Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_HIF1A_0007300
Sequence Length
1569 nt
GC Content
0.4034
UGGUAUUAUUCAGCACGACUUGAUUUUCUCCCUUCAACAAACAGAAUGUGUCCUUAAACCGGUUGAAUCUUCAGAUAUGAAAAUGACUCAGCUAUUCACCAAAGUUGAAUCAGAAGAUACAAGUAGCCUCUUUGACAAACUUAAGAAGGAACCUGAUGCUUUAACUUUGCUGGCCCCAGCCGCUGGAGACACAAUCAUAUCUUUAGAUUUUGGCAGCAACGACACAGAAACUGAUGACCAGCAACUUGAGGAAGUACCAUUAUAUAAUGAUGUAAUGCUCCCCUCACCCAACGAAAAAUUACAGAAUAUAAAUUUGGCAAUGUCUCCAUUACCCACCGCUGAAACGCCAAAGCCACUUCGAAGUAGUGCUGACCCUGCACUCAAUCAAGAAGUUGCAUUAAAAUUAGAACCAAAUCCAGAGUCACUGGAACUUUCUUUUACCAUGCCCCAGAUUCAGGAUCAGACACCUAGUCCUUCCGAUGGAAGCACUAGACAAAGUUCACCUGAGCCUAAUAGUCCCAGUGAAUAUUGUUUUUAUGUGGAUAGUGAUAUGGUCAAUGAAUUCAAGUUGGAAUUGGUAGAAAAACUUUUUGCUGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCAUUUUCUACUCAGGACACAGAUUUAGACUUGGAGAUGUUAGCUCCCUAUAUCCCAAUGGAUGAUGACUUCCAGUUACGUUCCUUCGAUCAGUUGUCACCAUUAGAAAGCAGUUCCGCAAGCCCUGAAAGCGCAAGUCCUCAAAGCACAGUUACAGUAUUCCAGCAGACUCAAAUACAAGAACCUACUGCUAAUGCCACCACUACCACUGCCACCACUGAUGAAUUAAAAACAGUGACAAAAGACCGUAUGGAAGACAUUAAAAUAUUGAUUGCAUCUCCAUCUCCUACCCACAUACAUAAAGAAACUACUAGUGCCACAUCAUCACCAUAUAGAGAUACUCAAAGUCGGACAGCCUCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGUCAUAGAACAGACAGAAAAAUCUCAUCCAAGAAGCCCUAACGUGUUAUCUGUCGCUUUGAGUCAAAGAACUACAGUUCCUGAGGAAGAACUAAAUCCAAAGAUACUAGCUUUGCAGAAUGCUCAGAGAAAGCGAAAAAUGGAACAUGAUGGUUCACUUUUUCAAGCAGUAGGAAUUGGAACAUUAUUACAGCAGCCAGACGAUCAUGCAGCUACUACAUCACUUUCUUGGAAACGUGUAAAAGGAUGCAAAUCUAGUGAACAGAAUGGAAUGGAGCAAAAGACAAUUAUUUUAAUACCCUCUGAUUUAGCAUGUAGACUGCUGGGGCAAUCAAUGGAUGAAAGUGGAUUACCACAGCUGACCAGUUAUGAUUGUGAAGUUAAUGCUCCUAUACAAGGCAGCAGAAACCUACUGCAGGGUGAAGAAUUACUCAGAGCUUUGGAUCAAGUUAACUGAGCUUUUUCUUAAUUUCAUUCCUUUUUUUGGACACUGGUGGCUCAUUACCUAAAGCAGUCUAUUUAUAUUUUCUACAUCUAAUUUUAGAAGCCUGGCUACAAUACUGCACAAACUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-342.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -372.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 321.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.((((((.....((((..........))))....(((..((((((......(((...((((((..((((((((...((.((((((.......((((((((((.((..((..........(((.(((((.....))))).)))...))..)).))))))))))..(((....)))))).))).))...))))))))..))))))))).......))))))....))).............(((((.((((.((((((...))))))...))))..))))).............................((.((((....)))).))....))))))..((((..((.(((((.....(((((.......))))).......))))).))..((((((((((.(((..((((...((((((((...(((((((((.(((..(((.....(((((.((....)).))))).....)))..(((((((((((.((((((.((.(.((...)).).)))))))).))))...(((((((.(((.((.((((...(((..((((((((.((((((((((((((..((((((((...........)))))))).....))))))))).........))))).))))))))(((((.((....))))))).(((((..(((((.((((((..((((.((..........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..(((....(((((..(((((...................))))))))))....)))...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).)))))...)))))....)))..)))).))))).))))))).............)))))))...(((.((........)))))(((((((((..(((((.............((((.(....((..((...((..(((........)))..))...))..))....).))))..))))))))))))))....((((....))))(((((((((.......(((((...((((.((((.(((...)))...(((((((.(((..((........))..))).)))))))))))))))....)))))..........(((.((..((...))..)).))).........)))))))))...))))))))))))......))))))))......)))).))).............................((........((((((((((.(((..(((....)))....((((....))))((((.((((((.......(((((((((((((((((.....))).))))...((((......))))((((((...((((((((((......)))))..))))).))))))))))))))))(((.......))).)))))))))).....)))..))))))))))........))....))))))))))......))))...)))))))((......))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.{(((((.....{(({..,,,.....||,.....,,|..((((((.,,...({(,,.((((((..((((((((...((.((((((.......((((((((((,(({.,,......{,..((({(({{,.....}}))).)))..,))},),.})))))))))..(((....))))))}})).))...))))))))..))))))}))....,,.))))))....|||.....}}}.....(((((.{(,,.(((((({{..,,)))}}}))})..)))))............,,............,,|((.{(((....))}}.,}....)))))}..{{{{..((.(((((...,.(((((.......)))))...,...))))).))..{{((((((((.(((..((((..,((((((((.,.(((((((({{(((.,(,(({.,.{(({,..,....{((((.(((((,,,|}}}|,|||||{(((.((((({,((.(,,,...,),,.)))))))).)))|{{{(((((((.{,({(({.((({{..{,{{{({..{{{,,,,{{(((((((((..((((((((...........)))))))).....)))))))),}}}..,.,.}}}}},||,,(((((((((.,,....,,},,,|,{{{{|,,(((((.((((((..((((.{{.,........(((((((((((((...(((((.......((..(((..((....))..)))..))..{((....(((((..(((((..{{........}}.....))))))))))....})}...))))).....))))))...........)))))))..)).)))))))))).))))}...}}}})...))))))))),.))}}}.,,,,,,,.............,}}))))}},)))}}..}}}}}}})}},,(((((((({..(((((...{,,.....,{,((,,(....((.{((...,...,||}.......)))..)),..,,.,)}}}..,,)),,..))))))))))))))....{{{{....}}))|||||||||..,,...(((({...{{((.((({.({{...}}),..(((((((.(((..((.,......})..))).)))))))})))))))....))))}..........(((.((..{{...}}..)).)))......,,.,,.))),))...)))))))))))).,....)))))))).,....)))).)))....,,{........,,,,.......}}}||,}}.,...((((((((((.(((..,((....}}},...((((....))))((((.((((((.......((((((((({(((((((.....))).))))...((((......))))((((((...((((({((((......))))}..))))).))))))))))))))))(((.......))).)))))))))).....)))..))))))))))........,,....}))))}))))},.,..))))...)))))))((......))
Back