGUAGUCAACUGGUAGAAAGAAUAAAUGUUUUUAAAACUGCCUUUAGUGAAAAUGAAGAUGAUGAAAGUCGACCAGCAGUUGCGUUAAUUCGAAAGUUAAUAGCUGUACUAGAAUCUAUUGAACGUCUACCUCUCCAUUUGUAUGAUACACCAGGAUCCACAUAUAACCUCCAGAUACUUACAAGGAGAUUACGAUUUCGGUUGGAACGUGCACCUGGUGAAACUGCAUUGAUUGACAGGACUGGCAGAAUGUUGAAGAUGGAACCUUUGGCUACAGUUGAAUCUCUGGAACAGUACCUUUUGAAAAUGGUAGCAAAACAGUGGUAUGAUUUUGACCGAUCUUCAUUUGUUUUUGUUCGAAAAUUAAGAGAAGGACAAAAUUUUAUAUUUCGGCACCAGCAUGAUUUUGAUGAAAAUGGAAUCAUUUACUGGAUUGGAACAAAUGCAAAAACUGCUUAUGAAUGGGUAAAUCCAGCUGCCUAUGGACUUGUAGUAGUAACGUCAUCAGAAGGAAGAAAUCUACCUUAUGGCCGCUUAGAAGACAUACUAAGUCGUGAUAAUUCAGCUUUAAAUUGUCAUAGCAAUGAUGAUAAGAAUGCCUGGUUUGCCAUAGAUCUGGGUCUCUGGGUGAUACCAUCAGCAUAUACACUUCGUCAUGCUCGUGGUUAUGGAAGGUCUGCACUGAGAAAUUGGGUUUUCCAGGUAUCCAAAGAUGGACAGAACUGGACUUCUUUGUAUACCCAUGUUGAUGACUGCAGUCUCAAUGAACCAGGGUCAACUGCAACUUGGCCUCUUGAUCCACCAAAGGAUGAGAAACAAGGGUGGAGACAUGUGAGAAUUAAACAGAUGGGGAAAAAUGCCAGUGGACAAACACACUACCUCUCAUUAUCUGGAUUCGAACUUUAUGGCACUGUAAAUGGAGUAUGUGAAGAUCAGCUAGGGAAAGCAGCUAAAGAAGCAGAAGCUAAUCUUAGACGGCAGAGACGUCUAGUACGUUCCCAGGUUCUGAAAUACAUGGUUCCAGGAGCUCGUGUUAUCAGAGGCCUGGAUUGGAAAUGGCGAGAUCAGGAUGGCAGCCCACAGGGAGAAGGCACUGUCACAGGAGAACUACACAAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-541.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -586.29

Frequency: 0.0000

Diversity: 804.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.((.((.((((..((((((..((.((((..((((...(((.((........)).)))....))))..)))).)).))))))....))))(((((..((..(((((......(((((..(((((((((((((((.........((....))...(((((........((((((((.......(((........))).......)))........))))).......)))))..)))))))))))))))..)))))..........((((..((.(((..(((.((((((..((..((((.....(((((.((.((((((((((((...((((....(((((((..((....)).))))))))))).)))))))))))))).)))))....)))).))..)))))).)).)..))).))....))))((((((((((((((((((((.((((...((((...(((.((((((.(((((..((.((..........)).))...)))))..)))))))))))))..)))).)))..(((((..((((.......))))..)))))..........................)))))))(((..(((((..................)))))..)))(((((......((((((.((((....(((.((((((((((.(((.(......).)))..((((........)))).............((((((((((...(((((..(((((..((((((.((..((((......(((......))).......)))).)).)).))))..))).))..)))))..((((.....)))).(((((((.....((((((((((..............(((((....)))))((((((((((...((((((((..((((.....)))))))).))))....))))....(((((.(((((.....))))))))))((.((((.((((...)))))))).))..((((((((.....))))))))...(((((........(((((.((((((.(((.(((...((((.(((((......(((((((((((.......)))))..(((....))).....))))))))))).)))).....))).))).)).)))).))))).......))))).))))))))))))))))....)))))))............((((((...((((.(((....((((.((((....))))))))..))).))))..(((((.....)).)))(((((((.(((.(((........))).))).))..))))).....))))))...))))))))))(((((.(((.((......)).))).)))))..((((...........((((((((..............)))))))).........))))..)))))((((((((.((....))))))))))....((.(((......))).))...(((((......(((((((........)))))))......)))))......((((((((((((.((....)).))))((((((((......(((.......)))(((((((((........)))))))))((((.((((((.....((((.(((((((((.((((........))))))))).))))...)))).......)))))))))).))))))))(((((((((.............))))))))).(((((.((((((.(..((....))..).)))))).)))))....))))))))..))))).)))))))))))))....)))))))))))))))....((((((...(.........)...))))))))))).))..)))))........((........))((((........)))).))))))))))))(......((.(((((((..(((........))).))))))).))((((.(......)))))..((((((....)))..)))((((((.......))))))(((.(((((((((((((((...(((((((((...)))).)))))..))))).)))))).(((.......)))..((..(.(((((((((...)))........)))))))..))))))))).....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.{,,{{,{(({,({(((,{,{({,,({((((({(({{{{{{|||||,,{{{{{,,{{{||{|{,....,,,,,{{|{(,(((((({{(,{,{{{(((...,,|||..{{|||...||||((((.|(((((((((((((((,....,...{|....}}...,((((........,,(((,((.,.||..{.(((.........))}.,..{|,...||,..}},,),,.....))))),.}))))))))))))))|.))))|.,,.,{{{{{{{{|||||{,||,|||||{{,,,,.}||,,||((,,{,.(((((,{,{((((((((((((...((((....(((((((..((....)).))))))))))).)))))))))))))}.}}}}}....|||,.,{{{{,|{({...}}}},}}}}...,,}})}|||||,,.||...}}}}||,,||||}},|{{|...,,{||{{{{|}||||(|{((((,........{{||{|,.,,|||||..|||||,,||||||{.||||,{|....,,||.}}|,|..}}}}}))})}})),,,,}},......,,......,.,},,..{((((({.{{((,,...,,}}}}.,)))})))..,,}}}}}),,))))}}....,,...)))))}}|...,,,.,,.))))}}}},||||{,.,{{{{{(||..,{{{.....,,.}}}).............{,(((((((({{...,((({(((,......,.))).).)))|((((((((((((.....,,,..(((.(.((((,((,....||||{.,...{,,.,,.,(((.,,.,}}}},.,|{{{,.....{{{{{{{,........)))}}})})||}|...,))))).).)))......,,..)))))))))))),.......))))))))))}.....,....((((,,(((((.....)))))))))).({((((((((({{.||,}|||,{{{..((((((((.....))))))))...,|}}..}}.....{(((({((((({,{{(((((.,{((({....}}}))}....))))),,,|,,..{{{((((((({.(.{((((({((({,,.,((({,|{,,(({{{{{{,,,.||((((({(((((.(({(((.{{{((({.{{..((({{{{{{|,|...(((((((.,.(((...{{{{((({.,....,.....}))},,,.,{,,,||}}}}),,,.)))..)))))))...{||||.....,}.}})}}..)),)),,)))).,,})))))...}}}))}),))))}},..,}|||}.,}}}}},})})))}|.,|,||,)}}}.....)))).))))))).}.}.})))))))}|,,,(((((((,{{,..,,,{{...,,,,,,,.}}}}}..}}}}}},,{(((,((({((((,((....|||}}}}))),..}}|},{|.,,,,,})},)}...(((((,.....(((((((........))))))).....,}})))}}}...|||||}}}||((,{{....}}.|||||||||{(({{{{..,,,...}}}}))}{(((((({{........}||||||||,{{.|||||||,..,.{{{(,((((((((({{,(({,,,,|||||||}}}}|.||||,.,||||...,...}}))}))))).)))))}}||{||||{{{.,,,{,,,,...|||}}}})))}(((((.((((((.(..((....))..).)))))).)))))}}}||}},})}}}}}})))),..}}.}})}}}}}},}))))..||||}}}||||.,((({{{...||,},,,...)..,))))}),.|{{,({.,,,,,...||,|||{{,,....,|))||{(......,.))))}})),,,.)))))))}}}}}...}||||||}.,||}},,,.,,)))}|))),,},||{(((.{,,,.,,},|||..,,,{{{....)))..}}|((((((.......))))))},..,|||||{({((((({...(({{(((((...)))).})))),.))))))))))))}}}.....}}}),}}}}}},|.{|||||{({.,.},},}..)),.}))))}),,,,,..}},,.,..,,