Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HIF1A_0004100
Sequence Length
2492 nt
GC Content
0.3415
UUUGAACUAACUGGACACAGUGUGUUUGAUUUUACUCAUCCAUGUGACCAUGAGGAAAUGAGAGAAAUGCUUACACACAGAAAUGGUAAGAAAAGUCUGUUGUUUGAUUUAAUGUGACAGGUGGUUUUACAUAAUAAGAUACUAUUGCUAAUUAUUAAACUUUGCUAUUGUACUUACCCAAGGCAAAAUGUUAUUUCAUGUUUAAUAAAAUGUCUAUUCUUUGUUAAAACUAUUAUUUUAGUUUUUAGGAAUUUCAUUUUGAAAGCCCACCUAAUUGCAUAAAUAAUUGUGUGGGUGUGAGAAAUAAAAUGGAAAAGUAAAAUCAUGACCAAGAGAGUUACAAAUAACUUUUUUUUUUUUUUUUUAAGAUGGGGUCUCGCUCUUUUGCCCAUGCUGGAGUGCAGUGGCACAAUCAGCUGACUGCAGCCUUGACCGCUGGGACUCAAGCGAUCCUCCCACCUCAGUCUCCCAAGUUAGCUGGGACCACAGACGCGUGCUACCAUGCCCAGCUAAAUUUUUAAAAAUUAUUUGUAGAGACAAAGUCUCACUAUGCUGCUCAGGCUGGUCUUGAACUACUGGGCUUAAGCCAUCCUCUCACCUCGGCCUCUCAAAGUGUUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCACGCCCAGGCUACCUUUUUUUUCCUUUUCUUUUUAAAUUGUGAUAGGGGUUCUUGCUGUAUUGCCCAGGCUGGUCUUAAACUCCUGGACUCAAGUGAUCCUCCUGGCUCAGCCUCCCAAAGUGCUAGGAUUAUAGGCAUGCGCCACCACACCUGGUGGAGUUAAAAAUUAAAAUACACCAUUAAGGCAAGGAGAAAUUAUAAUACAAAUGGCAGAUAAUAGGACUUUAGACAGUCAUUAAAGUUGAGGUGCCAGUUUGAGUCUAAGGCCCAAUAAAAAAAGUUCACCAGAAUUUUAAGACAAACAACUGCUUAUUUGACUUCUUUGGAUGUUCUCAAUAAUUCGAGACCGUGUAGUUAGAUUAUAAAGUAUUACAUUGUGGAUGCCCACAUAUUAACAAAAAUAGAGAGUAAGACCUCUAAUUCUUAGGAAUUAAUUGUUAAAAAUAAUCAAGUGUUCCAAGAUUUUUUGGAAACUACCUCUUGAAUUAAAAAAUUAAAGUCUUUCUACAUUUUUAUCUUGUUAAACAGUGUAUACUGAUCAUAAUUAUUUAAAAAAUCAUGUGUUCUAAGAUUUUUGGAAAGUACCUCUUGAAUUACAAAAACAAGAAAGUCUUUCCACAUUUGUGCCUUCUUAAGCAGUGUAUACUGAUCAUAAUUGAACUUUUCUUCAUGAUGGAAAGUUACCACAAGGAAAAUUUCUUAUGUUCUGCUGUUCUUUGUUGCUCUCCAAUUUAAGUGCAUACGUUUGUUUGCUUCUAUAUUAUAAAACCUCAAAUUUACUUUUUGUAUAAUUUUUGAGGUUUUCUUUUUCAUCUCAUUUAUUAUAAUAAUAGCUAACCUCCAUUGAGAGAAUGCUGUGUGCCAGGACACUGUUCUUCCUAUUUUAUAUGCUUUUAACUCCUUUAUUCCUCACAACAACCCUGUGAAGUUAACUGUUAGACAAUUUCUAUUUUACUAGGAAACUGAGGUACAGAGUUACUAAGUAACUUUCCCAACAUUAUUUGGUUAGUAAAUGGCAGAGCUUGGGCUGAACUUCAGUAGACUGGCUUCAGAGUCCACGCUCAUUAGUCCUUUGGAGCGCUUUUCAUAUUCUUGAAUUCUCACAUUCUGUCUUUUUUCACUCUGUCAGCAGGACCUGACUCCUGUUUUUAAAUUUCAUAUUGUGUUUUUACUGUUAAUUUGGAAAACAAAUGCAUACUUUUUAGAAUUCUGUAUAAAGGAGGAGUAAAUAUGCUGUGAACAAGGACCUAAGUGGGUUGUCAAUGAGUUUAAUAUAUGAGUUCUAAUGUGCAGAGUUGAGGUUUAUAUUGACUGCUCAGUGCUUCCCUGGGGCUAGACUAUAAAUGGAUGGAUAUUAGGAAGUCUUGUUCUGAUUUGGUAAUGAUGUUAAUGCAUUAUUCUAAAUCAGAUAGUCUUAAUAUAGUUUAAAUGUAUGUUUCGAACCAAAUGUUCUUUUUUAAAGCACACAAACAUUUUGAAAUCAUUACUAAUGUGGUUAAUGAAUUAUUGAUGUUCCAUUGGGAAACUAAAAUGCAGAUUUUUCUCUUUUAGAAAUCAGGGACUAUUGCAAAGCAUCACAUUUUAGUGAUACACUGAGAGCCAGUGGUGUGUUUAUACAAAUAGUCCUAUUUUCCAAAUAAAUUCUAGAAAAAUGCUUUAGAAUUUAUAAAUUAUACAAAAUAUGACUUAUUUUUAGAGAGUUUAAAAUUUAGGUUUUUUUAAUGGUUUGUUUUUGUUUGUUUGUUUUUUGUUUUUUUUUUCCUCAUUAGGAAAACACUAGUACUUUUCAGUUACCUUGAUUUUUAAAUUAAUCUGCAGGUCCCCAUUCAAAGGCCUUGGGUUCCUUUCAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-595.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -646.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 809.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..(((.(((...((((((((((.(((........((((.((.((((....((((((.(((....(((((.((......))))))).....))).))))))......))).).)).))))........))).)))))).))))))).))))))))(((((...........(((((((((...((((((.(((((........(((((...((((((....(((((((......))))))).))))))..)))))(((.(((((((......((((((....))))))(((((((((((.((((((((((((((....(((.((((((((((((((....))))))))).............((.(((((..(((((......((((.(((.((((((((((((.......))).))))))..))).)..)))))).....)))))..).)))).))............(((((((((..(((......)))........))))))))).................((.(((((...)))))))...(((.....)))))))).))).((((((((((((.((((((((..(((..............)))..)))))....))).))))))..((.((((((((((((((...((((((.........(((((((((((((((((((((..((.....(((((..(((.....)))))))))).)))).)))))(((((((...............))))))).....(((....)))((((....))))((((((((((..(((((((.........((((.(((((....((((....(((((((((..((((((((((((((..(((.....((......)).....)))))))))))..........(((((((....)))))))............(((((((((((((....(((....((((........)))))))...))))))))....)))))......(((((....)))))..(((((((..((((((((((((((...((((((....))))))..............(((((.((((((((....))))))).....).)))))..............))))...))).))))))).))))))).((((((((((((..............(((((((...........)))))))((((((.((.(((((...........)))))..))))))))...................))))))))))))..((....))((((((((........)))))))).((....))......))))))..)))))))))..))))...))))).........(((.((....)).)))...........(((((((((((..(((.....))).....))))))))))).........................(((((....(((......)))...))))).))))(((((...)))))...))))))).....))))))))))........(((((.......)))))......)))))..)))))))..........))))))..)))))..((((((((...)))))))).((((......))))..............))))))))))).....))))))....(((((((((...((........)).)))))))))))))))).)))).)))..))))))))))).((((((.(((((......((((.......((((((.((((........((((.(.(((((....((..(((((.....)))))....)).....))))).).)))))))).)))))).....))))))))).))))))....))))))).))))))))..)))))).(((((....((.((((((((((((((.......(((((...((((((....(((..(.((((((((..(((((..(((((((((...((...((((((((((.((((((((....)))))))))))))))))).))))))))))).)))))..)))).)))).)..))).............((((((.(((((((.....(((((((((((((((..(((((((...)))))))....))))))....((((((.(.(((....))))))))))......(((((((((.....(((((((.((((((((...))))))))....))))))).........))))))))).........((((((((((((.......))))))))))))................((((((.(((((((...)))))))..))))))....))))))))).....))))))).)))))).........(((((((....)))))))....))))))...)))))))))))))...........)))))).))....)))))...)))))))))......)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{({({,..,{(((....}}|{((((..((((((.((((((({((,...}}}}.}}|.|)))).|)))}.|..))))}}.....,{{{{{{{,,{{{{|{{{{{{{,,||{{{{,,|{|||{{{{{{{,{,,,{.,,,,,,|||,,,||,..|{{|||||(((((({.{{(.....,,.||||||}}}{((......|}}}}}}}}|||{{{{...{(((({,...(((((((......))))))).}))))},,||}}||}...((((((.((((((......)))))).)))))){{{{{,{{|{{{,,{(({{{{{{,,,,|,,{,,.{{(((((({(....}})))))}}},,{,,,..|{{{{(({((((,,{.(({{{,..{{{,.,(({,{{{{|(((({(|,,.{{{((((,,..{|{({.,,{{,.{,({(((.{{.,,,}}...})))}.|,|,}}|....,{,(((((((((..{{{......||}.......}))))))))}.,,..............{{.(((((...))))),}...}}}}},,,}})))|},,}}..}}}}}}{||||,,|||{{{((..(((,,,{({,{.,|...|||,{||||,....|||.||||||((((.(((..((((((........(((({.((..........,.)).}))))........))}..)))..))))))}...........(((,,{....)}))),,,||||}}}}}}}}}}},.{,|||||,|...,,|||,,{,,||((({....})))|}.||,,.....,,,...,,,||....,}},..{{{{{....{{{{....{((((((({..({{((({{,,{{{.{{{{{.,,,{{{||,||,|{{,|.,}},},}}.,)))}).......(((((((....)))))))..,.....,,}}|,,|||,,|||||}|,.,||,,{.((((........)))),)||{{||,,||||,...,,,,.......(((((....)))))..{{{{{{,...,{{{(|||.,,}})))|(((((....)))))}.|||||,...,}||{{{((,{(((((({....})))))),,.....))))),.,},..,,.,},))))}..}}}}}},{{{.,,{|||,,,.((((((((((((....,,........{((((((.,,........))))))|((((((.{{.(((((...........)))))..}})))))),.....,,,..........)))))))))))).,{{....}}|(((((((........)))))))}..,|}}|)}|},,..))))))..))))})))).,)))).,,))))}......,,.(((,((,,,,|}.}}}..,,,,,,,,.(((((((((((..(((.....))).....))))))))))}.....,,,,,.{{,,,,{,,,,,,.{|||{....{{{....}})})...))))},||||{|||,...},,,.,}}},,,,,,..|||||}||||||},,,,,,,|||||,.....{||||{|{||.,,.,||},,}})}}.,..})))))).})).||,|}})}||,{||||||{.,,)))}}}},.{{({......|}}},,}}},,.}}}}}((((.(((((({{{..{(((....)))).}}}},}))))).)))).,(((((((..((((((({..,,,.,,,.{(((...(((((.{{..((((((.(((((......(((({{{....,,}}}|}||,,,,,,,,..,.,..{{(,...}}}.,,.,|||||,},,,)),,,(((((..,{{{{...{(((......))))},,,)}}}})))).))))).))))))..}})))))...)))}.|||{{{{{{{{{,{{.({(..,{.....,{||,}}|,||}}}})})),,)))))))))}})}..)))))))|.,,||},,|||}}}}|{{{(((((...,{,,.((((((((((.((((((((....)))))))))))))))))),)))))))))))})},}},,})))})),..||||}}..}))}}......{{((((.(((((((.....((((((((({{{{,{,|{{{{{{|,..}}}))))..,,))}|||{{,,{({(({.{.(((,,..}}}|}}|}}|{{{,..(((((((((,.,,.(((((((.((((((((...))))))))....))))))).,,,...,.)))))))))..,},,...((((((((((((.......)))))))))))).........,,,,.,.{(({{{,{{(({({,,,,}}})))..)))))),},,))))))))).....))))))).)))))}.........,{{((({....))))))),,.,,)}))),,})}}))})}|,||{{....,,..)})),}.|{{..{{{{.......},,,)))),.}}},}))}}}
Back