Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HIF1A_0006600
Sequence Length
2775 nt
GC Content
0.3604
UGUUUACUAAAGGACAAGUCACCACAGGACAGUACAGGAUGCUUGCCAAAAGAGGUGGAUAUGUCUGGGUUGAAACUCAAGCAACUGUCAUAUAUAACACCAAGAAUUCUCAACCACAGUGCAUUGUAUGUGUGAAUUACGUUGUGAGUGGUAUUAUUCAGCACGACUUGAUUUUCUCCCUUCAACAAACAGAAUGUGUCCUUAAACCGGUUGAAUCUUCAGAUAUGAAAAUGACUCAGCUAUUCACCAAAGUUGAAUCAGAAGAUACAAGUAGCCUCUUUGACAAACUUAAGAAGGAACCUGAUGCUUUAACUUUGCUGGCCCCAGCCGCUGGAGACACAAUCAUAUCUUUAGAUUUUGGCAGCAACGACACAGAAACUGAUGACCAGCAACUUGAGGAAGUACCAUUAUAUAAUGAUGUAAUGCUCCCCUCACCCAACGAAAAAUUACAGAAUAUAAAUUUGGCAAUGUCUCCAUUACCCACCGCUGAAACGCCAAAGCCACUUCGAAGUAGUGCUGACCCUGCACUCAAUCAAGAAGUUGCAUUAAAAUUAGAACCAAAUCCAGAGUCACUGGAACUUUCUUUUACCAUGCCCCAGAUUCAGGAUCAGACACCUAGUCCUUCCGAUGGAAGCACUAGACAAAGUUCACCUGAGCCUAAUAGUCCCAGUGAAUAUUGUUUUUAUGUGGAUAGUGAUAUGGUCAAUGAAUUCAAGUUGGAAUUGGUAGAAAAACUUUUUGCUGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCAUUUUCUACUCAGGACACAGAUUUAGACUUGGAGAUGUUAGCUCCCUAUAUCCCAAUGGAUGAUGACUUCCAGUUACGUUCCUUCGAUCAGUUGUCACCAUUAGAAAGCAGUUCCGCAAGCCCUGAAAGCGCAAGUCCUCAAAGCACAGUUACAGUAUUCCAGCAGACUCAAAUACAAGAACCUACUGCUAAUGCCACCACUACCACUGCCACCACUGAUGAAUUAAAAACAGUGACAAAAGACCGUAUGGAAGACAUUAAAAUAUUGAUUGCAUCUCCAUCUCCUACCCACAUACAUAAAGAAACUACUAGUGCCACAUCAUCACCAUAUAGAGAUACUCAAAGUCGGACAGCCUCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGUCAUAGAACAGACAGAAAAAUCUCAUCCAAGAAGCCCUAACGUGUUAUCUGUCGCUUUGAGUCAAAGAACUACAGUUCCUGAGGAAGAACUAAAUCCAAAGAUACUAGCUUUGCAGAAUGCUCAGAGAAAGCGAAAAAUGGAACAUGAUGGUUCACUUUUUCAAGCAGUAGGAAUUGGAACAUUAUUACAGCAGCCAGACGAUCAUGCAGCUACUACAUCACUUUCUUGGAAACGUGUAAAAGGAUGCAAAUCUAGUGAACAGAAUGGAAUGGAGCAAAAGACAAUUAUUUUAAUACCCUCUGAUUUAGCAUGUAGACUGCUGGGGCAAUCAAUGGAUGAAAGUGGAUUACCACAGCUGACCAGUUAUGAUUGUGAAGUUAAUGCUCCUAUACAAGGCAGCAGAAACCUACUGCAGGGUGAAGAAUUACUCAGAGCUUUGGAUCAAGUUAACUGAGCUUUUUCUUAAUUUCAUUCCUUUUUUUGGACACUGGUGGCUCAUUACCUAAAGCAGUCUAUUUAUAUUUUCUACAUCUAAUUUUAGAAGCCUGGCUACAAUACUGCACAAACUUGGUUAGUUCAAUUUUGAUCCCCUUUCUACUUAAUUUACAUUAAUGCUCUUUUUUAGUAUGUUCUUUAAUGCUGGAUCACAGACAGCUCAUUUUCUCAGUUUUUUGGUAUUUAAACCAUUGCAUUGCAGUAGCAUCAUUUUAAAAAAUGCACCUUUUUAUUUAUUUAUUUUUGGCUAGGGAGUUUAUCCCUUUUUCGAAUUAUUUUUAAGAAGAUGCCAAUAUAAUUUUUGUAAGAAGGCAGUAACCUUUCAUCAUGAUCAUAGGCAGUUGAAAAAUUUUUACACCUUUUUUUUCACAUUUUACAUAAAUAAUAAUGCUUUGCCAGCAGUACGUGGUAGCCACAAUUGCACAAUAUAUUUUCUUAAAAAAUACCAGCAGUUACUCAUGGAAUAUAUUCUGCGUUUAUAAAACUAGUUUUUAAGAAGAAAUUUUUUUUGGCCUAUGAAAUUGUUAAACCUGGAACAUGACAUUGUUAAUCAUAUAAUAAUGAUUCUUAAAUGCUGUAUGGUUUAUUAUUUAAAUGGGUAAAGCCAUUUACAUAAUAUAGAAAGAUAUGCAUAUAUCUAGAAGGUAUGUGGCAUUUAUUUGGAUAAAAUUCUCAAUUCAGAGAAAUCAUCUGAUGUUUCUAUAGUCACUUUGCCAGCUCAAAAGAAAACAAUACCCUAUGUAGUUGUGGAAGUUUAUGCUAAUAUUGUGUAACUGAUAUUAAACCUAAAUGUUCUGCCUACCCUGUUGGUAUAAAGAUAUUUUGAGCAGACUGUAAACAAGAAAAAAAAAAUCAUGCAUUCUUAGCAAAAUUGCCUAGUAUGUUAAUUUGCUCAAAAUACAAUGUUUGAUUUUAUGCACUUUGUCGCUAUUAACAUCCUUUUUUUCAUGUAGAUUUCAAUAAUUGAGUAAUUUUAGAAGCAUUAUUUUAGGAAUAUAUAGUUGUCACAGUAAAUAUCUUGUUUUUUCUAUGUACAUUGUACAAAUUUUUCAUUCCUUUUGCUCUUUGUGGUUGGAUCUAACACUAACUGUAUUGUUUUGUUACAUCAAAUAAACAUCUUCUGUGGACCAGGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-603.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -656.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 719.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......))))).(((.((((((((((((((((....(((.....))).((((.((((((...(((((.........)))))...))))))..)))).(((..((.(((((((((((((.((((((((.((((((.((((((..(((......))).)))))).))))))......(((........)))((((((......(((...((((((..((((((((...((.((((((.......((((((((((.((..((..........(((.(((((.....))))).)))...))..)).))))))))))..(((....)))))).))).))...))))))))..))))))))).......))))))....(((.....))).....(((((.((((.((((((...))))))...))))..)))))......((((((..((((.((((..((((((((((...(((..........(((..........)))......(((((((((((........(((((((...((((((((((.((((..((......((((.(((((..(((..(.............)..)))))))).)))).......(((((.(((((...))))).)))))((((.((((((.((.(.((...)).).)))))))).))))....((((.((((((((((.(((..(((((.((((((((...(((((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))).)))....))).....((..(((((((((...............(((((..(((((.((((((..((((.((..........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..(((....(((((..(((((...................))))))))))....)))...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).)))))...)))))...)))))))))..))....(((((((((((.((((((....((((((((((.((((((((((((....(((((((((..(((((.............((((.(....((..((...((..(((........)))..))...))..))....).))))..))))))))))))))....((((....))))(((((((((.......((....(((.(((((.(((.((((((((.(((((.(((((((((..((((......))))..))))))....((((((((..(((.((..(((..(((((((((.......(((((.................((((((.(((((((.((((((....((((((..(((((.(((((((((...................((((((........(((.((((.((((((..(((((((.(((......((((....))))......)))....)))))))..(((....)))(((.....)))))))))....)))))))))))))(((((..(((((((((((......)))))..))))).)..)))))..)))))))))...)))))..)))))).((.......))....))).))).)))))))))))))..((((....))))(((...)))......))))).....)))))).))).)))..)).)))..))))))))..............))).))))).)))..))))).))).))))))))...)).......))))))))).....((((......)))).((((((((....)))............)))))(((((((((....((((..(((((.(((((.....)))))(((((.............))))).))))).)))).....))))))))).............(((((.((.((((....(((((((.............))))))).............(((((((.....(((((((((..((((...)))).)))))........(((((((((((((((...((((..................))))...)))........)))))))))))).........)))).......)))))))..)))))).)))))((((...((((((......))))))....))))))))))))).((((((.(((((((......))))))).)))))).....((((((....))))))....)))))))))))))...((((((....(((((......)))))...)))))).)))))).......((((.........))))............))))))..)))))...((((((((((((..(((.....((((((.......)))))).....)))..))))))))))))..(((((((((((((.........................((((.((..(((....)))..)).))))...))))))))))))).....))))).)))))..))).)))))))))).)))).))..)))).))))).)))))....))))))).........))))))))))).))).......))))))).)))..)))).)))))))))))))))))).)))))........................)))))))))))))........))))))))))(((((......))))).......))))))....)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((......)))),,(((.((((((((((((((((..,,(((,.,..}}}.((((.((((((...(((((.........)))))...))))))..)))).,{,..{{.(((((((((,(((,{{{{{{{{,(({{{{.((((((,,(((......})}.})))}).}))}}}.,....,||.,....,||,.{(((((.,....{{{,,.((((((..((((((((...((.((((((.......(((((((((({(({.,,......,,..((({(({{,.....}}))).})).,,))},),.})))))))))..(((....))))))}})).))...))))))))..))))))))),.,.,..)))))}....|||.,,..}||,....{((((.{{{,.(((((({,..,,)))}}}))})..)))))......,.....,,,,,,,,,,.,..{((((({{{{{,..,..........{,,},...}},,,}||..,{{,(((((((((((........(((((((...((((((((((.((((..((...,..((((.(((({.,(((..,.............,..)))))))).))))..,....(((((.(((((...))))).)))))((((.((((({,((.(,,,....),,.)))))))).))))....((((.((((((((((.(((,.{((((.(((({{((...{{(((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))),}}|..,.,,,...,,((..(((((((((.,,....,,,..,,,,,{{|},{((((.((((((..((((.{{.,........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..{((....(((((..(((((..{{........}}.....))))))))))....})}...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).))))}...}}}})...)))))))))..)}.,..(((({{(({({.{{{{{{....{(((((((((,{(({((((((((....{((((((({.,(((((...,,{.....{{{(({,{...,((,(((...,,..,||}.,.....}}}..}}|..||.|},,,..,}))},..))))))))))))))....((((....))))((((((({{,.,,...{{....(((.(((((.(((.((((((((.{((((,(((((((((..((((......)))).,))))))....{(((((((..(((.((..(({..{((((((((.......(((({,,..,.,.,,..{{{|.{{||||.||||{{{,|{((({,.,,{,((((..(((({,((((({(({...........,.}}},..,,|{{|,||,|||,{{{,{{(({((((({{(({{{((,.,,|.,,,..((((....)))){(({.{((({{...,,,,|{{{(((({,(((((((.....))).))))...{{{{.....,)))){(((((...((((({((((......))))}..))))).)}})))))}}))))))|||......,)}},))))}|||,,...,,)),..,))}}))),},,,,,.,|||||..,,,,....))))||,.,,}},.....,))))}....,}))))).))}.}))..)).)))..)))))))}..,,....,,,,..))).))))}.)))}.}}))).))).))))))))...}}.,}.|,.,}))))))).....{(((......)))}.((({{{||,,,.|||,..........,)))),(((((((((....((({..(((((.(((((.....)))))(((((.,,......,,..))))).))))).)))).....)))))))))..........,....,,},((((((((....(((((({{,,.........,,,,,,,,,,,.............,}||...,{..,(((({..((((...)))).}))))..,,....{{((((((((((.,,...{{{{........,,,......,))))||,,....,,,...))))))))))))}))}}})}...))))))))...||,,......,,}}|},,.(((({{{({{{{,.,,,,,)))}}}....,,,}))))))))).((((((.(((((((......))))))).)))))).....((((((....})))))....))))))))))))}...{{(((,....{||{{...,,,||}},...,))))),})))))...,,..{{{{....,,,,,},}}............)})))),.))))).,,{(((((((((((..({{,,...((((((.......)))))).,,,.}))..)))))))))))}..(((((((((((((.{,.......,..............((((.((..(((....)))..)).))))...)))))))))))))},,,.,)))).)))))..))).)))))))))).)))).))..)))).))))}.)))))....))))))).........)))))))))))|}}|,|,,,,||||||,|{|||...,,,.,}}},,.,,}})))}}}},)))))},,,.....}}}}},..))}.,.,)))))))))}}}}........)))))))))|((({{....,,)},,},.....,))))))....)))
Back