Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECTD1_0031900

Sequence Length

1438 nt

GC Content

0.3769

GUGAUUGGAUGUGUCCAGUUAAUAAAGGAGAUGAUAAGAAAAAGAAAGAUACAAACAAAGAUGAAGAAGAAUGUAAUGAGCCCAAAGGAGAUCCGGAAAUGGCACCCAUAUACUUGAAAAGGUUAUUGCCAGUGUUUGCACAAACAUUUCAGCAAACUAUGCUGCCUUCAAUAAGGAAAGCAAGUCUUGCUCUAAUUCGAAAAAUGAUUCAUUUUUGCUCUGAAGCACUGUUAAAAGAAGUUUGUGAUUCUGAUGUUGGUCACAAUUUGCCUACAAUACUAGUGGAAAUCACUGCAACUGUCCUGGAUCAAGAGGAUGAUGAUGAUGGCCACUUGCUGGCUUUGCAGAUCAUAAGGGAUUUAGUAGAUAAAGGUGGUGAUAUAUUUUUGGAUCAGCUAGCCAGACUUGGUGUAAUUAGCAAAGUGUCAACGUUGGCAGGUCCUUCCUCUGAUGAUGAGAAUGAAGAGGAAUCAAAACCAGAAAAAGAAGAUGAACCACAGGAAGAUGCUAAAGAAUUGCAACAAGGUAAACCAUAUCAUUGGAGAGACUGGUCAAUCAUUAGGGGAAGGGACUGCUUAUAUAUUUGGAGUGAUGCAGCAGCCUUGGAAUUAUCUAAUGGCAGUAAUGGAUGGUUCAGAUUUAUCUUGGAUGGAAAACUUGCCACCAUGUAUUCAAGUGGUAGUCCGGAAGGUGGAUCUGACAGUUCAGAAAGCCGAAGUGAAUUCUUAGAGAAGUUACAAAGAGCUCGAGGCCAAGUAAAGCCAUCUACUUCAAGUCAACCUAUACUGUCAGCACCAGGACCCACUAAACUUACUGUAGGAAAUUGGUCACUGACAUGUUUGAAAGAAGGAGAAAUUGCUAUUCAUAAUUCAGAUGGUCAGCAAGCUACAAUAUUGAAAGAAGAUUUACCUGGUUUUGUAUUUGAAUCUAAUAGAGGAACCAAACAUUCAUUUACUGCAGAAACUUCCCUGGGUUCAGAAUUUGUGACUGGCUGGACUGGCAAAAGAGGCAGAAAACUGAAAUCUAAGUUAGAAAAAACAAAGCAAAAGGUACGAACUAUGGCUCGAGAUUUAUACGAUGACCAUUUUAAAGCUGUUGAAAGCAUGCCUCGUGGAGUAGUGGUAACACUCAGAAACAUAGCAACUCAGUUAGAGUCAUCUUGGGAACUUCAUACAAAUAGACAAUGUAUUGAGAGUGAGAACACUUGGAGAGAUUUAAUGAAGACAGCUUUAGAAAACCUAAUUGUACUUUUGAAGGAUGAAAACACAAUUUCACCAUAUGAAAUGUGUAGCAGUGGCUUGGUACAAGCACUUCUUACUGUGUUAAACAAUGUAAGUUUAUCAAGUAGUAAAGAAAAAAAUACAGUUUUAAAAAUUAUUUCAACUGGUAGAAAGAAUGUUUUUAAAACUGCCUUUAGUGAAAAUGAAGAUGAUGAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-330.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -363.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 348.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((....))))))))..................................((((((((((...((((.....((((......(((((.......(((((...(((..(((...)))..))))))))..((((((............))))))..((((.((((....))))..)))).)))))))))..)))).........))))))))))........(((((((.........((((((((........))))))))(((((((...............((((((((...(((((((((((......(((((......(((((.....)))))......)))))....)))))))..))))...))))))))....(((((..((((((((((((...((((((...((((((.((....)).)))((((..(((((((((((((((.........((....))...(((((........((((((((.......(((........))).......)))........))))).......)))))..)))))))))))))))..))))......((((((((((((((.((.(((((((((((..((..((((.....(((((.((.((((((((((((...((((....(((((((..((....)).))))))))))).)))))))))))))).)))))....)))).))..))))).......((((......))))))))))...))...).)))).))))))))).........)))...))))))(((((((.........((((((..(((((((..(((((..(((((((..(.(((..........))).)..))))))).)))))...))))......................(((((((.((((.......))))..))))))).......)))..)))))).........)))))))...........)))))))).))))))))).))))))).((((........))))...............((((((((((...((((((((.........))).).))))((((((((((((..........(((.(.((((((((....))))..............((((((((..(((...(((...........)))...)))..)).)))))).((....)))))).).)))..........))))))))))))........))))))))))...........(((((.(((((.....)))))))))))))))))(((((...)))))..(((((((((((.(((((.......))))).))..)))).))))).......(((((((((((((..((((........))))....))))))))))))))((((.((.............)).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((((((((....))))))))......,,,.,...................,...({{{{{{{{{...,,,{,,...{,{({,...((....}},,...{((((...({{.,(({....))}})))))))}{{((({,|..,,,}}}},.{((({{({.((((.((((....})))..))))})).))))),..,}||......,..||||||||||{|.,,,,|(((((((.......,{((((,.(({{{{{.,,{{||||,.(((((((.......,{{{{,..(((({{{(...{((((({{{{{...,,,||{{{..,,|,{((((,,...|}}}|.,,{,,|||}}....)))))}),,))}}...))))))))...,|{{{{,.{(((((((((((.{,((((((...,,{||.,({{{..,,{||(((((.,(((((((((((((((,........,,....))...{((((........{{(({.{{...,,..,.(((.........))}.,..{|,...||...}}}}).......)))))}.))))))))))))))),.)))),.....((((((((((((((.((.((((((({,{{.,{{..{(((.....(((((.(,{((((((((((((...((((....(((((((..((....)).))))))))))).)))))))))))))).)))))....)))}.,|{{|,|||{...}}}|,||}}...,},})))))))...))...)}}))).))))))))),,,}..,,,))},..))))))||(((((......,,.((((((..{{{{({{..(((((.,(((((((.,{,{{(,......,,.))).,..)))))))})))))...}}},......,,........,,....(((((((.((((.......)))).,))))))).....,,})),.)))))).,.......)))))||,.......}}.)))))))).)))})}}}},))))))}...,|},...},.,)))}}},...}}},,.|,((((((((((...,(((((((,......,.))).).)))|((((((((((((.....,,,..(((.(.((((.((,....||||{.....{,,.,..,(((.,,.,}}||,.,,|||.....,{{{{{{{.........)))))})))}))}...}))))).).)))......},..)))))))))))),.......)))))))))),..........{(((,,(((((.....)))))))))))))))))(((((...)))))..{((((((((((.(((((.......))))).))..))))}}}))}.......(((((((((((((..((((........))))....)))))))))))))}||||,||.|..,,,,,..,.}}.,}}}