Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECW2_0008500

Sequence Length

797 nt

GC Content

0.5533

GUUCUCAAGCCAACGGCCACCAGCCACUGCGAUCACUACCUUCAGUGCGCCAGGAUGUUAGCCGGUACCAGAGGGUGGACGAGGCUCUCCCACCAAACUGGGAGGCACGCAUUGACAGCCACGGCAGGAUCUUCUACGUGGAUCACGUAAACAGAACCACGACGUGGCAGCGACCGACAGCUCCCCCAGCCCCGCAGGUGCUGCAGAGAUCUAACUCCAUACAGCAAAUGGAGCAGCUGAACCGGCGAUAUCAGAGUAUCCGCAGAACCAUGACCAAUGAGAGGCCUGAGGAAAAUACCAAUGCUAUUGAUGGGGCAGGGGAGGAAGCUGACUUUCACCAAGCCAGUGCAGAUUUCCGACGGGAGAACAUCCUGCCUCACUCUACCUCCAGAUCCAGGAUCACGUUGCUGUUACAGUCUCCCCCCGUGAAGUUCCUCAUCAGCCCAGAGUUCUUCACCGUGCUGCAUUCUAACCCUAGUGCCUACCGCAUGUUUACAAACAACACGUGUUUGAAGCACAUGAUCACCAAAGUCCGGAGGGACACCCACCACUUUGAACGCUACCAGCAUAACCGCGACCUUGUGGGAUUCCUCAACAUGUUCGCGAACAAACAGCUAGAGCUGCCGCGGGGAUGGGAAAUGAAACAUGAUCACCAGGGCAAGGCAUUCUUUGUGGACCACAACUCCCGCACCACCACUUUCAUUGAUCCCCGGCUCCCACUUCAGAGCAGUAGACCCACAAGUGCGCUGGUUCAUCGGCAACACCUGACAAGGCAACGCAGCCACAGUGCGGGUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-237.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -252.66

Frequency: 0.0000

Diversity: 236.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((....)))(....((((((((((((((((..((((......))))))).(((((((.(((((((...(((((((.((.((((..((..(((......(((((((......(((((((.((((((((((.((((.(((((.((.........)).)))))((.((((.(.((..(.((((((((((.(((((((.((((((((...........(((((.......))))))))))...))).))...((((((((((((.(((..((((.....)))...)..))).))).........)))).))))))))))..))).)).))))).)..)).)...))))))........((....)))))).))))))))..............((((...))))..)).)))))))..)))))))...))).))..)))).)).)))).....)))..)))).)))))))))).......(((.((((..(((((((.((((((.....)))))).)).))))).....((((((..((.(((...))).))))))))...(((...))).....(((((.(.((((((....))).))).).)))))......((((....))))...(((((((.(...((((((..((.......(((........(((....)))........))).......)).))))))).)))))))((((........)))).))))...))).)))).)))))).....)))..((((((((..(((......)))...)).)))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((,.....||{...,{{{{{{.|||{{{(|{..{{{{......}}}||||((((.((((.((((((..((((((((((..({{((.((((((......))))))}}.||,.,((.{{(({(((,..((.(((..((((((...))))))...))).))..{{{|(((({({((,.,.((((((((((.(((((((,(((,((((.,....,,..{(((((.......)))))),,||{{.,,)}))...{{{{{{{{{||{,|{{..{|.{.....,},...},.))}.}}}.....,,..}))).)))}))))))..))).)),})))).,..,|.,...},,,))}}.{.(((((....)))))..{|||||,,|{............||..}}}))},..))}))))))}}.))).......{(((((...{((.........)))..))))))}|||}}|||,|,.......,||||,,...}||{(({{.((((((.....)))))),))})},}}.....{{,,({,.||.|||...}))})),)))))...(((...)))..,{{((((..((((((((....,||.,|.{{({|,.,,,,...((((....))))...(((((((.{...((((((..,{.......(((...{{...,|,,{{{||,.,.,....})),......,,.))))))).)))))))((((........)))).},.),)))))))).}))),))),.))))))))))))))....(((......)))..,))))})))),)