Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECTD1_0026700

Sequence Length

1114 nt

GC Content

0.3896

UGUAUUGAGAGUGAGAACACUUGGAGAGAUUUAAUGAAGACAGCUUUAGAAAACCUAAUUGUACUUUUGAAGGAUGAAAACACAAUUUCACCAUAUGAAAUGUGUAGCAGUGGCUUGGUACAAGCACUUCUUACUGUGUUAAACAAUAGCAUGGAUUUGGAUAUGAAACAAGAUUGUAGUCAACUGGUAGAAAGAAUAAAUGUUUUUAAAACUGCCUUUAGUGAAAAUGAAGAUGAUGAAAGUCGACCAGCAGUUGCGUUAAUUCGAAAGUUAAUAGCUGUACUAGAAUCUAUUGAACGUCUACCUCUCCAUUUGUAUGAUACACCAGGAUCCACAUAUAACCUCCAGAUACUUACAAGGAGAUUACGAUUUCGGUUGGAACGUGCACCUGGUGAAACUGCAUUGAUUGACAGGACUGGCAGAAUGUUGAAGAUGGAACCUUUGGCUACAGUUGAAUCUCUGGAACAGUACCUUUUGAAAAUGGUAGCAAAACAGUGGUAUGAUUUUGACCGAUCUUCAUUUGUUUUUGUUCGAAAAUUAAGAGAAGGACAAAAUUUUAUAUUUCGGCACCAGCAUGAUUUUGAUGAAAAUGGAAUCAUUUACUGGAUUGGAACAAAUGCAAAAACUGCUUAUGAAUGGGUAAAUCCAGCUGCCUAUGGACUUGUAGUAGUAACGUCAUCAGAAGGAAGAAAUCUACCUUAUGGCCGCUUAGAAGACAUACUAAGUCGUGAUAAUUCAGCUUUAAAUUGUCAUAGCAAUGAUGAUAAGAAUGCCUGGUUUGCCAUAGAUCUGGGUCUCUGGGUGAUACCAUCAGCAUAUACACUUCGUCAUGCUCGUGGUUAUGGAAGGUCUGCACUGAGAAAUUGGGUUUUCCAGGUAUCCAAAGAUGGACAGAACUGGACUUCUUUGUAUACCCAUGUUGAUGACUGCAGUCUCAAUGAACCAGGGUCAACUGCAACUUGGCCUCUUGAUCCACCAAAGGAUGAGAAACAAGGGUGGAGACAUGUGAGAAUUAAACAGAUGGGGAAAAAUGCCAGUGGACAAACACACUACCUCUCAUUAUCUGGAUUCGAACUUUAUGGCACUGUAAAUGGAGUAUGUGAAGAUCAGCUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-269.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -292.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 330.56

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((.((((((.(((....)))(((((..((((((((((((((((............((((.(((((((((.((((...(((((.(((((.....))))))))))((.((((.((((...)))))))).))..((((((((.....))))))))..((((.(((((.......))))).))))(((((.((........((.(((.....((((....))))......))).))........)).)))))......))))..))))))))))))))))))).))....)).))))))..))).))(((((((((((.((((.(((..(..(((((.......((((............)))).....((..(((((((((((((((..(((......((((..(..((((.(((((((.((((..(((.((..((...((...))...)).)).))).))))...)))).))).))))..)..)))).....)))..))))).))))))))))...)).(((((.(((((((((((..(((((...........)))))..))))....((((.((((((((.((....))))))))))...))))....))))))).))))).(((((......(((((((........)))))))......)))))......((((((((((((.((....)).))))((((((((......(((.......)))(((((((((........)))))))))((((.((((((.....((((.(((((((((.((((........))))))))).))))...)))).......)))))))))).))))))))(((((((((.............))))))))).(((((.((((((.(..((....))..).)))))).)))))....))))))))(((((((((.........)))...)))))).((((...((((.((((......))))))))..)))).)))))..)..)))...)))).)))))))))))........((((........))))..)))))).)))((((.((.((.(((((((..(((........))).))))))).))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((.((((((.,,,..,.{((,((({{.{{{,.{((((,,,.|}|||,.....}},},}}}.))))}.}}}.......(((({,(((((.....)))))))))).(((((((((((((.{{..((..(({..((((((((.....))))))))....)}}..}}.....((((((((((((,{,(((((.{{((({....}}))))....)))))..,|||..{((((((((({.{.(((((({((((....((((.,{..((((({((,,,.,{(((((,(((((.(({(((,{{{((({.{{..((({{{({{,.{.,.(((((((.,.(((...{{{{((((............)))),,,..|,,,||}}}}),,,.)))..)))))))...{||||....,,|.,|)}}..}}.}},,}))}..,}}))))...}}})),},))))}},...}|}|}.,)))}|,))}))))}..,,},,)))}.....)))).))))))).}.}.)))))))))|,,,{{((((({{{{..{{{{{...,,,,,...}}}}}..}}}}}},,{((({(((,(((({(({,,,|||,,,,))),,.}||},{{.,,,,,))},)}...(((((,.,...(((((((........))))))).....,)})))}}}...,||||}}}||((,({...,}}.||||{{{((((({{{{..{{{...}}},)}}(((((((((........))))))))}(((,{((((((...,.((((.(((({((((,{(((,....,,,))))))))}.))))...))))...,...)))))))))).))))))))|,|}}}|{{...,,,}},...|||}}}}))),(((((.((((((.(..((....))..).)))))).)))))}}})))).))))))))))))...}}.))))))})),}))))..(((.(((.((((((((......)))),.,,..))))))).))).(((.((.........)).)))((.,......)){(((......,,)}))..)))))).)))((((.{{.((.(((((((..(((......,.))).))))))).)),}))))