Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_HTRA1_0000100

Sequence Length

2120 nt

GC Content

0.5844

CAAUGGGCUGGGCCGCGCGGCCGCGCGCACUCGCACCCGCUGCCCCCGAGGCCCUCCUGCACUCUCCCCGGCGCCGCUCUCCGGCCCUCGCCCUGUCCGCCGCCACCGCCGCCGCCGCCAGAGUCGCCAUGCAGAUCCCGCGCGCCGCUCUUCUCCCGCUGCUGCUGCUGCUGCUGGCGGCGCCCGCCUCGGCGCAGCUGUCCCGGGCCGGCCGCUCGGCGCCUUUGGCCGCCGGGUGCCCAGACCGCUGCGAGCCGGCGCGCUGCCCGCCGCAGCCGGAGCACUGCGAGGGCGGCCGGGCCCGGGACGCGUGCGGCUGCUGCGAGGUGUGCGGCGCGCCCGAGGGCGCCGCGUGCGGCCUGCAGGAGGGCCCGUGCGGCGAGGGGCUGCAGUGCGUGGUGCCCUUCGGGGUGCCAGCCUCGGCCACGGUGCGGCGGCGCGCGCAGGCCGGCCUCUGUGUGUGCGCCAGCAGCGAGCCGGUGUGCGGCAGCGACGCCAACACCUACGCCAACCUGUGCCAGCUGCGCGCCGCCAGCCGCCGCUCCGAGAGGCUGCACCGGCCGCCGGUCAUCGUCCUGCAGCGCGGAGCCUGCGGCCAAGGGCAGGAAGAUCCCAACAGUUUGCGCCAUAAAUAUAACUUUAUCGCGGACGUGGUGGAGAAGAUCGCCCCUGCCGUGGUUCAUAUCGAAUUGUUUCGCAAGCUUCCGUUUUCUAAACGAGAGGUGCCGGUGGCUAGUGGGUCUGGGUUUAUUGUGUCGGAAGAUGGACUGAUCGUGACAAAUGCCCACGUGGUGACCAACAAGCACCGGGUCAAAGUUGAGCUGAAGAACGGUGCCACUUACGAAGCCAAAAUCAAGGAUGUGGAUGAGAAAGCAGACAUCGCACUCAUCAAAAUUGACCACCAGGGCAAGCUGCCUGUCCUGCUGCUUGGCCGCUCCUCAGAGCUGCGGCCGGGAGAGUUCGUGGUCGCCAUCGGAAGCCCGUUUUCCCUUCAAAACACAGUCACCACCGGGAUCGUGAGCACCACCCAGCGAGGCGGCAAAGAGCUGGGGCUCCGCAACUCAGACAUGGACUACAUCCAGACCGACGCCAUCAUCAACUAUGGAAACUCGGGAGGCCCGUUAGUAAACCUGGACGGUGAAGUGAUUGGAAUUAACACUUUGAAAGUGACAGCUGGAAUCUCCUUUGCAAUCCCAUCUGAUAAGAUUAAAAAGUUCCUCACGGAGUCCCAUGACCGACAGGCCAAAGGAAAAGCCAUCACCAAGAAGAAGUAUAUUGGUAUCCGAAUGAUGUCACUCACGUCCAGCAAAGCCAAAGAGCUGAAGGACCGGCACCGGGACUUCCCAGACGUGAUCUCAGGAGCGUAUAUAAUUGAAGUAAUUCCUGAUACCCCAGCAGAAGCUGGUGGUCUCAAGGAAAACGACGUCAUAAUCAGCAUCAAUGGACAGUCCGUGGUCUCCGCCAAUGAUGUCAGCGACGUCAUUAAAAGGGAAAGCACCCUGAACAUGGUGGUCCGCAGGGGUAAUGAAGAUAUCAUGAUCACAGUGAUUCCCGAAGAAAUUGACCCAUAGGCAGAGGCAUGAGCUGGACUUCAUGUUUCCCUCAAAGACUCUCCCGUGGAUGACGGAUGAGGACUCUGGGCUGCUGGAAUAGGACACUCAAGACUUUUGACUGCCAUUUUGUUUGUUCAGUGGAGACUCCCUGGCCAACAGAAUCCUUCUUGAUAGUUUGCAGGCAAAACAAAUGUAAUGUUGCAGAUCCGCAGGCAGAAGCUCUGCCCUUCUGUAUCCUAUGUAUGCAGUGUGCUUUUUCUUGCCAGCUUGGGCCAUUCUUGCUUAGACAGUCAGCAUUUGUCUCCUCCUUUAACUGAGUCAUCAUCUUAGUCCAACUAAUGCAGUCGAUACAAUGCGUAGAUAGAAGAAGCCCCACGGGAGCCAGGAUGGGACUGGUCGUGUUUGUGCUUUUCUCCAAGUCAGCACCCAAAGGUCAAUGCACAGAGACCCCGGGUGGGUGAGCGCUGGCUUCUCAAACGGCCGAAGUUGCCUCUUUUAGGAAUCUCUUUGGAAUUGGGAGCACGAUGACUCUGAGUUUGAGCUAUUAAAGUACUUCUUACACAUUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-828.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -865.24

Frequency: 0.0000

Diversity: 787.00

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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