Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HECTD1_0028800
Sequence Length
2229 nt
GC Content
0.3975
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-563.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -607.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 756.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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