Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HECW2_0010700

Sequence Length

592 nt

GC Content

0.4696

AUGAGAAUUCUCCAGCCAACUUCUGGGAUUCUAAGAACAGGGGUGUGACUGGAACACAAAAAGGGCAAAUUGUAUGGAGAAUUGAGCCUGGGCCCUAUUUCAUGGAACCGGAGAUAAAAAUCUGUUUUAAAUAUUACCACGGCAUUAGUGGAGCCCUGCGAGCCACGACCCCCUGCAUCACCGUGAAGAACCCAGCUGUGAUGAUGGGGGCAGAAGGCAUGGAGGGAGGUGCUUCAGGAAACCUGCAUUCUCGAAAACUUGUUAGCUUUACAUUGUCAGAUCUUAGGGCAGUUGGGCUAAAGAAAGGGAUGUUCUUCAAUCCUGACCCUUAUCUUAAGAUGUCAAUUCAGCCAGGAAAGAAGAGCAGUUUCCCCACCUGUGCCCACCACGGGCAGGAGAGACGGUCUACUAUCAUCAGUAACACCACCAAUCCAAUUUGGCACCGAGAGAAAUAUUCCUUUUUUGCACUUCUUACUGAUGUCUUAGAAAUUGAAAUUAAAGACAAAUUUGCCAAGAGCCGUCCCAUCAUCAAGCGUUUUCUGGGGAAACUAACCAUUCCAGUCCAGAGGCUGCUGGAGCGACAAGCCAUCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-167.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -177.98

Frequency: 0.0000

Diversity: 109.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..(((((((((((..(((...((((.((((.....((((((.((...(((..(.((....((((.((((........))))....((((..((........))..))))((((....)))).............((((.......)))).)))))).)..)))..))))))))(((....))).))))))))(((.(((((((((((((....((((.((.(((((((((...(((((.......((((((....(((.(((((((...((((((.........)))))).)))))))...)))...((((((((..(((((...((((((....)))).......)).)))))..))))))))(((((((..((((((.....))))))..)).)))))(((.((((......))))..))).((((......))))...)))))).....))))).....))))))))).))..((((((.((........)).))))))....))))....)))..))))))))))))))))..)))))))........))))..))((.((((((..((......)))))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((..{{{{(((((((..({(,,{((((.(({{.....((((((.((,..(((..{.{....{((((.,,{{..,...{.|}||....((((..((........))..)))){{{{....,))),,...........((((.......)))).)))))}.}..))),.))))))))..|,.,,|,|,|||}}}}}(((.(((((((((((((....((((.{{.(((((((((...(((((.......{(((((....,{{.(((((((...((((((.........)))))).))))))).,.,,|,,,((((((((..(((((...,,({,,....),}}........,.)))))..))))))))((((({(..((((((.....))))))..)).)))))(((.((((......))))..))).((((......))))...)))))}.....))))).....))))))))).}}..((((((.{{........)).))))))....))))....)))..)))))))))))))))),,))))||||........))),.))||,||||{{}}||,,}...,.})}}.}}))