Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HIF1A_0007200
Sequence Length
1301 nt
GC Content
0.4074
UGGUAUUAUUCAGCACGACUUGAUUUUCUCCCUUCAACAAACAGAAUGUGUCCUUAAACCGGUUGAAUCUUCAGAUAUGAAAAUGACUCAGCUAUUCACCAAAGUUGAAUCAGAAGAUACAAGUAGCCUCUUUGACAAACUUAAGAAGGAACCUGAUGCUUUAACUUUGCUGGCCCCAGCCGCUGGAGACACAAUCAUAUCUUUAGAUUUUGGCAGCAACGACACAGAAACUGAUGACCAGCAACUUGAGGAAGUACCAUUAUAUAAUGAUGUAAUGCUCCCCUCACCCAACGAAAAAUUACAGAAUAUAAAUUUGGCAAUGUCUCCAUUACCCACCGCUGAAACGCCAAAGCCACUUCGAAGUAGUGCUGACCCUGCACUCAAUCAAGAAGUUGCAUUAAAAUUAGAACCAAAUCCAGAGUCACUGGAACUUUCUUUUACCAUGCCCCAGAUUCAGGAUCAGACACCUAGUCCUUCCGAUGGAAGCACUAGACAAAGUUCACCUGAGCCUAAUAGUCCCAGUGAAUAUUGUUUUUAUGUGGAUAGUGAUAUGGUCAAUGAAUUCAAGUUGGAAUUGGUAGAAAAACUUUUUGCUGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCAUUUUCUACUCAGGACACAGAUUUAGACUUGGAGAUGUUAGCUCCCUAUAUCCCAAUGGAUGAUGACUUCCAGUUACGUUCCUUCGAUCAGUUGUCACCAUUAGAAAGCAGUUCCGCAAGCCCUGAAAGCGCAAGUCCUCAAAGCACAGUUACAGUAUUCCAGCAGACUCAAAUACAAGAACCUACUGCUAAUGCCACCACUACCACUGCCACCACUGAUGAAUUAAAAACAGUGACAAAAGACCGUAUGGAAGACAUUAAAAUAUUGAUUGCAUCUCCAUCUCCUACCCACAUACAUAAAGAAACUACUAGUGCCACAUCAUCACCAUAUAGAGAUACUCAAAGUCGGACAGCCUCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGUCAUAGAACAGACAGAAAAAUCUCAUCCAAGAAGCCCUAACGUGUUAUCUGUCGCUUUGAGUCAAAGAACUACAGUUCCUGAGGAAGAACUAAAUCCAAAGAUACUAGCUUUGCAGAAUGCUCAGAGAAAGCGAAAAAUGGAACAUGAUGGUUCACUUUUUCAAGCAGUAGGAAUUGGAACAUUAUUACAGCAGCCAGACGAUCAUGCAGCUACUACAUCACUUUCUUGGAAACGUGUAAAAGGAUGCAAAUCUAGUGAACAGAAUGGAAUGGAGCAAAAGACAAUUAUUUUAAUACCCUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-273.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -297.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 268.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((..........(((...(((((((.(((.....(((((.(((((((((..(((((((((((((..((((((((...((.((((((.......((((((((((.((..((..........(((.(((((.....))))).)))...))..)).))))))))))..(((....)))))).))).))...))))))))..)))))....)))).....((.(((((.(((((...(((....(((((.((((.((((((...))))))...))))..)))))..........................(((((((((((.((((...((.((.(((((((.......((.(((((.....(((((.......))))).......))))).))..........((((((..(((((.....)))))............((((..(((..((((((((.((....)).)))))...((((...(((((((((((.((((((.((.(.((...)).).)))))))).))))...(((((((.(((.((.((((...(((..((((((((.((((((((((((((..((((((((...........)))))))).....))))))))).........))))).))))))))(((((.((....))))))).(((((..(((((.((((((..((((.((..........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..(((....(((((..(((((...................))))))))))....)))...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).)))))...)))))....)))..)))).))))).))))))).............)))))))..))))................(((((((((..(((((.............((((.(....((..((...((..(((........)))..))...))..))....).))))..))))))))))))))....((((....))))((..(((.........)))..))...((..(((((.((....)))))))..)).)))...)))..)))).))))))....)))).))).)).))...))))))))).........))))))..........)))....))))).)))))))....)).))..)))))))))..))).)).....))).)))..))))...)))..........))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((..........(((...(((((((.(((.....(((((.(((((((((..,({{{{,((((((..((((((((...((.((((((.......(((((((((({(({.,,......,,..((({(({{,.....}}))).))).,,))},),.})))))))))..(((....))))))}})).))...))))))))..))))))}}},.{|,,{{.{,{(((((.(((((...(((....(((((.{(,,.(((((({{..,,)))}}}))})..)))))..........................{((((((((((.((((.,.((.((.(((((({.......((.(((((.....(((((.......)))))...,...))))).))..........((((({..(((((..,..}}||}............{{{{..{{{,,|||,||||..,....|((((.(((((,,{|},,|{|||||{(((.((((({,((.(,,,....),}.)))))))).)))}{{{(((((((.({(,((,.((({{..{{{{(({..{{{,,,,{{(((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))),}}}..,.,.}}}}},||,,(((((((((.,,....,,},,||,{{{{|,,(((((.((((((..((((.{{.,........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..{((....(((((..(((((..{{........}}.....))))))))))....})}...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).))))}...}}}})...))))))))),.))})}.}}}}}},.............}}))))),,,)))}|,.},,,,,,)}},,(((((((({..(((((...{,,.....,{,((,,{....((.{((........||}.......}))..}),..,,.,)}}}..,,)),,..))))))))))))))....((((....}})){|,.|||,,.,,,...|||...,...{{.,(((({.{{....))}})}}.,)).||,...})),.},}}.))))))....)))),})).)).)).,.))))))))).........))))}}.......,,.)))....))))).))))),)....))}))..)))))))))..))).)).....))).)))..))))...)))..........))))))).....
Back