Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HECTD1_0035500
Sequence Length
2044 nt
GC Content
0.4193
GUAUUAGAACUGAUAUGUACUCGUGAGUCAGGAGCAGUCUUUGAGGCUGGUGGUUUGAAUUGUGUGCUUACCUUCAUUCGUGACAGUGGACAUCUAGUUCAUAAAGACACCUUGCACUCUGCUAUGGCUGUGGUAUCAAGACUCUGUGGCAAAAUGGAGCCUCAAGAUUCUUCUUUAGAAAUUUGUGUAGAAUCUCUGUCUAGUUUAUUAAAGCAUGAAGAUCAUCAGGUUUCAGAUGGAGCUCUGCGAUGCUUUGCAUCACUGGCUGACCGAUUUACCCGUCGUGGUGUUGACCCAGCUCCAUUAGCCAAGCAUGGAUUAACUGAGGAGCUGUUAUCUCGAAUGGCUGCUGCUGGUGGUACUGUUUCAGGACCAUCAUCAGCAUGCAAACCAGGUCGCAGCACCACAGGAGCUCCAUCCACCACUGCAGAUUCCAAAUUGAGUAAUCAGGUGUCAACAAUUGUAAGUCUGCUCUCAACACUUUGCAGAGGCUCUCCGGUAGUAACACAUGAUCUUCUGAGGUCGGAGCUUCCAGAUUCAAUUGAAAGUGCAUUGCAGGGUGAUGAAAGAUGUGUGCUUGAUACUAUGCGUUUGGUUGACCUUCUCUUGGUGCUAUUAUUUGAAGGACGAAAAGCUUUGCCAAAGUCUAGUGCUGGAUCUACAGGCAGAAUCCCAGGACUCCGGAGAUUAGAUAGUUCUGGGGAGCGCUCACAUCGGCAGCUUAUAGAUUGUAUUCGAAGUAAAGAUACCGAUGCACUUAUAGAUGCAAUUGACACAGGAGCCUUUGAAGUAAAUUUUAUGGAUGAUGUAGGUCAGACUCUAUUAAACUGGGCCUCUGCUUUUGGAACUCAGGAAAUGGUAGAAUUUCUUUGUGAGAGAGGUGCAGAUGUUAAUAGAGGUCAAAGGUCAUCAUCAUUACAUUAUGCUGCAUGUUUUGGAAGACCUCAAGUAGCAAAGACUCUGUUACGGCAUGGUGCAAAUCCAGAUCUGAGAGAUGAAGAUGGGAAAACUCCAUUAGAUAAAGCUCGAGAAAGGGGCCAUAGUGAAGUGGUAGCUAUUCUUCAGUCUCCAGGUGAUUGGAUGUGUCCAGUUAAUAAAGGAGAUGAUAAGAAAAAGAAAGAUACAAACAAAGAUGAAGAAGAAUGUAAUGAGCCCAAAGGAGAUCCGGAAAUGGCACCCAUAUACUUGAAAAGGUUAUUGCCAGUGUUUGCACAAACAUUUCAGCAAACUAUGCUGCCUUCAAUAAGGAAAGCAAGUCUUGCUCUAAUUCGAAAAAUGAUUCAUUUUUGCUCUGAAGCACUGUUAAAAGAAGUUUGUGAUUCUGAUGUUGGUCACAAUUUGCCUACAAUACUAGUGGAAAUCACUGCAACUGUCCUGGAUCAAGAGGAUGAUGAUGAUGGCCACUUGCUGGCUUUGCAGAUCAUAAGGGAUUUAGUAGAUAAAGGUGGUGAUAUAUUUUUGGAUCAGCUAGCCAGACUUGGUGUAAUUAGCAAAGUGUCAACGUUGGCAGGUCCUUCCUCUGAUGAUGAGAAUGAAGAGGAAUCAAAACCAGAAAAAGAAGAUGAACCACAGGAAGAUGCUAAAGAAUUGCAACAAGGUAAACCAUAUCAUUGGAGAGACUGGUCAAUCAUUAGGGGAAGGGACUGCUUAUAUAUUUGGAGUGAUGCAGCAGCCUUGGAAUUAUCUAAUGGCAGUAAUGGAUGGUUCAGAUUUAUCUUGGAUGGAAAACUUGCCACCAUGUAUUCAAGUGGUAGUCCGGAAGGUGGAUCUGACAGUUCAGAAAGCCGAAGUGAAUUCUUAGAGAAGUUACAAAGAGCUCGAGGCCAAGUAAAGCCAUCUACUUCAAGUCAACCUAUACUGUCAGCACCAGGACCCACUAAACUUACUGUAGGAAAUUGGUCACUGACAUGUUUGAAAGAAGGAGAAAUUGCUAUUCAUAAUUCAGAUGGUCAGCAAGCUACAAUAUUGAAAGAAGAUUUACCUGGUUUUGUAUUUGAAUCUAAUAGAGGAACCAAACAUUCAUUUACUGCAGAAACUUCCCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-571.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -610.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 460.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((............))))(((.((((.....(((((...((((((((((.((((((((((((.((...(((((.((((.((((((((((.....))))))...(((((.((((....((((((((..((.........)).))))))))...(((.((.((((.(((((((((((....(((((((...((((((.....((((.((((((((((....(((..(((((((.((((((((((((.(((((...))))).).....(((.(......).)))(((((((((((((((((((.(((((((....))).....)))))))))))............(((((((.(((((((.(((...))).))))))).))))).))......)))))..))))))).))))))))))).....(((...((((......))))...)))(((((((((.((((((((.(((............)))((((((((((((....(((...((((((((...((.((((((((((...(((((.(((.(((((.....(((((.(....(((((((((........)))))))))...).)))))......))))).))).)))))))).....))))))))).......(((.((((.(((......)))...)))).)))..))))))))....)))))))))))).))).((((((...(((.((..(((....)))..)))))...)))))).)))))))).))...))))))).))))))).)))((((.....((..(((((((.........(((((((((.(((.((((((.(((.....((..(((((((......))))))).))))))))))).)))...))))))))).........)))))))..)).....)))).)))))))))).)))).....((((((.......))))))(((.(((.(((.(((((((((((.(((((((((((((....(((.(((((......((((.......))))..))))).))).....))).)))))).)))))))))..)))))).)))))))))......))))))................)))))))......))))))))))).)..)))))))).((..(((((((((((((((...(((..(((...)))..)))))))(((((((....)))))))..((((((((.((((.((((....))))..))))))).)))))........(((((((...)))))))(((....)))(((.........)))((((((((........)))))))).....((((.......))))..((((((((...(((((((((((......(((((......(((((.....)))))......)))))....)))))))..))))...))))))))..)))))))))))..)).((((....)))).......)))).)))))......(((((..(((((((((((((((.........((....))...(((((........((((((((.......(((........))).......)))........))))).......)))))..)))))))))))))))..))))).....((((((((((((((.((.(((((((((((..((..((((.....(((((.((.((((((((((((...((((....(((((((..((....)).))))))))))).)))))))))))))).)))))....)))).))..))))).......((((......))))))))))...))...).)))).)))))))))..........((((((.(((((..((.((..........)).))...)))))..)))))))))))))).))))).......))....)))))))))))).))))))............................(((((((.((((.......))))..)))))))....))))...)))))....))))...)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((.{{.{{......)),)|,|,{|,({{{{.(((((..,((({((((((.((((((((((((.(({{.(((((.((({.((((((((((.....))))))...(((((.((((....((((((((..{{,,,..,...}},)))))))}...(((.(,{((((.(((((((((((....(((((((,..,((({{.(({.,(((,((({{{((((,,,.(((,.(((((((.((((((((((({.(((((...))))).,.,{..({|.{......}.)))(((((((((((((((((((.(((((((....))).....)))))))))))...........,(((((((.(((((({.(((...))).})))))).))))).))......)))),.,))))))).))))))))))).....(((...((((......))))...)))((((((((({(((((((,(((({.{({.{{{{{{|{|(((((((({{,{.,,.......,{{{{{,|,,|||}|}}}}||||({..(((....}}}..||,..}}}||}||},}}}..((((((((({,.....,,.{|,{{{.{(,,,{((({...{,{|.,,,})}...)))))}),},},))||{|||..,{{{{{,,.,||}}|,|...)}}))}..(((((((((.{........}..)))))))))))))}).})))))||}}}||}}}}|||||}..{{{,.{{,....,,}))}|{{|||,..,).)))}.,)))))).))))))).})},{,,...,,||,.(((((((.......{{(((((((((.(((.((((((.(((.....{(..(((((((......))))))).})))))))))).)))...))))))))),}}......)))))))..,,.,,,.||||,|}}}}}}}|}.}}}),.,,.{{{{{{.....,.})}}}},{{.(((.(((.((((({(((((.(((((((((((((....{((.(((({......((((.......))))..))))).))).....))),}))))}.)))))))))..}))))).))))))))}..,,,.}}))}),,,.}}....}}}..,})))}.)}}}}..))))))))))).)..)))))))).((..(((((((((((({((,,.(({.,(((....))}}}}}})}}{((((({.,..}}}}}}|..((((((((.((((.((((....})))..))))))).)))))........{((((((...))))))}(((....)))}{{......,},{|,{(((((({........)))))))).,,,|(,{{,.....,||||..(((({{,(,..{(((((,,,,,...}}}|||,|,.}}}},,|||},.,.})))|,{{{{{|||,,....)))))})}})),,...))))))},.,)))))))))))..)).{(({....)))).......)))).)))))...,,.(((((..(((((((((((((((,........,,....))...{((((........{{(({.{{...,,..,.(((.........))}.,..{|,...||...})})).......)))))}.)))))))))))))))..))))).,,..((((((((((((((.((.((((((({,{,.,{{..{(((.....(((((.(,{((((((((((((...((((....(((((((..((....)).))))))))))).)))))))))))))).)))))....)))}.,|{{|,|||{...}}}|,||}}...,}},)))))))...))...)}}))).)))))))))..........((((((.(((((..,({((..........)).))...)))))..))))))))))}))).))))).,,....))....)))))))))))).))))))............,,........,,....(((((((.((((.......)))).,)))))))....}))}...)))}),,,.}}},,}})))
Back