Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HECTD1_0031200
Sequence Length
2211 nt
GC Content
0.3709
GUUCAACCGAUUCACCUGCCUCAGCCUCCCAAAUACCUGGGAUUACAGGUGCGCGCCACCAUGCCCGGCUCAUUUUUGCAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUACCUCAAGUGAUCUGCCCGCCUUGGCCUCCCAAAAGCCACUGCGCCCAGCCUGAUAUGUAUUGUUGAUUUAUUAAUAUUGAACUGGCCAACAGCACUGCUAUGCUUGAACAAAGCUUAUUUUAGCACACACUUUUUUUUUUUUUUUCUUGCAAGGUACGUCACAGUCUCCUUGUGCUUAGAAACACUGGAUAGCACUUAAGCACUAUGUUUGGGGGCCAUUUUAAACAAUGAAAUCAGGAAGAAAAAGCCCCAAAAUUCAAAAUAUGUGACACUAAGUAGAUUGUGAAUAGGGCACUUGUUUAUAGUAUGAGACCUGAAGCAAGAAAGAGUGUCACCUUUUUGAAUUCUGCUGGGAACAUGCAUAUUGGGCACCUUAAAUUUAUUGCUGCACUGUGCAUGUCUGUCAAUGAAUGUGAAAGCUCUGCAAUGAUUGAUUUUGAGGUUACAAAUUUUAAUGAAUACUCAUAUUUGCAAGCAUGGAACCGUUGAAUAAUCUGACUAUAAAUCACCUACCUCAAGAGUUUUUUGGAAUAUCUAAUAUGUCGUAUUAACCAACCAAAUCUAGACUACAGGAUACUGAAAUUUCAUAACACAAACUAAAAAAAAUCAGUGAGGACAUUGUCUCAAUCCUGUAUUCUCAUUAAAAAAAAAAAAAUUAUGGAGGGUGUGGAGUGAGGGUGGCAAGGGUUCCAGAACUGUUGGGUACUAUGCUCACUACCUGGGUGUUGAGAUCAUUUGUAUUGCAAACCUUAACAUCACACAGUAUACCCAUGUAACCUGCACAUGUACCCCGAAUCUAAAAUAAAAGUUGAAAUUGUAAGAAAAAAAUUUUAAAAAUUACUGCUUCACUUUCUUGAUUUGAAAUCAGUAGCAACUCAGUGAGUAGGUGGCUAUCCUUUUGCAUAUAUAAACAAGUAUGCAUCAAAAUAUUUUAGGCAAAAAUAAUUUUAACUAAUUUAUUUAUUUUUUUUUAUUUUUUGAGGCAAAGUCUUGCUCUGUCACCCAGGCACUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAGCCUCCACCUCCCGGGUUCAAAUGAUUGUCCCGCCUCAGUCUCCUGAGUAGCUGGGACUAUAGGCAUGCACAACCAUGCCCAGCUAAUUUUAUUUUUAAUUUUUAGUAGAGACGAGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACUGACCUCAAGUGAUCUGCCUGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUAGGAUUACAAGCAUGAGCCACCACACCAGUAUUAAUUAUUAAUACUGUUUUAUAAAGAGAUAGUUUCUUCAAACUUGUCUUAUAUCCAUGAUUGCCAUCUUUUAAUUCUGAAGGGCAUACCAAAAUAGAAUAGAAAGUAUUAUUAAGUAGUUUAGAGAGAUACGUUUUUUUCUGUUGCAUUAGAGUUAUGCUGGGUUUGUUUGGGAUUAAAAUGGCAUUAGGUGAAUCCUAAAUUUACAUUACUUAAGCAUAUAUUUUUAAAUAAUAUCAUGUACUAAAUUUCAUCAGACCCAGAACAUACAUAGGUUGUUUCCUCAAAUAACUGUAACUUCGAGAGCUCAUUUGUGCCCAAAUGACAGUACAUACGUACCUUUUCGUGGUGAAAUAUGUAAAUACGAGUGUCUAUAAAAGUGAAGAUUUGGUAAAAUUAUUAAUUGUAAAAAUUCACAUUUGUUGUGUUUAUUUUGGUAGGUACGAACUAUGGCUCGAGAUUUAUACGAUGACCAUUUUAAAGCUGUUGAAAGCAUGCCUCGUGGAGUAGUGGUAACACUCAGAAACAUAGCAACUCAGUUAGAGUCAUCUUGGGAACUUCAUACAAAUAGACAAUGUAUUGAGAGUGAGAACACUUGGAGAGAUUUAAUGAAGACAGCUUUAGAAAACCUAAUUGUACUUUUGAAGGAUGAAAACACAAUUUCACCAUAUGAAAUGUGUAGCAGUGGCUUGGUACAAGCACUUCUUACUGUGUUAAACAAUAGCAUGGAUUUGGAUAUGAAACAAGAUUGUAGUCAACUGGUAGAAAGAAUAAAUGUUUUUAAAACUGCCUUUAGUGAAAAUGAAGAUGAUGAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-540.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -581.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 420.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...))(..((((...((((.....(((((......)))))....))))....(((.........)))(((((((..((((((((.(((((.(((.(((((((((((((((((((((.(((.....(((.........))).....))).))).)))))..(((..(((((((((.(((((((((((...(((((((.............((((.(((((........((((((.(.........(((......)))..................((((((((((((.((......))..)))))))...)))))....).))))))((((((((...))))))))))))).)))))))))))..))))))............((.(((((((((...((((((((.......((((...((((...(((((.......))))).))))..)))).....))))))))..))))))))).))))))).(((((((((.((((((............)))).)).)))))))))....(((((((((((((.....((((((...(((((((((((((....(((((.(((.((((((.(((((((((((((((((((.(((.....(((.(((.....((((...((((...((((((((((......((((((...)))))).....))......(((.(((((((((((((..(((..((........))..)))..)))))((((......)))).)))))))).)))...........))))))))...))))..))))))).)))....))).)))))))....))))((((((..(((....(((.(((((((((((....(((((...))))).))))))............))))).)))....)))...))))))((..((((...((((((((((((..((((((...............((((((.((((..((...))..))))..)))))).(((((.(.(((..((.((((.......(((((((........)))))))...(((((..((((..((((....))))..))))..)))))................((((.(((.((..((((.((((.....))))..))))..)).))).))))....)))).))..)))).))))).........((((((((((((....)))))..)).)))))....((((((......)))))).......)))))))))))))))))).))))..))..(((((((((((..(((.((((.((((((((..((......))..))))..)))).))))))).((((.((.....(((((.(.....).)))))))))))......(((((((((...))))))))).........((((((((((....)))).))))))...........((((..((((.......))))))))......(((((((.((((.(((((.((((.....))))...))))).)))).)))))))((.((.(((((((.(((((((((..(((((((..((((...(((((.....))))).....))))......(((((((((.......))))).))))....))))))).)))))))))..........((((((((....))))))))))))))).))..))(((((((....)))))))..((((....)))).....))))))))))).)))))))).)))))).))).)))))...)))))..))))))))...))))))....)))))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((.........))).).))))((((((((((((..........(((.(.((((((((....))))..............((((((((..(((...(((...........)))...)))..)).)))))).((....)))))).).)))..........))))))))))))........))))))))....)))))))).(((((.(((((.....)))))))))).))))))))))))....(((((........))))).......))))))).........)))))).((.(((....)))))..((((((.(.....).))))))...))).))))).))))))))))))))))))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
((...}}(..,,({|{{({,...,..(((((......)))))...,}))}|.,.{{{.....,,..)))(((((((..((((((((.(((((.(((.(((((((((((((((((((((.(((.....(((.........))).....))).)))}}))))..(({..(((((((((.(((((((((((.,.(((((({............,((((.(((((..((({{.{({{,(((({{,.....(((......)))..................{{{{,,((((((.((......))..))))))|...}))},...,}.,.))),,||||}|}...))))))..))))).)))))))))))..))))))............{{.(((((((((...((((((((.......((((...((((...((({{.......}))}}.)))}..)))).....))))))))..))))))))).})))))).(((((((((.((((((............)))).)).)))))))))....(((((((((((((.....((((((...(((((((({((((....{((((.{((.((((((.(((((((({({{(((((((.(((.....(((.(((.....{(((,..((((...((((((((((......{(((({...)))))}.....}},,....(((.(((((((({((((..{{{..,,........,,..,}}..))))}((({......)))).)))))))).)))...........,}))))))...)))),,))}}))).)))....))).)))))))....)}}}((((((..(((....(((.(((((((((((....(((((...))))).)))))),..........,))))).)))....)))...))))))((..((({...((((((((((((..{(((({......,,,,.....|{{{((.{{{{.,{{...}}..})}}|,||}}}|.{((((.(.(((..((.((((.......(((((((........)))))))...(((((..((((..((({....})))..))))..)))))................{(((.(((.((..((((.((((.....))))..))))..}}.))).)))}....)))).))..)))}.))))},...,,}},((((((((((((....)))))..)).)))))....((((((......))))))..,,,,,}}}}},}))))))))))).))))..))..(((((((((((..(({{((((.((((((((..((......))..))))}.}))).))))))).{((||{{.....(((((.(.....).))))))))))}......(((((((({...})))))))).........((((((((((....))))}})))))........,..{(((.,({{{,.....,)},})))}......(((((((.{(({.(((((.(({{,....}}}},..))))).}))).)))))))((.({.(((((((.(((((((((..(((((((..{(((...(((((.....))))).....))))......(((((((((.......))))).))))....))))))).)))))))))..........((((((({....})))))))))))))).,},.))(((((((....)))))))..((((....)))).....))))))))))).)))))))).)))))).})),)))})...))))}..))))))))...))))))....)))))))))))))..((((((((...((((((((...{(((((((,......,.))).).)))|((((((((((((.....,,,..(((.(.((((.((,....||||{.....{,,.,..,(((.,,.,}}||,.,,|||.....,{{{{{{{.........)))))})))}))}...}))))).).)))......},..)))))))))))),.......))))))))....)))))))).(((({,(((((.....)))))))))).))))))))))))....(((((........))))).......))))))).........))))))..{.{{{...,),,,,..{{{{((,(,,....,))))),...))).))))).))))))))}))))))})),.)
Back