Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_IARS_0006900
Sequence Length
2672 nt
GC Content
0.4513
AUUUACCUUCUAUGAUGGUCCUCCUUUUGCAACUGGACUGCCUCACUAUGGACAUAUACUUGCGGGUACAAUUAAAGAUAUAGUUACAAGAUAUGCUCACCAGAGUGGGUUUCAUGUUGACAGAAGAUUUGGAUGGGAUUGCCAUGGCUUACCUGUGGAAUAUGAAAUUGAUAAGACACUGGGAAUCAGAGGACCAGAGGAUGUGGCCAAAAUGGGGAUUACAGAGUAUAACAAUCAGUGCCGAGCAAUUGUGAUGAGAUAUUCUGCUGAGUGGAAGUCUACUGUUAGCAGACUUGGCCGAUGGAUUGACUUUGACAAUGACUAUAAAACUCUGUAUCCACAAUUCAUGGAAUCAGUCUGGUGGGUCUUCAAACAACUCUAUGAUAAAGGCCUUGUUUAUAGAGGUGUGAAAGUCAUGCCCUUCUCUACGGCAUGUAACACUCCACUUUCCAACUUCGAGUCACACCAGAAUUAUAAGGAUGUUCAAGAUCCUUCAGUAUUUGUAACUUUCCCUUUGGAAGAAGAUGAAACUGUAUCUUUAGUUGCUUGGACAACCACUCCCUGGACUCUACCUAGUAACCUUGCUGUGUGUGUUAAUCCAGAAAUGCAAUAUGUGAAAAUUAAAGAUGUUGCCAGAGGACGAUUACUCAUUUUAAUGGAAGCCAGAUUGUCAGCCCUCUAUAAAUUGGAGAGUGACUAUGAGAUCCUUGAAAGAUUUCCUGGUGCCUAUCUUAAAGGCAAGAAGUACAGGCCCCUGUUUGACUAUUUCCUGAAGUGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAGAUCAGACACUCCUCUAAUUUACAAAGCAGUGCCCAGCUGGUUUGUGCGAGUGGAGAACAUGGUGGACCAGCUCCUAAGGAACAAUGACCUGUGCUACUGGGUCCCAGAGUUGGUACGAGAAAAACGAUUUGGAAAUUGGCUGAAAGAUGCACGUGACUGGACAAUUUCCAGAAACAGAUACUGGGGCACCCCCAUCCCACUGUGGGUCAGCGAUGACUUUGAGGAGGUGGUAUGCAUUGGGUCAGUGGCGGAACUUGAAGAACUGUCAGGAGCAAAGAUCUCAGAUCUCCACAGAGAGAGUGUUGACCACCUGACCAUUCCUUCACGCUGUGGGAAGGGAUCCUUGCACCGCAUCUCUGAAGUGUUUGACUGUUGGUUUGAGAGUGGCAGCAUGCCCUAUGCUCAGGUUCAUUACCCGUUUGAAAACAAGAGGGAGUUUGAGGAUGCUUUUCCUGCAGAUUUCAUUGCCGAGGGCAUCGACCAAACCAGAGGAUGGUUUUAUACCCUGCUGGUGCUGGCCACGGCCCUCUUUGGACAACCGCCUUUCAAGAACGUAAUUGUGAAUGGGCUUGUCCUGGCAAGUGAUGGCCAAAAAAUGAGCAAACGGAAAAAGAAUUAUCCAGAUCCAGUUUCCAUCAUCCAGAAGUAUGGUGCUGAUGCCCUCAGAUUAUAUCUGAUUAACUCCCCUGUGGUGAGAGCAGAAAACCUCCGCUUUAAAGAAGAGGGUGUGCGGGACGUCCUUAAGGAUGUACUGCUCCCAUGGUACAAUGCCUAUCGCUUCUUAAUCCAGAACGUUCUGAGGCUCCAGAAGGAGGAAGAAAUAGAAUUUCUCUACAAUGAGAACACGGUUAGAGAAAGCCCCAACAUUACAGACCGGUGGAUCCUGUCCUUCAUGCAGUCUCUCAUUGGCUUCUUUGAGACUGAAAUGGCAGCUUAUAGGCUUUAUACUGUGGUGCCUCGCCUGGUCAAGUUUGUAGAUAUUCUGACCAAUUGGUAUGUUAGAAUGAACCGCAGAAGAUUAAAGGGUGAAAAUGGGAUGGAGGAUUGUGUCAUGGCCCUAGAAACCUUGUUUAGUGUUCUGCUUUCUCUUUGCAGACUUAUGGCUCCCUACACACCUUUUCUCACUGAAUUGAUGUACCAGAAUCUAAAGGUGCUGAUUGACCCUGUUUCUGUUCAGGACAAGGACACACUCAGCAUUCACUACCUCAUGCUGCCCCGUGUUCGAGAAGAAUUGAUUGACAAGAAAACAGAGAGUGCAGUAUCUCAGAUGCAGUCUGUGAUUGAACUUGGAAGAGUGAUCAGAGACCGAAAAACUAUUCCCAUAAAGUAUCCUUUGAAAGAAAUUGUGGUUAUCCAUCAAGAUCCAGAAGCUCUUAAAGAUAUCAAGUCUUUGGAGAAGUAUAUCAUUGAGGAACUCAAUGUUCGAAAAGUUACACUGUCUACAGAUAAAAACAAGUAUGGCAUUCGGCUAAGGGCAGAACCAGAUCACAUGGUCCUGGGGAAGCGUCUGAAGGGAGCCUUUAAGGCAGUGAUGACGUCCAUCAAGCAGUUGAGCAGUGAGGAGCUGGAGCAGUUCCAGAAGACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-799.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -851.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 465.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.(((.(((((.((((((((......(((((..((((((.....(((((((((..((((((.(((((((((((((((((.((......((((((((((.(((.(((((((.........(((((((((..((((.((((((((..(((.(((....(((....................))).....))).)))....)))))...))).))))(((((((.......(((.(((.((((((((............((((((((((((....)))))..)))))))...........))))).))).).)).))).......)))))))))))).)))))))))))))).))))))))))((((......((((((((..((....))..))))))))(((.((..((((((((.........))))))..))..))))).((((((....((((.(((....(((..(((((((.......)))))).)..)))))).)))).....)))))))))).)).)))))))))))))))))..(((....)))....((((.......))))..))).))).)))))))))..((((((((((((((((.(.........).)))))))..(((........))))))))..))))(((((((..(((.((((((((.....))))).............(((((.((((...(((((((((((.......))))....(((.(((((....))))))))....((((((((((..(.((....((((.......))))((.((.(((....))).)).)).......((((((((((..((((....(((.((.......)).)))..))))....((((((...((((...........))))...))))))..)))))))..))))).)..))))))))))...(((((((((....((((......))))......)).)))))))((((((......))))))))))))))))).)))))....))).))).))))))).((((((.((((((((..(((..........)))((((........)))).......((((((.((((.....)))).)))))).))))))))....))))))((((((((....((......(((((........))))))).))))))))........((((.((((((.....((........))......(((((.....)))))..((((....(((((...))))).....))))((((((....))))))..(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..(((.....((((...)))))))))))...)))).))).))).))))))..........((((((((((((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((..((.((((...)))))).(((((((((.((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).)))))))..(((((((((((...(.(((.((((((((.((......)).))).)))))..))).)...))))))...((((((..((((((((.((......)).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))..................))))))))))).....))).)))).)).)))))).))).))))(((((...)))))....((.(((((......(((((.((.....)).))))).....)).))).))((((.((((((....)))))).))))))))))))).)))))).)))))))))))..)))))).)))).)))))))))))))))))))...........(((((......)))))...((((......))))....))))).)))..)))))))(..(((.(((...(((((((..............)))))))....((((.(..((((........))))).))))((((.((.((((((((((((((((((((((..........)))))))))....((((((.((((((((((......(((...((........))....))).....))))..)))))).))))))......))))))))))...((((((((.(((((((((.....(((...........))).....))))))).))(((((((((((((((..((((..(((((((((...((((((..........))))))....))))))........))).))))..)).)))))).).)).))))...((((((((.((((.(((((..((((....))))))))).))))..........(((((.........((((((...((..((((((....))).)))..))......((((.((((((.....))))))))))........(((((((...))))))).(((((..((((.(((.................))).)))).))))).))))))(((.((((.......)))).))))))))))))))))))))))))......((..(((((.....))))).))...))).))))))(((((((...))))))).)))))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.(((,({,{{.((((((((......(((((..((((((...,,(((((((((..((((((.(((((((((((((((((.({.,,...((((((((((.({{{(((((((.,,.({{,...||||.((((,,,,.||||((((,,(((.(((....{{{..,,.........,|,,...))),....))).))).,..)))),...||,{{{||(((((((....,,,(({.{(({((({{{{{.....,.,....((((((((((((....))))}.,)))))))}))},},.,,.))))).))),).}}.}}}.......))))))))))).)},..)))))))))).)))))))))),{||...,..((((((((..(,....)),.)))))))){{{|{{..{{((((((.........))))))..,}.,,},,}{{(((({....((((.{{{...{{{{..,((((((.......)))))).,,.}))))).)))).....})))))),,,.}).)))))))))))))))))..{((....}}}....((((.......)}))..)))}})).)))))))))..{(({,,,,,(((((((.(.........).)))))))..(((........))).,,,,..}))}(((((((..(((.((((((((.....)))))...........,.(((((.((((...(((((((((((.......)))),....{,,{{((((({{{{{{..{{.{{{(((,{(((({....,{...{({{(,,,,.,.|||||{.||..|,.,,.,,}.,)))}}}.}}..}),))))}|}},((((..,.(((.((.......)).))),.))))....((((((...{{{{.,.........}}}}...))))))...,,((({,,{{((((((((.{(,.......}},}}.},,})).)))))))).,((((((........))))))}((((((......))))))})))))))))).))))).}..))).))).))))))).((((((.((((((((.((((..........)))|(((........}}}}.,.....((((((.((((.....)))).)))))).))))))))....))))))((((((((....((......((((({......,))))))).))))))))........{(((.((((((...,,((,,......}}.,{{..(((((.....)))))..||,{....(((((...)))))..,,,}}})||{{(|....)}}}},..(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..((({....{{{{...}}}))))))))...)))).))).)))}})))))..........(((((((((,((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((.{({.((({...})))}}.(((((((({{((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).))))))),.(((((((((((...{.(((.((((((((.,(,,....,),))).)))))..))).,...))))))...((((((..((((((((.{{......}).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))...,,...........})))))))))))).....)}).)))).)).)))))).))).)))|(((((...)))))}...((.{((((.,....(((((.((.....)).))))).....),}))).))((((.{(((((....)))))}.))))))))))))).)))))).)))))))))))..)))))).)))).)))))))))))))))))))....,,,},.,((((({{,..,|,,,,,,.{|{|}}}}}}),,}....}}}},.}}}..)))))))(..(({,(((...(((((((..............)))))))....((((.(,,((((........)))))}))))((({{((.(((((((((((((,((((((((..........))))))))|,...((((((.((((((((((......(((...((.,....,.))....))).....)))),.}))))).))))))..,...)))))))))}|..((((((((.{{(((((((.....(((.......,...))).....})))))),||((({{({(((((((({,((((..{,,((((((...((((((..........))))))....))))))........))).}}))}.))))))))).).)).))))...((((((((.((((.(((((..((((....))))))))).))))..........(((((.....,...,{{{{{...((..((((((....))).}))..)).....,((({{((((((.....))))))))))..,,....(((((((...))))))).|{{{{..((({.{((((,,..........,,.,)).}))).})))}}},,}}}(((.((((.......)))).)))))))}))))))))))))))))......((..(((((.....))))).))..,))).))))))(((((((...))))))).)))))).)
Back