Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECTD1_0034700

Sequence Length

735 nt

GC Content

0.4000

GAUGAUGAUGAUGGCCACUUGCUGGCUUUGCAGAUCAUAAGGGAUUUAGUAGAUAAAGGUGGUGAUAUAUUUUUGGAUCAGCUAGCCAGACUUGGUGUAAUUAGCAAAGUGUCAACGUUGGCAGGUCCUUCCUCUGAUGAUGAGAAUGAAGAGGAAUCAAAACCAGAAAAAGAAGAUGAACCACAGGAAGAUGCUAAAGAAUUGCAACAAGGUAAACCAUAUCAUUGGAGAGACUGGUCAAUCAUUAGGGGAAGGGACUGCUUAUAUAUUUGGAGUGAUGCAGCAGCCUUGGAAUUAUCUAAUGGCAGUAAUGGAUGGUUCAGAUUUAUCUUGGAUGGAAAACUUGCCACCAUGUAUUCAAGUGGUAGUCCGGAAGGUGGAUCUGACAGUUCAGAAAGCCGAAGUGAAUUCUUAGAGAAGUUACAAAGAGCUCGAGGCCAAGUAAAGCCAUCUACUUCAAGUCAACCUAUACUGUCAGCACCAGGACCCACUAAACUUACUGUAGGAAAUUGGUCACUGACAUGUUUGAAAGAAGGAGAAAUUGCUAUUCAUAAUUCAGAUGGUCAGCAAGCUACAAUAUUGAAAGAAGAUUUACCUGGUUUUGUAUUUGAAUCUAAUAGAGGAACCAAACAUUCAUUUACUGCAGAAACUUCCCUGGGUUCAGAAUUUGUGACUGGCUGGACUGGCAAAAGAGGCAGAAAACUGAAAUCUAAGUUAGAAAAAACAAAGCAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-172.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -189.73

Frequency: 0.0000

Diversity: 162.40

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((((...((((((.(((((((((((..((.((((..((((...(((.((........)).)))....))))..)))).)).))))))...((.((((.(((...((((((....((.(((((..(((((((((((((((.........((....))...(((((........((((((((.......(((........))).......)))........))))).......)))))..)))))))))))))))..))))).))))))))....))))))).))(((((((((((..((..((((.....(((((.((.((((((((((((...((((....(((((((..((....)).))))))))))).)))))))))))))).)))))....)))).))..))))).......((((......)))))))))))))))...))))))........)))).)((.....(((((((((.(((((((.........((((((..(((((((..(((((..(((((((..(.(((..........))).)..))))))).)))))...))))......................(((((((.((((.......))))..))))))).......)))..)))))).........))))))).).....))).)))))....(((.(......).)))..((((........)))).................))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,,..,,,,((.(((((((..,...((((((((((......))))).)))))...))))))).)).,,}|{{{{,.{(((((((((((.{{((((((...{,{{,.,(({{..,,{{|(((((.,(((((((((((((((,........,,....))...{((((........{{(({.{{...,,..,.(((.........))}.,..{|,...||...}}}}).......)))))}.))))))))))))))),.)))),.....{(((((((((((((.((.((((((({,{{.,{{..{(((.....(((((.(,{((((((((((((...((((....(((((((..((....)).))))))))))).)))))))))))))).)))))....)))}.,|{{|,|||{...,}}|,||}}...,}}})))))))...))...)}}))).))))))))),,,}.,,,,))},..))))))||(((((......,,.((((((..(({{(((..(((((.,(((((((..{,{{(,......,,.))).,..))))))),)))))...}}},......,,........,,....(((((((.((((.......)))).,))))))).....,,})),.)))))).,,......)))))||,.......}}.)))))))).)))}|,,,||,..{{{....)))...}}|..|||........,....,.....