Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HIF1A_0001000
Sequence Length
2297 nt
GC Content
0.4036
UAGGAUAAGUUCUGAACGUCGAAAAGAAAAGUCUCGAGAUGCAGCCAGAUCUCGGCGAAGUAAAGAAUCUGAAGUUUUUUAUGAGCUUGCUCAUCAGUUGCCACUUCCACAUAAUGUGAGUUCGCAUCUUGAUAAGGCCUCUGUGAUGAGGCUUACCAUCAGCUAUUUGCGUGUGAGGAAACUUCUGGAUGCUGGUGAUUUGGAUAUUGAAGAUGACAUGAAAGCACAGAUGAAUUGCUUUUAUUUGAAAGCCUUGGAUGGUUUUGUUAUGGUUCUCACAGAUGAUGGUGACAUGAUUUACAUUUCUGAUAAUGUGAACAAAUACAUGGGAUUAACUCAGUUUGAACUAACUGGACACAGUGUGUUUGAUUUUACUCAUCCAUGUGACCAUGAGGAAAUGAGAGAAAUGCUUACACACAGAAAUGGCCUUGUGAAAAAGGGUAAAGAACAAAACACACAGCGAAGCUUUUUUCUCAGAAUGAAGUGUACCCUAACUAGCCGAGGAAGAACUAUGAACAUAAAGUCUGCAACAUGGAAGGUAUUGCACUGCACAGGCCACAUUCACGUAUAUGAUACCAACAGUAACCAACCUCAGUGUGGGUAUAAGAAACCACCUAUGACCUGCUUGGUGCUGAUUUGUGAACCCAUUCCUCACCCAUCAAAUAUUGAAAUUCCUUUAGAUAGCAAGACUUUCCUCAGUCGACACAGCCUGGAUAUGAAAUUUUCUUAUUGUGAUGAAAGAAUUACCGAAUUGAUGGGAUAUGAGCCAGAAGAACUUUUAGGCCGCUCAAUUUAUGAAUAUUAUCAUGCUUUGGACUCUGAUCAUCUGACCAAAACUCAUCAUGAUAUGUUUACUAAAGGACAAGUCACCACAGGACAGUACAGGAUGCUUGCCAAAAGAGGUGGAUAUGUCUGGGUUGAAACUCAAGCAACUGUCAUAUAUAACACCAAGAAUUCUCAACCACAGUGCAUUGUAUGUGUGAAUUACGUUGUGAGUGGUAUUAUUCAGCACGACUUGAUUUUCUCCCUUCAACAAACAGAAUGUGUCCUUAAACCGGUUGAAUCUUCAGAUAUGAAAAUGACUCAGCUAUUCACCAAAGUUGAAUCAGAAGAUACAAGUAGCCUCUUUGACAAACUUAAGAAGGAACCUGAUGCUUUAACUUUGCUGGCCCCAGCCGCUGGAGACACAAUCAUAUCUUUAGAUUUUGGCAGCAACGACACAGAAACUGAUGACCAGCAACUUGAGGAAGUACCAUUAUAUAAUGAUGUAAUGCUCCCCUCACCCAACGAAAAAUUACAGAAUAUAAAUUUGGCAAUGUCUCCAUUACCCACCGCUGAAACGCCAAAGCCACUUCGAAGUAGUGCUGACCCUGCACUCAAUCAAGAAGUUGCAUUAAAAUUAGAACCAAAUCCAGAGUCACUGGAACUUUCUUUUACCAUGCCCCAGAUUCAGGAUCAGACACCUAGUCCUUCCGAUGGAAGCACUAGACAAAGUUCACCUGAGCCUAAUAGUCCCAGUGAAUAUUGUUUUUAUGUGGAUAGUGAUAUGGUCAAUGAAUUCAAGUUGGAAUUGGUAGAAAAACUUUUUGCUGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCAUUUUCUACUCAGGACACAGAUUUAGACUUGGAGAUGUUAGCUCCCUAUAUCCCAAUGGAUGAUGACUUCCAGUUACGUUCCUUCGAUCAGUUGUCACCAUUAGAAAGCAGUUCCGCAAGCCCUGAAAGCGCAAGUCCUCAAAGCACAGUUACAGUAUUCCAGCAGACUCAAAUACAAGAACCUACUGCUAAUGCCACCACUACCACUGCCACCACUGAUGAAUUAAAAACAGUGACAAAAGACCGUAUGGAAGACAUUAAAAUAUUGAUUGCAUCUCCAUCUCCUACCCACAUACAUAAAGAAACUACUAGUGCCACAUCAUCACCAUAUAGAGAUACUCAAAGUCGGACAGCCUCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGUCAUAGAACAGACAGAAAAAUCUCAUCCAAGAAGCCCUAACGUGUUAUCUGUCGCUUUGAGUCAAAGAACUACAGUUCCUGAGGAAGAACUAAAUCCAAAGAUACUAGCUUUGCAGAAUGCUCAGAGAAAGCGAAAAAUGGAACAUGAUGGUUCACUUUUUCAAGCAGUAGGAAUUGGAACAUUAUUACAGCAGCCAGACGAUCAUGCAGCUACUACAUCACUUUCUUGGAAACGUGUAAAAGGAUGCAAAUCUAGUGAACAGAAUGGAAUGGAGCAAAAGACAAUUAUUUUAAUACCCUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-520.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -566.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 626.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((..(((((...((.....))....)).((((((........))))))((...(((((((((.....)))))))))..))((((((....(((.(((.((((.((..(((((....)))))..))...(((((((......))))))).((.(((((.....))...)))))....(((((.(.(((((((.(((((((........((((.(.(((((((((((((...((((((....))))))((((((((((((((((.((((.........((((..(((..((.((((((((......))))))))))..(((.((((((((.(((((..((((((.((((....))))(((((((((.....((((..((((((..(((.((...(((((((((.((((.....((....))(((((.......)))))....................)))).)))))))))...((.((((((.....(((..(((.(..(((.((..........)))))....).)))..)))..)))))).))....)).)))))))))..))))................(((.(((.(((((((((((((...((..(((((((.(((((.((((((((((....)))..((((((((((((...(((.(((((.((((.((((.((((.((((.((((.(......).))))....))))...)))).))))..)))).)))))..))).))))))))...)))).((((.((....(((((..(.((((..(((((......)))))..)))).)))))))).))))..............((((.(((((......))))).)))).....((...(((..(((.((((((((((...((((.((((((...(((((.........)))))...))))))..)))).............((((((((...)))).))))(((((.((((((..(((......))).)))))).))))).......(((........)))((((((......(((...((((((..((((((((...((.((((((.......((((((((((.((..((..........(((.(((((.....))))).)))...))..)).))))))))))..(((....)))))).))).))...))))))))..))))))))).......))))))....(((.....))).....(((((.((((.((((((...))))))...))))..)))))..........................)))))))).)).)))..)))...))((......))....((.(((((.....(((((.......))))).......))))).))....))))))).)))))...))).))))..))...)))))).....))).)))).))).))))))))))))(((((.(((((...))))).)))))....)))))).))))).....))))))))))).....(((((((((((((...(((((.((((.....(((((......)))))(((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))))...............((..(((((((((...............(((((..(((((.((((((..((((.((..........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..(((....(((((..(((((...................))))))))))....)))...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).)))))...)))))...)))))))))..)).............................)))).)))))..))))))))))))).)))..)))).........))))))))))))..........(((........)))(((....))))))))))).............)))))))).))))).))))).........(((((........)))))..)))))))..)))))))..).)))))((((..(((((((.(((..((........))..))).))))))).))))...)))).))))))........(((.((..((...))..)).)))......(((((...(((.(..(........)..).)))....))))).((........)))))))).)))...))))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(,{({.,{{{{{{{,.,,{{....,||....|}{(((((({{.,,,..}}}}})||,,,((,{{({{{,,,,.||||}}}}||||}|,{|||,||||,|.{,|}|||({({...|})),||,.)))}}}}}}..{((((((......))))))}.((({{{,({{{{{{(.,.((((.{...(((((.{.(((((((.(((((((........((((.(.(((((((((((((...((((((....))))))((((((((((((((((.((((,,,,...,,{{{{{|{{|,,{{.((((((((......)))))))}},..{{(.((((((((.(((((..((((((.((((....))))(((((((((({{.,(({(,,{{{{,,.,|||.||...(((((((((.((((.{.,.{,....|}{((((,,,....}}}||.................,.,)))).)))))))))...,,.((({{{.,,{.{{{..{{{,{,.{{.,{{.,........}}}}|,...},})}..|}|..}}}}}|,},..||}}.|||}},.||..,}}}|||.....}}......||{,{(({((((((.{((({{...((..(((((((.(((((.((((((((((,......,{,{,.((((((((...{{(.(((((.((((.{(((.((((.((((.{(((.(......).)))),...))))...)))).))))..)))).)))))..,}}.))))))))...{({(((,{({....,})}.}}}.},}||..,{{((({{{.,{{||{(.{{(((..{{.{,,,.,}.)}}))}}...,,.)))))))))))}}.}},}}})}},}}}}}|,,.||.,.|{{..(((.((((((((({...((((,{{((((..,(((((....,,,.,)}}}}...}}}}}}..}}}}...,,,,,,|,..{(({{{{{..,))}},))}}||{{,.((((((,,{({......})).})})}),)))}}},,.,..,||......,,|,.((((((.,,...({(,..((((((..((((((((...((.((((((.......(((((((((({(({.,,......,,..((({(({{,.....}}))).))).,,))},),.})))))))))..(((....))))))}})).))...))))))))..)))))))))....,,.))))))....|||.....}}}.....{((((.{{{,.(((((({{..,,)))}}}))})..)))))..........................}))))))).)).)))..))),,.,,||,}....}}....((.(((((.....(((((.......)))))...,...))))).))....}}})))).})))}...))).)))}.,))...}))))}.,,}}))),,,}},}},.})))))))))))(((((.(((((...))))).)))))....)))))).))))).....))))))))})}.....{((((((((((((.{,({(({.((({{..{,{{{({..{{{,,,,{{(((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))),}}|..,.,.}}},},||,.(((((((((.,,....,,,.,,{,{{{{|,,{((((.((((((..((((.{{.,........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..{((....(((((..(((((..{{........}}.....))))))))))....})}...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).))))}...}}}})...))))))))),.))}}}.,,,,,,,......,..,,.....}})))).))))),,)))))}}))))}},||...,,,|{....||,,}}}}}}}}))))..,.....,.{((........)))|||....,}))))))))).............)))))))).))))).))))).........{((({.,......)}}))..)))))))..)))))))..}.)))))}.)))),{{{{{|,|{{..{|,|..,.,,)),}))).)))))))..)|||}}|{.{,|||||..}},}},,||{.|||,,,|,,|}.{||,|||..{,{{({,{({{{,{{,|..,}}},,..,)}}))},..,,}})}},.||,,,}|}..}}},}},...,,...,,.))))},}.}}.,}))
Back