Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECTD1_0041100

Sequence Length

1643 nt

GC Content

0.4340

CAAAGAGACUUUUAAAAAACCAUGGCAGAUGUGGACCCAGAUACAUUGCUGGAAUGGCUACAGAUGGGACAGGGAGAUGAAAGGGACAUGCAACUAAUAGCCCUUGAACAGCUAUGCAUGCUGCUUUUGAUGUCUGACAACGUGGAUCGUUGUUUUGAAACAUGUCCUCCUCGCACUUUCUUACCAGCCCUUUGCAAAAUUUUUCUUGAUGAAAGUGCUCCAGACAAUGUAUUAGAGGUGACAGCCCGUGCCAUAACAUACUACCUGGAUGUAUCUGCGGAAUGUACCCGAAGGAUUGUUGGGGUAGAUGGAGCUAUAAAAGCACUUUGUAAUCGUUUGGUUGUAGUUGAACUUAACAACAGGACUAGCAGAGACUUAGCCGAACAGUGUGUAAAGGUAUUAGAACUGAUAUGUACUCGUGAGUCAGGAGCAGUCUUUGAGGCUGGUGGUUUGAAUUGUGUGCUUACCUUCAUUCGUGACAGUGGACAUCUAGUUCAUAAAGACACCUUGCACUCUGCUAUGGCUGUGGUAUCAAGACUCUGUGGCAAAAUGGAGCCUCAAGAUUCUUCUUUAGAAAUUUGUGUAGAAUCUCUGUCUAGUUUAUUAAAGCAUGAAGAUCAUCAGGUUUCAGAUGGAGCUCUGCGAUGCUUUGCAUCACUGGCUGACCGAUUUACCCGUCGUGGUGUUGACCCAGCUCCAUUAGCCAAGCAUGGAUUAACUGAGGAGCUGUUAUCUCGAAUGGCUGCUGCUGGUGGUACUGUUUCAGGACCAUCAUCAGCAUGCAAACCAGGUCGCAGCACCACAGGAGCUCCAUCCACCACUGCAGAUUCCAAAUUGAGUAAUCAGGUGUCAACAAUUGUAAGUCUGCUCUCAACACUUUGCAGAGGCUCUCCGGUAGUAACACAUGAUCUUCUGAGGUCGGAGCUUCCAGAUUCAAUUGAAAGUGCAUUGCAGGGUGAUGAAAGAUGUGUGCUUGAUACUAUGCGUUUGGUUGACCUUCUCUUGGUGCUAUUAUUUGAAGGACGAAAAGCUUUGCCAAAGUCUAGUGCUGGAUCUACAGGCAGAAUCCCAGGACUCCGGAGAUUAGAUAGUUCUGGGGAGCGCUCACAUCGGCAGCUUAUAGAUUGUAUUCGAAGUAAAGAUACCGAUGCACUUAUAGAUGCAAUUGACACAGGAGCCUUUGAAGUAAAUUUUAUGGAUGAUGUAGGUCAGACUCUAUUAAACUGGGCCUCUGCUUUUGGAACUCAGGAAAUGGUAGAAUUUCUUUGUGAGAGAGGUGCAGAUGUUAAUAGAGGUCAAAGGUCAUCAUCAUUACAUUAUGCUGCAUGUUUUGGAAGACCUCAAGUAGCAAAGACUCUGUUACGGCAUGGUGCAAAUCCAGAUCUGAGAGAUGAAGAUGGGAAAACUCCAUUAGAUAAAGCUCGAGAAAGGGGCCAUAGUGAAGUGGUAGCUAUUCUUCAGUCUCCAGGUGAUUGGAUGUGUCCAGUUAAUAAAGGAGAUGAUAAGAAAAAGAAAGAUACAAACAAAGAUGAAGAAGAAUGUAAUGAGCCCAAAGGAGAUCCGGAAAUGGCACCCAUAUACUUGAAAAGGUUAUUGCCAGUGUUUGCACAAACAUUUCAGCAAACUAUGCUGCCUUCAAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-472.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -504.51

Frequency: 0.0000

Diversity: 397.37

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((...))))...........(((((((((((.....((((((((((((((.((....))((.((((((.(((.((.(((((.(((((((.....((((.........)))))))))).).))))).)).)))(((((((.....)))))))........))))))..))((((((((..............................))))))))))))).))))))))).(((((..((.....(((((((.(((.((((((.((((.((((.(((.......)))..)))))))).)))))))))..(((.....))).((((((....((((.((((((((...)))..))))).))))..))))))(((((((((..(((.((((((.(((.(((((((((((.(.(((((((((((.(((((((....((.(((((...))))).)).....))))..)))..))))))))..))).).))).))))).)))....))))))))).)))...)))))).)))..........)))))))...))..))))).(.(((((((((((....(((((((...((((((.....((((.((((((((((....(((..(((((((.((((((((((((.(((((...))))).).....(((.(......).)))(((((((((((((((((((.(((((((....))).....)))))))))))............(((((((.(((((((.(((...))).))))))).))))).))......)))))..))))))).))))))))))).....(((...((((......))))...)))(((((((((.((((((((.(((............)))((((((((((((....(((...((((((((...((.((((((((((...(((((.(((.(((((.....(((((.(....(((((((((........)))))))))...).)))))......))))).))).)))))))).....))))))))).......(((.((((.(((......)))...)))).)))..))))))))....)))))))))))).))).((((((...(((.((..(((....)))..)))))...)))))).)))))))).))...))))))).))))))).)))((((.....((..(((((((.........(((((((((.(((.((((((.(((.....((..(((((((......))))))).))))))))))).)))...))))))))).........)))))))..)).....)))).)))))))))).)))).....((((((.......))))))(((.(((.(((.(((((((((((.(((((((((((((....(((.(((((......((((.......))))..))))).))).....))).)))))).)))))))))..)))))).)))))))))......))))))................)))))))......))))))))))).).....(((....((....))......)))..)))))).........(((....)))...((((((............))))))....))))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.(.((({{{.....,,((((((..{((.,{(((.((((((((((((((.,{....}}{{.((((((.(((.((.(((((.(((((((.....((((.........)))))))))).).))))).)).)))(((((((.....)))))))......,.)))))}..}}((((((((......,.....,.....,.......,,..))))))))))))).))))))))).}.))).,}}.....))))}}..(((.((((((.((({.((((.(((.......)))..))))}))).)))))))))..,.,.}}}}))).)))))(....((((,(((((,((,,.,,,..})))).,))),,|((((({((((((((..(((.(((((({(((.{({((((((((.(.(((({{{{,((|({(({(({{({,,.|||||}..|||}|{||..|.,}}}},,}},,,}})),))).,))).),))).))))).}}}....))))))))).))).}.)))))).}}}....,,.)))))}{{{{...(((.({{((((.(((((((((((....(((((((,..,((({{.(({.,(((,((({{{((((,,,.(((,.(((((((.((((((((((({.(((((...))))).,.,{..({|.{......}.)))(((((((((((((((((((.(((((((....))).....)))))))))))...........,(((((((.(((((({.(((...))).})))))).))))).))......)))),.,))))))).))))))))))).....(((...((((......))))...)))((((((((({(((((((,(((({.{({.{{{{{{|{|(((((((({{,{.,,.......,{{{{{,|,,|||||}}}}||||({..(((....}}}..||,..}}}||}||},}}}..((((((((({,.....,|.{|,{{{.{(,,,{((({...{,{|.,,,})}...)))))}),},},))||{|||..,{{{{{,,.,||}}|,|...)}}))}..(((((((((.{........}..)))))))))))))}).})))))||}}}||}}}}|||||}..{{{,.{{,....,,}))}|{{|||,..,).)))}.,)))))).))))))).})},{,,...,,||,.(((((((.......{{(((((((((.(((.((((((.(((.....{(..(((((((......))))))).})))))))))).)))...))))))))),}}......)))))))..,,.,,,.||||,|}}}}}}}|}.}}}),,,,.{{{{{{.....,.}))}}},{{.(((.(((.((((({(((((.(((((((((((((....{((,(((({......((((.......))))..))))}.))),,...))),}))))},)))))))))..}))))).))))))))}..,,,.}}))}),,,.}}....}}}..,})))}.)}}}}..))))))))))).)..)))))))}..((....}}.....|||{{.}}||{.,(((....))}}}})))))|{{((((,,..,}}}}}..{{(({.....))))),,........)