Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HIPK2_0005100

Sequence Length

475 nt

GC Content

0.5411

GUGAACAUGACGACAGAUUUGGAAGGGAGCGACAUGUUGGUAGAAAAGGCUGACCGGCGGGAGUUCAUUGACCUGUUGAAGAAGAUGCUGACCAUUGAUGCUGACAAGAGAAUCACUCCAAUCGAAACCCUGAACCAUCCCUUUGUCACCAUGACACACUUACUCGAUUUUCCCCACAGCACACACGUCAAAUCAUGUUUCCAGAACAUGGAGAUCUGCAAGCGUCGGGUGAAUAUGUAUGACACGGUGAACCAGAGCAAAACCCCUUUCAUCACGCACGUGGCCCCCAGCACGUCCACCAACCUGACCAUGACCUUUAACAACCAGCUGACCACUGUCCACAACCAGCCCUCAGCGGCAUCCAUGGCUGCAGUGGCCCAGCGGAGCAUGCCCCUGCAGACAGGAACAGCCCAGAUUUGUGCCCGGCCUGACCCGUUCCAGCAAGCUCUCAUCGUGUGUCCCCCCGGCUUCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-118.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -126.78

Frequency: 0.0000

Diversity: 96.84

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((((((((.((.((.((((....((((((.......(((.....((((((...((((.(((((........((((((((..(((..((((...((.(((((....(((((((.......(((......)))..........(((((...))))).........)))))))....)))))))...)))).)))..(((((((.....)))))))...((.(.(((((((......((((((...(((.............)))....)))).))(.(((((........))))).)....)))))))).))..))))))))....(((((...(((........)))...)))))(((.(((.((.((((((.(((...((...))..))).)))))).)))))...)))..))))).)))))))))).)))))))))..)))))).)).)))))).)).)(..((...))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.(,(((({(,((,{,.,,||,..((((((....,(((((......((((((...((((.(((((........((((((((..(((..((((...((.(((((....(((((((.......{{{......,)}..........(((({...})))).........)))))))....)))))))...)))).)))..(((((((.....)))))))...{{.{.(((((((,....,{,...,.,.(((((,..,{,{......,.}}}))))),,{.(((((........))))).,..,.)))))))).}}..))))))))....(((({,..(((,.......}}|,,.}}})}|||.{((.{|.{(((((.(({.,,||,,.}|.,))),)))))}.))))}.,,))),.))))).))))))))))....}.,,)))))).)))))).)))))),)).}{..((...))..)