Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECW2_0005400

Sequence Length

437 nt

GC Content

0.5492

CUUUGUAGGCAGCCAAUCCCAGAGAAGCAGACGGGAUGGCUAGUUCAGCCCGGGAGCACCUGCUUUUUGUGAGGCGUCGAAAUCCCCAGAUGCGGUACACAUUGAGCCCAGAGAACCUCCAGAGCCUUGCCGCCCAGAGCUCCAUGCCAGAGAACAUGACCCUGCAGCGGGCCAACAGCGACACCGACCUGGUGACUUCUGAGAGCCGCUCCAGCUUAACUGCCAGCAUGUACGAGUACACGCUGGGGCAAGCCCAGAACCUCAUUAUCUUCUGGGACAUUAAAGAGGAGGUGGACCCCAGUGAUUGGAUUGGACUUUAUCAUAUAGCUUAUUUGAAGAAGAGAUAAUGUCGUAUGUGCCUCCACAUGCCUUACUCCACCCCAGCUACUGUCAGUCCCCACGUGGCUCUCCCGUGUCAUCUCCUCAGAACUCGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-128.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -136.11

Frequency: 0.0000

Diversity: 101.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((..((((((((.((((............)))))))))......((.(.((((...((((((..((((..(((((..........)))))....))))..))))....))...)))).).))...)))...)))))((.((((........))))...(((.(((((..(..(((...((((.....))))....))).)..))))).)))........(((((.((((....)))).)))))(((.(((((((((..........)))))))........((((((((((((..(((((.((((..((((((((.(((.(((...))).))).)))).(((...)))(((((((....))))))).....))))..)))).)))))...)))..((((.((....)))))).)))))))))....)).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{{,{..{((((((,,((((............))))))))),{{{,.((,{.((((...((((((..((((..(((((..........)))))....))))..))))..,},}...)))).|,||,{{|||,,.}}}.)|||((((........)}))...|||.|{|||}|...{{{,{.{{{{|...|||||,,.,}}|.|,|}}}}},}}|{.....,.(((((.((((....)))).)))))|}|.,|(((((((..........)))))))........((((((((((((..(((((.((((..((((((((.(((.{{,...}}}.))).)))).{{{...}}}(((((((....))))))).....))))..)))).)))))...)))}.{(((.((....)})))).})))))))).}},,),))),)