Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_IARS_0000100

Sequence Length

508 nt

GC Content

0.4390

GUGGAGUAUUGCUCCUGGAAAAUCCAAAAGGUGACAAUAGGUUGGACCUUUUAAAGCUGAAGAGUGUUGUCACUAGCAUUUUUGGUGUGAAAAAUACAGAGCUGGCUGUCUUCCAUGAUGAAACAGAAAUACAAAACCAAACUGACUUACUGAGUCUUAGUGGAAAAACACUUUGUGUGACUGCAGGAUCGGCUCCCUCUCUGAUCAACAGUUCUAGUACUCUUCUUUGUCAGUAUAUCAACCUACAGCUCCUGAAUGCAAAGCCACAAGAGUGUUUAAUGGGGACAGUGGGCACUCUCCUGCUUGAAAACCCACUUGGGCAGAAUGGACUCACCCACCAAGGUCUUCUGUAUGAAGCAGCCAAGGUGUUUGGCCUUCGGAGCAGGAAGCUAAAGCUGUUUCUGAAUGAGACCCAAACGCAGGAAAUUACAGAAGACAUCCCGUGAAGACUUUGAAUAUGAAGACUGUGUAUGUUUCUGUGUUACCAACAACAGCAGACUUCUAGCAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-127.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -139.34

Frequency: 0.0000

Diversity: 174.83

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((...)))))((((...))))((((((..(((....))).))))))....(((((((..((((((((((((.....)))))).....((((((((((..((.((((((..(((((((..(((..(((....(((....(((((...)))))....)))....((((...))))(((((...((((((........))))))..)))))...))).)))..)))))))(((........))).((........)).........(((((.((((.((((....(((((...(((.((((((((........))))))))...)))....)))))....((((((((((........((...((((((((..((((...((((((((....)))..)))))..))))..)))))))).))....))))))))))..)))))))).)))))......)))))).))....).))))))))).......))))))..)))).)))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

..(((((...))))){(((...)))|((((((,,({,...,})}.)))))),...(((((((..(((((({{(,(,{{...,}}|}}|,....,{,{{({(((.(((((({{((((...,...,,...........(((....(((({...}))))....)))..,,{((({{{||||(((((...((((((........))))))..))))}...,,||||..,,,,|||||}...........,,||,.,}}...}),,,}.}}}}}))))))}}.}}}}}}}))}),))).,|,{{(((((({{...,{{..,,)))|||,..{{,,,...,|||,..|((((({||{,.||||..|(|..,|||{||||}}||||||}|||}}{{{....)))|||||,,...)))}},,,|||||{||{{..||||||||,|.{,..||,,,..||||......)}}}.)},))}}.,)))))))))).......))))))..)))).)))..