Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HIF1A_0006900
Sequence Length
2099 nt
GC Content
0.3749
UGCAUUGUAUGUGUGAAUUACGUUGUGAGUGGUAUUAUUCAGCACGACUUGAUUUUCUCCCUUCAACAAACAGAAUGUGUCCUUAAACCGGUUGAAUCUUCAGAUAUGAAAAUGACUCAGCUAUUCACCAAAGUUGAAUCAGAAGAUACAAGUAGCCUCUUUGACAAACUUAAGAAGGAACCUGAUGCUUUAACUUUGCUGGCCCCAGCCGCUGGAGACACAAUCAUAUCUUUAGAUUUUGGCAGCAACGACACAGAAACUGAUGACCAGCAACUUGAGGAAGUACCAUUAUAUAAUGAUGUAAUGCUCCCCUCACCCAACGAAAAAUUACAGAAUAUAAAUUUGGCAAUGUCUCCAUUACCCACCGCUGAAACGCCAAAGCCACUUCGAAGUAGUGCUGACCCUGCACUCAAUCAAGAAGUUGCAUUAAAAUUAGAACCAAAUCCAGAGUCACUGGAACUUUCUUUUACCAUGCCCCAGAUUCAGGAUCAGACACCUAGUCCUUCCGAUGGAAGCACUAGACAAAGUUCACCUGAGCCUAAUAGUCCCAGUGAAUAUUGUUUUUAUGUGGAUAGUGAUAUGGUCAAUGAAUUCAAGUUGGAAUUGGUAGAAAAACUUUUUGCUGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCAUUUUCUACUCAGGACACAGAUUUAGACUUGGAGAUGUUAGCUCCCUAUAUCCCAAUGGAUGAUGACUUCCAGUUACGUUCCUUCGAUCAGUUGUCACCAUUAGAAAGCAGUUCCGCAAGCCCUGAAAGCGCAAGUCCUCAAAGCACAGUUACAGUAUUCCAGCAGACUCAAAUACAAGAACCUACUGCUAAUGCCACCACUACCACUGCCACCACUGAUGAAUUAAAAACAGUGACAAAAGACCGUAUGGAAGACAUUAAAAUAUUGAUUGCAUCUCCAUCUCCUACCCACAUACAUAAAGAAACUACUAGUGCCACAUCAUCACCAUAUAGAGAUACUCAAAGUCGGACAGCCUCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGUCAUAGAACAGACAGAAAAAUCUCAUCCAAGAAGCCCUAACGUGUUAUCUGUCGCUUUGAGUCAAAGAACUACAGUUCCUGAGGAAGAACUAAAUCCAAAGAUACUAGCUUUGCAGAAUGCUCAGAGAAAGCGAAAAAUGGAACAUGAUGGUUCACUUUUUCAAGCAGUAGGAAUUGGAACAUUAUUACAGCAGCCAGACGAUCAUGCAGCUACUACAUCACUUUCUUGGAAACGUGUAAAAGGAUGCAAAUCUAGUGAACAGAAUGGAAUGGAGCAAAAGACAAUUAUUUUAAUACCCUCUGAUUUAGCAUGUAGACUGCUGGGGCAAUCAAUGGAUGAAAGUGGAUUACCACAGCUGACCAGUUAUGAUUGUGAAGUUAAUGCUCCUAUACAAGGCAGCAGAAACCUACUGCAGGGUGAAGAAUUACUCAGAGCUUUGGAUCAAGUUAACUGAGCUUUUUCUUAAUUUCAUUCCUUUUUUUGGACACUGGUGGCUCAUUACCUAAAGCAGUCUAUUUAUAUUUUCUACAUCUAAUUUUAGAAGCCUGGCUACAAUACUGCACAAACUUGGUUAGUUCAAUUUUGAUCCCCUUUCUACUUAAUUUACAUUAAUGCUCUUUUUUAGUAUGUUCUUUAAUGCUGGAUCACAGACAGCUCAUUUUCUCAGUUUUUUGGUAUUUAAACCAUUGCAUUGCAGUAGCAUCAUUUUAAAAAAUGCACCUUUUUAUUUAUUUAUUUUUGGCUAGGGAGUUUAUCCCUUUUUCGAAUUAUUUUUAAGAAGAUGCCAAUAUAAUUUUUGUAAGAAGGCAGUAACCUUUCAUCAUGAUCAUAGGCAGUUGAAAAAUUUUUACACCUUUUUUUUCACAUUUUACAUAAAUAAUAAUGCUUUGCCAGCAGUACGUGGUAGCCACAAUUGCACAAUAUAUUUUCUUAAAAAAUACCAGCAGUUACUCAUGGAAUAUAUUCUGCGUUUAUAAAACUAGUUUUUAAGAAGAAAUUUUUUUUGGCCUAUGAAAUUGUUAAACCUGGAACAUGACAUUGUUAAUCAUAUAAUAAUGAUUCUUAAAUGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-446.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -488.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 550.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((...(.((((((.((((((..(((......))).)))))).)))))).)....(((........)))((((((......(((...((((((..((((((((...((.((((((.......((((((((((.((..((..........(((.(((((.....))))).)))...))..)).))))))))))..(((....)))))).))).))...))))))))..))))))))).......))))))(((((((((((((((((...(((((.((((.((((((...))))))...))))..)))))..........................(((((((((((.((((...((.((.(((((((.......((.(((((.....(((((.......))))).......))))).))..........((((((..(((((.....)))))............((((..(((..((((((((.((....)).)))))...((((...(((((((((((.((((((.((.(.((...)).).)))))))).))))...(((((((.(((.((.((((...(((..((((((((.((((((((((((((..((((((((...........)))))))).....))))))))).........))))).))))))))(((((.((....))))))).(((((..(((((.((((((..((((.((..........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..(((....(((((..(((((...................))))))))))....)))...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).)))))...)))))....)))..)))).))))).))))))).............)))))))..))))................(((((((((..(((((.............((((.(....((..((...((..(((........)))..))...))..))....).))))..))))))))))))))....((((....))))((..(((.........)))..))...((..(((((.((....)))))))..)).)))...)))..)))).))))))....)))).))).)).))...))))))))).........)))))).(((..((((.((..(((((...((((...)))).)))))..))..)))).)))(((.(((((...(((((.((((((....................((..((((((((((.......)))))....)))))..))..(((((.((((((....((((((((((((......(((((((((((((((((.....))).))))...((((......))))((((((...((((((((((......)))))..))))).))))))))))))))))(((.......)))....((((......))))....(((((..........((((((.(......).))))))............)))))...))).)))))))))......)))))).))))).................)))))).)))))...))))).))).)))))).)))................)))))))).((((......)))).)))).))))..((((((((((....)))))..(((((((((....((((..(((((.(((((.....)))))(((((.............))))).))))).)))).....))))))))).............(((((.((.((((....(((((((.............))))))).............(((((((.....(((((((((..((((...)))).)))))........(((((((((((((((...((((..................))))...)))........)))))))))))).........)))).......)))))))..)))))).)))))((((((((......))))))))........)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.((((.{,(.((((((.((((((..(((......))).)))))).)))))}.}....,{{........}},((((((.,,...(((,..((((((..((((((((...((.((((((.......(((((((((({(({.,,......,,..((({(({{,.....}}))).))).,,))},),.})))))))))..(((....))))))}})).))...))))))))..)))))))))....,,.)))))}(((((((({(((((((,...(((((.{({,.(((((({{..,,)))}}}))}}..)))))............,,,.,,,,,,,...{((((({{{{(,,,{{...,,.,,.{{,||...}},},,((.(((((.....(((((.......)))))...,...))))).))..........{,,,,,.,((({(,,{,.||||}...,,,,.....,,,|..||||}|||,||||..,....{((((.(((((..,|}}}|,|||||{(((.((((({,((.(,,,...,),,.)))))))).)))|{(((((((((.{,({(({.((({{..{,{{{({..{{{,,,,|{(((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))),}}|..,.,.},,,,,{|..(((((((((.,,....,,,.,,,,{{{{|,,{((((.((((((..((((.{{.,........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..{((....(((((..(((((..{{........}}.....))))))))))....})}...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).))))}...}}}})...)))))))))..))}},.,,,,,,..............,,}})))}}.))))}..}}}}}}}))},,(((((((({..(((((...{,,.....,{,((,,(....((.{((...,...,||}.......)))..)),..,,.,)}}}..,,)),,..))))))))))))))....((((....)))){{{{{{{{|,.,,...{{{,..|.,.{{.,({{{{.{{..,|||,,|||{{||.{{{..{|,|,,|.,..},}))).,}))))).}))|||{||{{.}|||,||,,,,,..,{{,|||||,.,.,..((((|||..{,,{{,.,{{{{.,|}}}}.)))}},,}}|||||}.,}}||||{{,{(,,.{(({{{(({{{,..,........,,,,....,{{{,{{{{{{{({{,{{(({{{{|||{{{,{{{{|.,|}.,{{,,({((,,,,}}}}{((({((((((,..,...(((((((({,(((((((.....))).))))...{(((......))))((((((...((((({((((......))))}..))))).)}}))))))))))))){((.......))}.}}}|||||,,...}})),..,|||||}},,......,{{{{{.,,,,,....))))||,.,,}},.....,)))),,,,,}})))))}))).,,,..))}))).,)))),,,|,,,,....,,},,}))))),)))})}}})))))}.}}})))))).)))..|.....,.....,,)))))))}.((((......)))).}))).)))),.{((({{{{{,.....,}}}|.(((((((((....((({..(((((.(((((.....)))))(((((.,,......,,..))))).))))).)))).....)))))))))..,,......,,...,,,.((((((((....(((((({{{,.........,,,,,,,,,,,.............,}||...,,...(((((..((((...)))).)))))..,,....{{((((((((((.,,...{{{{........,,,.....,,))))|,,,....,,....))))))))))))))))}}))...))))))))...||{,......,,}|||.,,{{{||||(,,,,,.}}}))))),,,.....})))}
Back