Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HIF1A_0002100

Sequence Length

2167 nt

GC Content

0.4047

GAUAAGUUCUGAACGUCGAAAAGAAAAGUCUCGAGAUGCAGCCAGAUCUCGGCGAAGUAAAGAAUCUGAAGUUUUUUAUGAGCUUGCUCAUCAGUUGCCACUUCCACAUAAUGUGAGUUCGCAUCUUGAUAAGGCCUCUGUGAUGAGGCUUACCAUCAGCUAUUUGCGUGUGAGGAAACUUCUGGAUGCUGGUGAUUUGGAUAUUGAAGAUGACAUGAAAGCACAGAUGAAUUGCUUUUAUUUGAAAGCCUUGGAUGGUUUUGUUAUGGUUCUCACAGAUGAUGGUGACAUGAUUUACAUUUCUGAUAAUGUGAACAAAUACAUGGGAUUAACUCAGUUUGAACUAACUGGACACAGUGUGUUUGAUUUUACUCAUCCAUGUGACCAUGAGGAAAUGAGAGAAAUGCUUACACACAGAAAUGGCCUUGUGAAAAAGGGUAAAGAACAAAACACACAGCGAAGCUUUUUUCUCAGAAUGAAGUGUACCCUAACUAGCCGAGGAAGAACUAUGAACAUAAAGUCUGCAACAUGGAAGGUAUUGCACUGCACAGGCCACAUUCACGUAUAUGAUACCAACAGUAACCAACCUCAGUGUGGGUAUAAGAAACCACCUAUGACCUGCUUGGUGCUGAUUUGUGAACCCAUUCCUCACCCAUCAAAUAUUGAAAUUCCUUUAGAUAGCAAGACUUUCCUCAGUCGACACAGCCUGGAUAUGAAAUUUUCUUAUUGUGAUGAAAGAAUUACCGAAUUGAUGGGAUAUGAGCCAGAAGAACUUUUAGGCCGCUCAAUUUAUGAAUAUUAUCAUGCUUUGGACUCUGAUCAUCUGACCAAAACUCAUCAUGAUAUGUUUACUAAAGGACAAGUCACCACAGGACAGUACAGGAUGCUUGCCAAAAGAGGUGGAUAUGUCUGGGUUGAAACUCAAGCAACUGUCAUAUAUAACACCAAGAAUUCUCAACCACAGUGCAUUGUAUGUGUGAAUUACGUUGUGAGUGGUAUUAUUCAGCACGACUUGAUUUUCUCCCUUCAACAAACAGAAUGUGUCCUUAAACCGGUUGAAUCUUCAGAUAUGAAAAUGACUCAGCUAUUCACCAAAGUUGAAUCAGAAGAUACAAGUAGCCUCUUUGACAAACUUAAGAAGGAACCUGAUGCUUUAACUUUGCUGGCCCCAGCCGCUGGAGACACAAUCAUAUCUUUAGAUUUUGGCAGCAACGACACAGAAACUGAUGACCAGCAACUUGAGGAAGUACCAUUAUAUAAUGAUGUAAUGCUCCCCUCACCCAACGAAAAAUUACAGAAUAUAAAUUUGGCAAUGUCUCCAUUACCCACCGCUGAAACGCCAAAGCCACUUCGAAGUAGUGCUGACCCUGCACUCAAUCAAGAAGUUGCAUUAAAAUUAGAACCAAAUCCAGAGUCACUGGAACUUUCUUUUACCAUGCCCCAGAUUCAGGAUCAGACACCUAGUCCUUCCGAUGGAAGCACUAGACAAAGUUCACCUGAGCCUAAUAGUCCCAGUGAAUAUUGUUUUUAUGUGGAUAGUGAUAUGGUCAAUGAAUUCAAGUUGGAAUUGGUAGAAAAACUUUUUGCUGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCAUUUUCUACUCAGGACACAGAUUUAGACUUGGAGAUGUUAGCUCCCUAUAUCCCAAUGGAUGAUGACUUCCAGUUACGUUCCUUCGAUCAGUUGUCACCAUUAGAAAGCAGUUCCGCAAGCCCUGAAAGCGCAAGUCCUCAAAGCACAGUUACAGUAUUCCAGCAGACUCAAAUACAAGAACCUACUGCUAAUGCCACCACUACCACUGCCACCACUGAUGAAUUAAAAACAGUGACAAAAGACCGUAUGGAAGACAUUAAAAUAUUGAUUGCAUCUCCAUCUCCUACCCACAUACAUAAAGAAACUACUAGUGCCACAUCAUCACCAUAUAGAGAUACUCAAAGUCGGACAGCCUCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGUCAUAGAACAGACAGAAAAAUCUCAUCCAAGAAGCCCUAACGUGUUAUCUGUCGCUUUGAGUCAAAGAACUACAGUUCCUGAGGAAGAACUAAAUCCAAAGAUACUAGCUUUGCAGAAUGCUCAGAGAAAGCGAAAAAUGGAACAUGAUGGUUCACUUUUUCAAGCAGUAGGAAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-502.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -544.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 535.25

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((...((...((.....))....)).((((((........))))))((...(((((((((.....)))))))))..))..))).)))((((.((((((((.((((.(((((((..((....((((.(((((((......)))))))...)))))).))))))))))).))))..(((((.(.(((((((.(((((((........((((.(.(((((((((((((...((((((....))))))((((((((((((((((.((((.........((((..(((..((.((((((((......))))))))))..(((.((((((((.(((((..((((((.((((....))))(((((((((.....((((..((((((..(((.((...(((((((((.((((.....((....))(((((.......)))))....................)))).)))))))))...((.((((((.....(((..(((.(..(((.((..........)))))....).)))..)))..)))))).))....)).)))))))))..))))................(((.(((.(((((((((((((...((..(((((((.(((((.((((((((((....)))..((((((((((((...(((.(((((.((((.((((.((((.((((.((((.(......).))))....))))...)))).))))..)))).)))))..))).))))))))...)))).((((.((....(((((..(.((((..(((((......)))))..)))).)))))))).))))..............((((.(((((......))))).)))).....((...(((..(((.((((((((((...((((.((((((...(((((.........)))))...))))))..)))).............((((((((...)))).))))(((((.((((((..(((......))).)))))).))))).......(((........)))((((((......(((...((((((..((((((((...((.((((((.......((((((((((.((..((..........(((.(((((.....))))).)))...))..)).))))))))))..(((....)))))).))).))...))))))))..))))))))).......))))))....(((.....))).....(((((.((((.((((((...))))))...))))..)))))..........................)))))))).)).)))..)))...))((......))....((.(((((.....(((((.......))))).......))))).))....))))))).)))))...))).))))..))...)))))).....))).)))).))).))))))))))))(((((.(((((...))))).)))))....)))))).))))).....))))))))))).....(((((((((((((...(((((.((((.....(((((......)))))(((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))))...............((..(((((((((...............(((((..(((((.((((((..((((.((..........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..(((....(((((..(((((...................))))))))))....)))...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).)))))...)))))...)))))))))..)).............................)))).)))))..))))))))))))).)))..)))).........))))))))))))..........(((........)))(((....))))))))))).............)))))))).))))).))))).........(((((........)))))..)))))))..)))))))..).)))))((((..(((((((.(((..((........))..))).))))))).)))))).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

....((((((..{{,{.{,,,,{,...,,.(((((((((.{{(..|,,,,)}}{{{((,,,{{{,{{{{,||||,,,,||||}},,}},}))||||.|.}}|||(,({...|})),||..))))))))}..(((((((......))))))){((((({|({{{{{||,|.{{{{.|...(((((.{.(((((((.(((((((........((((.(.(((((((((((((...((((((....))))))((((((((((((((((.((((,,{,...,,{{{{{|{{|,.{{.((((((((......)))))))}},..{{(.((((((((.(((((..((((((.((((....))))((((((((((({.,((((,,{(({{,.,|||.||...(((((((((.((((.{.,.{,....|}{((((,,,....}}}||.................,.,)))).)))))))))...,,.((({{{.,,{.{{{..{{{,{,.{{.,{{.,........}}}}|,...},|)}..|||..}|}}}|,},..||}}.|||}},.||..,}}}|||.....}}......||{,{(({((((((.{(((({...((..(((((((.(((((.((((((((((,......,{,{,.((((((((...{{(.(((((.((((.{(((.((((.((((.{(((.(......}.)))),...))))...)))).))))..)))).)))))..,}}.))))))))...{({(((,{({....,})}.}}}.},}||..,{{((({{{,,{({(((.{{(((..{{.{,,,.,}.)}}))}}...,,.)))))))))))}}.}}}}}})},,|}}},|,,.||.,.|{{..(((.((((((((({...((((,{(((((..,(((((....,,,.,)}}}}...}}}}}}..}}}}...,,,,,,|,..{(({{{{{..,))}},))}}|{{{,.((((((,,{({....,.})).))))}).)))}}},,.,..,||......,,|,.((((((.,,...({(,..((((((..((((((((...((.((((((.......(((((((((({(({.,,......,,..((({(({{,.....}}))).))).,,))},),.})))))))))..(((....))))))}})).))...))))))))..)))))))))....,,.))))))....|||.....}}}.....{((((.{{{,.(((((({{..,,)))}}}))})..)))))..........................}))))))).)).)))..))),,.}}||,}....}}....((.(((((.....(((((.......)))))...,...))))).))....}}))))).})))}...))).))))..))...}))))).,,}}))),,,}},}},.})))))))))))(((((.(((((...))))).)))))....)))))).))))).....))))))))})}.....{((((((((((((.{,({(({.((({{..{,{{{({..{{{,,,,{{(((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))),}}|..,.,.}}},},||,.(((((((((.,,....,,,.,,{,{{{{|,,{((((.((((((..((((.{{.,........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..{((....(((((..(((((..{{........}}.....))))))))))....})}...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).))))}...}}}})...))))))))),.))}}}.,,,,,,,......,..,,.....}})))).))))),})))))}})))))},|,...,,,|{....||,,}}}}}}}}))))..,.......{((........)))|||....,}))))))))).............)))))))).))))).))))).........{((((.,......)})))..)))))))..)))))))..}.)))))},}))}.,,,.,|}||,.,||}}....}}))})),,.))))))}..)).}}.))))))