Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HIAT1_0003400

Sequence Length

1086 nt

GC Content

0.4383

GUAUUACAUGAAACCUUUCCUAAACAUACAUUUCUGAUGAACGGCUUAAUUCAAGGAGUAAAGGGUUUGUUGUCAUUCCUUAGUGCCCCGCUUAUUGGUGCUCUUUCUGAUGUUUGGGGCCGAAAAUCCUUCUUGCUGCUAACGGUGUUUUUCACAUGUGCCCCAAUUCCUUUAAUGAAGAUCAGCCCAUGGUGGUACUUUGCUGUUAUCUCUGUUUCUGGGGUUUUUGCAGUGACUUUUUCUGUGGUAUUUGCAUACGUAGCAGAUAUAACCCAAGAGCAUGAAAGAAGUAUGGCUUAUGGACUGGUUUCAGCAACAUUUGCUGCAAGUUUAGUCACCAGUCCUGCAAUUGGAGCUUAUCUUGGACGAGUAUAUGGGGACAGCUUGGUGGUGGUCUUAGCUACAGCAAUAGCUUUGCUAGAUAUUUGUUUUAUCCUUGUUGCUGUGCCAGAGUCGUUGCCUGAGAAAAUGCGGCCAGCAUCCUGGGGAGCACCCAUUUCCUGGGAACAAGCUGACCCUUUUGCGUCCUUAAAAAAAGUCGGCCAAGAUUCCAUAGUGCUGCUGAUCUGCAUUACAGUGUUUCUCUCCUACCUACCGGAGGCAGGCCAAUAUUCCAGCUUUUUUUUAUACCUCAGACAGAUAAUGAAAUUUUCACCAGAAAGUGUUGCAGCGUUUAUAGCAGUCCUUGGCAUUCUUUCCAUUAUUGCACAGACCAUAGUCUUGAGUUUACUUAUGAGGUCAAUUGGAAAUAAGAACACCAUUUUACUGGGUCUAGGAUUUCAAAUAUUACAGUUGGCAUGGUAUGGCUUUGGUUCAGAACCUUGGAUGAUGUGGGCUGCUGGGGCAGUAGCAGCCAUGUCUAGCAUCACCUUUCCUGCUGUCAGUGCACUUGUUUCACGAACUGCUGAUGCUGAUCAACAGGGUGUCGUUCAAGGAAUGAUAACAGGAAUUCGAGGAUUAUGCAAUGGUCUGGGACCGGCCCUCUAUGGAUUCAUUUUCUACAUAUUCCAUGUGGAACUUAAAGAACUGCCAAUAACAGGAACAGACUUGGGAACAAACACAAGCCCUCAGCACCACUUUGAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-297.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -320.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 334.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((....(((...........................)))....))((..(((((((.((..(((((((((.((..(((((.(((...((..(((((((((.((((((((.((((((((((.............(((((....)))))............))))))(((((((.((((((((((((.(((((((.(((((((....((((((((.....((((......((((.........)))).((((((((.......))))))))..)))))))).))))..))))))).)).))))).)))))))((((((...))))))((((...(((..(((((......))))).)))...))))(((((((.(((...((((((..((.((((((...(((((......)))))..(((((((((.....((((((..(((.(((.(((((((((((.(((((((((((.((((((.((.((((((((((......))))))))))....((((((..((((.........))))..))))))..(((...(((.(((.(((......))).))).)))..)))((((........)))))).)))).........)).)))))))).((((((...((((..((..((((((....))))))....))..))))...(((((...(((........)))..)))))..((((....))))((((....))))))))))(((((((((((.(((.(.(((......)))))))...)))))........))))))....)))))))))))))).))))))...))))))....((((((((......)))))))))))))))))))))))...)).)))))).))).))))))).(((...(((.((((....)))).))).)))))))).))))))))))).)))((((((((((.....((..(((((...)))))))))))...))))))...((((((((.....))))))))...))))).).))))))))..)).....))).)))))...)))))))))))..))....))))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.,,.{{,{{,|..,..............,}}},.})),...)}{{..(((((((.((..(((((((({,((..(((((.(((...((..(((((((((.(((((.,{,,{,.,(((((((.....,,,...,((((({.{{{(((.....))).}}|((((({...,((.{((((.((((((((,{{{(((.(((((((....{{{{{{{({,,,,({(({,,..,((((.,,....,.)))),((((((((.......)))))))),,)))}))))})}))..))))))).))},,,(((((((({{((((({...}))))).}}........)))))))).{{,..|||{},,.{{|||((,((({(,..,{(((,(((({{({{((({((,..,|{|||{((({{,||||||||{((((,......||||,..|}{,|||.|{(|||||,||||||||,,..,,.}}}}}}}||,((((((((({......}))))))))).}}})))),))}|,,|,}...,........,}))),)}}))}}}))}..,})}.))))}})},))))).}}.,.....((((........)))){{{(,{{{,{..{((({,......,{(({((,,,{{{.{{{{.(((((((((,.(((({{(({{.{{,.{,.,.....|||{{...{{|,..,,,{,|||..,||},..,((({...}||,((({,...}}}}.)))}))},,|}}}|,,.|}},},|}}}}}}.)))),,..}))))))))..}}}}...)))}}...))))))),,,,|||,,,,}))).}))),,)}.}}|,||||||}}}},,))))))|||,|,|||||{{.,{({((((((.(((((.....((((....(((..(((.((((....)))).)))..))).,..)))),..))))).)))))|...}))).,.})))..}||{|.,}))})))))))..,,},,.,},..((((((((.....))))))))...))))).,.))))))))..)).....))).)))))...)))))))))))..)).,,.}}))))).))