Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HIF1A_0005200

Sequence Length

1079 nt

GC Content

0.4096

GCCUUGUGAAAAAGGGUAAAGAACAAAACACACAGCGAAGCUUUUUUCUCAGAAUGAAGUGUACCCUAACUAGCCGAGGAAGAACUAUGAACAUAAAGUCUGCAACAUGGAAGGUAUUGCACUGCACAGGCCACAUUCACGUAUAUGAUACCAACAGUAACCAACCUCAGUGUGGGUAUAAGAAACCACCUAUGACCUGCUUGGUGCUGAUUUGUGAACCCAUUCCUCACCCAUCAAAUAUUGAAAUUCCUUUAGAUAGCAAGACUUUCCUCAGUCGACACAGCCUGGAUAUGAAAUUUUCUUAUUGUGAUGAAAGAAUUACCGAAUUGAUGGGAUAUGAGCCAGAAGAACUUUUAGGCCGCUCAAUUUAUGAAUAUUAUCAUGCUUUGGACUCUGAUCAUCUGACCAAAACUCAUCAUGAUAUGUUUACUAAAGGACAAGUCACCACAGGACAGUACAGGAUGCUUGCCAAAAGAGGUGGAUAUGUCUGGGUUGAAACUCAAGCAACUGUCAUAUAUAACACCAAGAAUUCUCAACCACAGUGCAUUGUAUGUGUGAAUUACGUUGUGAGUGGUAUUAUUCAGCACGACUUGAUUUUCUCCCUUCAACAAACAGAAUGUGUCCUUAAACCGGUUGAAUCUUCAGAUAUGAAAAUGACUCAGCUAUUCACCAAAGUUGAAUCAGAAGAUACAAGUAGCCUCUUUGACAAACUUAAGAAGGAACCUGAUGCUUUAACUUUGCUGGCCCCAGCCGCUGGAGACACAAUCAUAUCUUUAGAUUUUGGCAGCAACGACACAGAAACUGAUGACCAGCAACUUGAGGAAGUACCAUUAUAUAAUGAUGUAAUGCUCCCCUCACCCAACGAAAAAUUACAGAAUAUAAAUUUGGCAAUGUCUCCAUUACCCACCGCUGAAACGCCAAAGCCACUUCGAAGUAGUGCUGACCCUGCACUCAAUCAAGAAGUUGCAUUAAAAUUAGAACCAAAUCCAGAGUCACUGGAACUUUCUUUUACCAUGCCCCAGAUUCAGGAUCAGACACCUAGUCCUUCCGAUGGAAGCACUAGACAAAGUUCACCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-229.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -252.73

Frequency: 0.0000

Diversity: 296.12

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.(((.((((((((.........................)))))))).))).....(((........))).))(..((..(((((.((........(((((...(.((((.(((((.((((((....((..((......((((...)))).....))..)).....)))))).((((.((((((...((..(((((((.(((((.((((((((((....)))..((((((((((((...(((.(((((.((((.((((.((((.((((.((((.(......).))))....))))...)))).))))..)))).)))))..))).))))))))...)))).((((.((....(((((..(.((((..(((((......)))))..)))).)))))))).))))..............((((.(((((......))))).)))).....((...(((..(((.((((((((((...((((.((((((...(((((.........)))))...))))))..)))).............((((((((...)))).))))(((((.((((((..(((......))).)))))).))))).......(((........)))((((((......(((...((((((..((((((((...((.((((((.......((((((((((.((..((..........(((.(((((.....))))).)))...))..)).))))))))))..(((....)))))).))).))...))))))))..))))))))).......))))))....(((.....))).....(((((.((((.((((((...))))))...))))..)))))..........................)))))))).)).)))..)))...))((......))....((.(((((.....(((((.......))))).......))))).))....))))))).)))))...))).))))..))...)))))).))))))))).....)))))...)))))..(((((.(((((...))))).))))).)).)))))..))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((,{,({.....(((((,................,....|||{|,|||.,.},,.}}}}),)))))}.}}..))(.,((..(((((.((........(((((...{,(((..(((,,{{{{{{{....{{...{,,....,,...}},}}},....}}......}||||||||{((((.{((({{...((..(((((((.(((((.((((((((((,......,,,{,.((((((((...{{(.(((((.((((.{(((.((((.((((.{(((.(......).)))),...))))...)))).))))..)))).)))))..,}}.))))))))...{({(((,{({....,})}.}}}.},}}}..,{{((((({,,((((((.{{(((..{{.{,,,.,,.)}}))}}...,,.))))))))))))}.}}}}}})}},}}}},|,,,||.,.|{{..(((.((((((((({...((((.((((((..,(((((....,,..,)}}}}...}}}}}}..}}}}...,,,,,,|,..{(({{{{{..,))}},))}}|{{{,.((((((,,{({......})).))))}).)))}}},,.,..,||......,,|,.((((((.,,...({(,..((((((..((((((((...((.((((((.......(((((((((({(({.,,......,,..((({(({{,.....}}))).))).,,))},),.})))))))))..(((....))))))}})).))...))))))))..)))))))))....,,.))))))....|||.....}}}.....{((((.{{{,.(((((({{..,,)))}}}))})..)))))..........................}))))))).)).)))..))),,.}}||}},...}}....((.(((((.....(((((.......)))))...,...))))).))....}}))))).})))}...))).))))..))...}))))}.)}))))),,,}},,}}.,}}..}}}}}..(((((.(((((...))))).))))).},.))))).,))..)