Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECW2_0004900

Sequence Length

2544 nt

GC Content

0.5515

AUGCCUCUCCAGAAGCUGUUGGCACAAUACUUGGAGUCAAUUCUGUGAAUGGAGACUUAGGUAGCCCUUCCGAUGACGAGGACAUGCCAGGGAGCCAUCACGACAGCCAGGUGUGCUCUAAUGGGCCAGUUUCUGAGGACAGUGCUGCCGAUGGAACCCCCAAGCAUUCAUUCAGGACUAGCUCCACUCUGGAAAUAGACACAGAGGAAUUAACCUCUACGUCUUCAAGGACCUCACCUCCCAGAGGACGUCAGGAUUCACUCAAUGAUUACUUAGAUGCUAUCGAACACAAUGGCCACUCCAGGCCGGGGACAGCGACCUGCUCUGAGAGGUCCAUGGGUGCCUCUCCGAAACUGAGGAGUAGUUUUCCCACUGACACAAGACUCAAUGCCAUGCUUCAUAUUGAUUCAGAUGAAGAAGAUCACGAGUUCCAGCAAGACCUGGGUUACCCAUCUUCCUUGGAGGAGGAGGGAGGCCUGAUCAUGUUUAGCAGGGCAUCCAGAGCUGAUGAUGGAAGCCUGACAUCUCAGACAAAGCUGGAGGACAACCCUGUUGAGAAUGAGGAAGCCUCCACACACGAAGCUGCUUCCUUUGAGGAUAAGCCAGAAAAUCUUCCAGAGCUUGCAGAGAGCUCCUUACCUGCAGGCCCAGCCCCAGAGGAAGGUGAAGGCGGCCCAGAGCCUCAACCCAGUGCUGACCAGGGCAGUGCUGAACUGUGUGGCUCUCAAGAGGUAGAUCAGCCCACAAGUGGCGCAGACACAGGGACUUCCGAUGCAUCAGGAGGAAGCCGAAGAGCCGUCAGUGAGACCGAGUCUCUCGAUCAGGGCUCUGAGCCUUCCCAGGUGUCCUCUGAAACAGAACCCAGUGAUCCUGCCAGGACAGAGAGUGUGAGCGAAGCCAGCACCAGGCCUGAGGGAGAGAGUGACCUGGAAUGCGCUGACAGCUCCUGCAAUGAGAGUGUGACCACGCAGCUGUCCUCUGUGGACACACGGUGCUCCUCUCUUGAGAGCGCACGGUUUCCUGAAACCCCAGCCUUUUCUUCUCAGGAGGAGGAAGACGGAGCCUGUGCAGCAGAGCCCACCAGCAGUGGCCCUGCCGAAGGGUCGCAGGAAUCCGUGUGCACUGCUGGUUCUUUACCUGUGGUACAGGUGCCCAGUGGGGAGGAUGAAGGGCCAGGGGCAGAAUCGGCCACUGUACCUGACCAGGAGGAGCUGGGGGAGGUCUGGCAGCGGAGGGGGAGCCUGGAGGGAGCUGCAGCUGCUGCCGAGAGCCCACCGCAAGAAGAAGGCAGUGCUGGGGAGGCCCAAGGCACCUGUGAAGGGGCAACUGCCCAGGAGGAGGGCGCUACUGGAGGUUCUCAAGCCAACGGCCACCAGCCACUGCGAUCACUACCUUCAGUGCGCCAGGAUGUUAGCCGGUACCAGAGGGUGGACGAGGCUCUCCCACCAAACUGGGAGGCACGCAUUGACAGCCACGGCAGGAUCUUCUACGUGGAUCACGUAAACAGAACCACGACGUGGCAGCGACCGACAGCUCCCCCAGCCCCGCAGGUGCUGCAGAGAUCUAACUCCAUACAGCAAAUGGAGCAGCUGAACCGGCGAUAUCAGAGUAUCCGCAGAACCAUGACCAAUGAGAGGCCUGAGGAAAAUACCAAUGCUAUUGAUGGGGCAGGGGAGGAAGCUGACUUUCACCAAGCCAGUGCAGAUUUCCGACGGGAGAACAUCCUGCCUCACUCUACCUCCAGAUCCAGGAUCACGUUGCUGUUACAGUCUCCCCCCGUGAAGUUCCUCAUCAGCCCAGAGUUCUUCACCGUGCUGCAUUCUAACCCUAGUGCCUACCGCAUGUUUACAAACAACACGUGUUUGAAGCACAUGAUCACCAAAGUCCGGAGGGACACCCACCACUUUGAACGCUACCAGCAUAACCGCGACCUUGUGGGAUUCCUCAACAUGUUCGCGAACAAACAGCUAGAGCUGCCGCGGGGAUGGGAAAUGAAACAUGAUCACCAGGGCAAGGCAUUCUUUGUGGACCACAACUCCCGCACCACCACUUUCAUUGAUCCCCGGCUCCCACUUCAGAGCAGUAGACCCACAAGUGCGCUGGUUCAUCGGCAACACCUGACAAGGCAACGCAGCCACAGUGCGGGUGAGGUAGGAGAAGAUUCUCGACAUGCAGGACCACCAGUUCUUCCCAGGCCAUCCAGUACAUUCAAUACAGUCAGUAGGCCACAGUACCAGGACAUGGUUCCAGUGGCUUACAAUGACAAGAUUGUUGCAUUUCUACGUCAACCCAAUAUCUUUGAAAUUCUACAGGAGCGUCAACCUGAUCUUACCAGGAAUCACUCACUCAGGGAGAAGAUCCAAUUUAUCCGAACUGAAGGGACUCCAGGAUUGGUGCGCCUUUCAAGCGAUGCAGACCUUGUUAUGUUGCUGAGCUUAUUUGAAGAAGAGAUAAUGUCGUAUGUGCCUCCACAUGCCUUACUCCACCCCAGCUACUGUCAGUCCCCACGUGGCUCUCCCGUGUCAUCUCCUCAGAACUCGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-903.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -945.24

Frequency: 0.0000

Diversity: 591.22

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((.((....)).))..(((((...((((((((.(((......((((.(((...(((.(((((.((((........)))).).)))))))...))))))))))..))))))))((((....)))).((((.((((((((((((..((((((.....((((..((.(((((((....(((..((((...))))..)))....(((((......)))))((((((((..(((.......)))..)))))))).(((...((((((..((((.((((((.((..(((.......(((((......))))).......)))...)))))))).))))..)))))))))((((........)))).....(((((((((......(((((..((.....((((((.(((...))))))))).....)).)))))((((......))))(((..((.(((((((.(((((((((((((((((((.((((.((((((((((..(((((..((((.((((.........))))))))......)))))......)))))))))).))))((..((((.(((...........(((((((((.((....(((.(((....)))..((((((.....))))))..........)))....)).)))))))))))).))))..))))).)))))....((((((((.......))))))))(((((((((.(((((((((((.......((((....).)))((((......((.(((((............)))))))...((((.(((((((...((((.((((((..(((((.(((((..(((...((((.(((..(((..........))).)))))))..))).))))).((((..((...))..))))....)))))..)))))).)....)))....))))))).)))))))).......(((((.(((((.((.....)).))))).)))))((....))))))))))))))))))))))..(((......)))))))))))))).)))))))))..)))((.((((((((.((((.....(((((((((((((((.....)))))((((.(....).)))))))))))))).......)))).)))))))).))))))))))))))))))..))..))))....))))))))))))...((((..((.(((((((.(((.((.(((((((.((..((((.((((((.((((((((...(((((((((((((((...((((...((((.(((((((.((((((((....((((..(((((..((((....)))).((((((((((((.(((((((((......((....(((.....)))...)).......)))))))))))))(((((((((((((.((.(((.....)))))..))))((((((......))))))....((((((...((((((...((.(((..((((((...))))))...))).))....))))))...((..(.((((((((((.(((((((.((((((((...........(((((.......))))))))))...))).))...((((((((((((.(((..((((.....)))...)..))).))).........)))).))))))))))..))).)).))))).)..)).......))))))....((((....))))))))))))))))).))))...(((.......)))))))).))))......))))))))..((((((...(((.........)))..)))))).))))))).))))....((.(((.((((..(((((((.((((((.....)))))).)).))))).....((((((..((.(((...))).))))))))...(((...))).....(((((.(.((((((....))).))).).)))))......((((....))))...(((((((.(...((((((..((.......(((........(((....)))........))).......)).))))))).)))))))((((........)))).))))...))).))))))..))))).)))))).((((((((..(((......)))...)).))))))..((..((((....)))).))..))))......)))))))).))))))........................(((((((((...((((.....))))....))))))))).((((((((....(((((((.((.............((((((....((((..(((((.(....((((.......))))...).))).))..))))))))))...............(((((((...(((....)))....))))))))).)))))))..))))))))......((..((((((.......))))))..))(((((((....))))))).........))))..)).))))))).)))).).))))))).))..))))...)))))))))).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,(((((((((|,.({.((((((.{,{,,{{||{.|||,,,...||{..|||,,.{{,.||||,.,(({.,,,.,,.||||,|,||}}}||{{{||||}}}|||..}|||||||((({..,,||||{(({|{((((((((((((..((((((.....((((..((.(((((((.,{.(((..(((,...|)))..))).,..(((((......)))))((((((((..(((.......)))..)))))))).{{{...((((((..((((.((((((.((..(((....,..(((((......)))))..,....)))...)))))))).))))..))))))}}}((((........))))..,..(((((((((......(((((..{{.....((((((.{((...))})))))).....}}.)))))((((......))))(((..((.(((((((.(((((((((((((((({({.((((.{(((((((((,.(((((..((((.((((.........))))))))......))))).,....)))))))))}.)))){{..||||,|{{.........,,(((((((((.((....,,..({....,}}}..{.((((((((.|||...,,,..))))))))....}),)))))))))||}.||||..}}}}}.))))}.,,.((((((((.,....,))))))))((((((((,{(((((((((((.,{,,{.((((....}.)))((((,(((.(((.{(((,{,.{{{{{.,{.||{{(,{..(((((({({.(.(((((...))))).),.}.,.))))))..).}))))).})))}}.||{|,..,}),.}}).))).},}))){{,|.(((.((((((.((((...((((((({...((....))...).)))..))))....)))).))},)))))),..,,...(((((.(((((.((.....)).))))).)))))||,.,}}}})))))))))))))))))))..(((......)))))))))))))).)))))))))..)))((.((((((((.((((,{...(((((((((((((((.....)))))((((.(....).)))))))))))))).......)))).)))))))).))))))))))))))))))..))..))))....)))))))))))).}}|,,{{|{|.({((((({(({.({|((((((({((.,({((.{((({,.|||,,||{|.,||||||||{|||{||,..{{{,...((((.(((((((.((((((((....((((.,{((((..((((....)))).((((((((((((.(((((((((......((....(((.....)))...)).......)))))))))))))(((((((({{(((.{(.(((...,,))}}}..)))}((((({......))))))||.,(({(((...((((((...((.(((..((((((...))))))...))).))....)))))).,.{{..,.((((((((((.(((((((,(((,((((.,....,,..{(((((.......)))))),,||{{.,,)}))...{{{{{{{{{||{,|{{..{|.{.....,},...},.))}.})}.....,,..}))).)))}))))))..))).))}})))).}..}}.....,.)}))))...,((((....))))))))))))))))).)))).,,({{.......))}))))).))))......))))))))..((((((...(((.........)))..)))))).))))))).))))....,,.((({((,{,.({(((((.((((((.....)))))),)),)}}}}.....((((((..((.(((...))).))))))))...(((...})).....(((((.(.((((((....))),,)).}.)))))......((((....))))...{((((((.{,..{(({{,..|,.,,.,,.{||,.,||,..,,,,||{||.........})),,.....,..}}}}}}}.}))))))||||,..,,...))||,}|,}...}}).),))))})))))),),)))}.||||||.,..(((......))){{{{|{|{|||{.({{{{((((....)))){{{{,,,|((..(((((((((({(((.{{{..{{{.(((..{{({,....(((((((((((((.,.((((.....))))....)))))))))..)))),{{{{,((((,.,......,.,}},.}},,}}}}}})}}....}}}.}|},.}}}..((((.......))))..........|{{{(({,|{{,,....,},.}}}...}}}}.))))....))))))))))..)))||||{(((((((({...,}))...))))))}}},{({{{{.......))))})}}))(((((((....)))))))}}}})).))))),.)),}))))}})})}},.}}))))))))})}}))),.,}),))}}},,},))}))