Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECW2_0003700

Sequence Length

429 nt

GC Content

0.4825

GGAGAAGAUCCAAUUUAUCCGAACUGAAGGGACUCCAGGAUUGGUGCGCCUUUCAAGCGAUGCAGACCUUGUUAUGUUGCUGAGCUUAUUUGAAGAAGAGAUAAUGUCGUAUGUGCCUCCACAUGCCUUACUCCACCCCAGCUACUGUCAGUCCCCACGUGGCUCUCCCGUGUCAUCUCCUCAGAACUCGCCAGGUACCCAGCGUGCCAAUGCCCGGGCUCCAGCCCCUUACAAGCGGGAUUUCGAAGCCAAACUGAGGAACUUUUACAGGAAGUUAGAGACUAAAGGAUAUGGACAAGGCCCAGGGAAGUUAAAGUUAAUUAUCCGAAGAGAUCACUUACUAGAAGAUGCUUUUAAUCAGAUUAUGGGCUACUCCAGAAAAGACCUGCAGAGAAAUAAGCUAUAUGUCACCUUCGUUGGGGAGGAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-100.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -109.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 124.11

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.....)))..(((.(((.(((.((((((((.....((..((....))..)).(((((((((.....)))...)))))).(((((((((......(((.(((.(..(((((((....))))))))))))))......((((((((........)).))))))...(((((((...(((((((..(((((..(((((.....))))).......((((....)))).......)))))..............))))))).((((.((.....)).)))).......)))))))....((((((.((((((((....))))).))).((((((((...........))).)))))..........)))))).((((((.......)))..))))))))))))....))).)))))))).)))..)))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.....)))..{{{.{((.{{{,(((((({(.,,,.{,.,||....)),,)),((((((((({...,}))...)))))),({{((((((......,||}|||..}}(((((((....))))))).,,.,||,.,,,,((({{(((,..,,,..|}.}|||||.{{({((({,...(((((((.....((..(((((.....)))))..,}}..|(((,,..}|||{......}.))).....,..}}}...))))))),{{{{|}}.}))}}},,,.}.},...})}},||||...((((((,(({(((((....))))).))).{{({({{{.||....,|,,}}}.)))))..........)))))).{{||{(.......)))..)}}}}}}}}))}....))).}))))))),))).,)))..