Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_IARS_0009200

Sequence Length

1750 nt

GC Content

0.4629

GUGGGUCUUCAAACAACUCUAUGAUAAAGGCCUUGUUUAUAGAGGUGUGAAAGUCAUGCCCUUCUCUACGGCAUGUAACACUCCACUUUCCAACUUCGAGUCACACCAGAAUUAUAAGGAUGUUCAAGAUCCUUCAGUAUUUGUAACUUUCCCUUUGGAAGAAGAUGAAACUGUAUCUUUAGUUGCUUGGACAACCACUCCCUGGACUCUACCUAGUAACCUUGCUGUGUGUGUUAAUCCAGAAAUGCAAUAUGUGAAAAUUAAAGAUGUUGCCAGAGGACGAUUACUCAUUUUAAUGGAAGCCAGAUUGUCAGCCCUCUAUAAAUUGGAGAGUGACUAUGAGAUCCUUGAAAGAUUUCCUGGUGCCUAUCUUAAAGGCAAGAAGUACAGGCCCCUGUUUGACUAUUUCCUGAAGUGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAGAUCAGACACUCCUCUAAUUUACAAAGCAGUGCCCAGCUGGUUUGUGCGAGUGGAGAACAUGGUGGACCAGCUCCUAAGGAACAAUGACCUGUGCUACUGGGUCCCAGAGUUGGUACGAGAAAAACGAUUUGGAAAUUGGCUGAAAGAUGCACGUGACUGGACAAUUUCCAGAAACAGAUACUGGGGCACCCCCAUCCCACUGUGGGUCAGCGAUGACUUUGAGGAGGUGGUAUGCAUUGGGUCAGUGGCGGAACUUGAAGAACUGUCAGGAGCAAAGAUCUCAGAUCUCCACAGAGAGAGUGUUGACCACCUGACCAUUCCUUCACGCUGUGGGAAGGGAUCCUUGCACCGCAUCUCUGAAGUGUUUGACUGUUGGUUUGAGAGUGGCAGCAUGCCCUAUGCUCAGGUUCAUUACCCGUUUGAAAACAAGAGGGAGUUUGAGGAUGCUUUUCCUGCAGAUUUCAUUGCCGAGGGCAUCGACCAAACCAGAGGAUGGUUUUAUACCCUGCUGGUGCUGGCCACGGCCCUCUUUGGACAACCGCCUUUCAAGAACGUAAUUGUGAAUGGGCUUGUCCUGGCAAGUGAUGGCCAAAAAAUGAGCAAACGGAAAAAGAAUUAUCCAGAUCCAGUUUCCAUCAUCCAGAAGUAUGGUGCUGAUGCCCUCAGAUUAUAUCUGAUUAACUCCCCUGUGGUGAGAGCAGAAAACCUCCGCUUUAAAGAAGAGGGUGUGCGGGACGUCCUUAAGGAUGUACUGCUCCCAUGGUACAAUGCCUAUCGCUUCUUAAUCCAGAACGUUCUGAGGCUCCAGAAGGAGGAAGAAAUAGAAUUUCUCUACAAUGAGAACACGGUUAGAGAAAGCCCCAACAUUACAGACCGGUGGAUCCUGUCCUUCAUGCAGUCUCUCAUUGGCUUCUUUGAGACUGAAAUGGCAGCUUAUAGGCUUUAUACUGUGGUGCCUCGCCUGGUCAAGUUUGUAGAUAUUCUGACCAAUUGGUAUGUUAGAAUGAACCGCAGAAGAUUAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-531.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -564.43

Frequency: 0.0000

Diversity: 489.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((((.......(((((((..((....))..)))))))(((((((...))))))).........(((((((..(((((((....(((((.(((((.(((..((((.....((((((.......))))))((((((((((....((((....))))(((((((......))))))).((((......))))..(((..(.((((((((((((((.....((((((.(((.............(((((((.(.........).)))))))..(((........))).......(((.(((((((..(((.((((((((.....))))).............(((((.((((...(((((((((((.......))))....(((.(((((....))))))))....((((((((((..(.((....((((.......))))((.((.(((....))).)).)).......((((((((((..((((....(((.((.......)).)))..))))....((((((...((((...........))))...))))))..)))))))..))))).)..))))))))))...(((((((((....((((......))))......)).)))))))((((((......))))))))))))))))).)))))....))).))).))))))).))).......))).))))))...((((...(((((..((((....((((.((....((((((.((((.....)))).))))))..)).))))....))))...)))))....)))).(((......)))..))))))))...)))))).)...)))........(((((((((((.......................))))))))))).))))))))))(((((..(((.((((((.((((((((....))))).((((((((((((..(((((...((.((((.(((.((.((.((.((...........)).)))))).))))))).))...)))))..)))))))........)))))))).)))))).))).....))).)).....))))..))))))))..)))))..)).)))))...)))))))...(((...((((((((.(((.((((....)))).)))((((((((((......)))).))))))....((((((((((((((((((.((....(((((((.........((((.((..((((((..((...((..((((((..((((((((.((......)).)))).)))))))))).))...))..))))))....)).))))...(((((..(.(((.....))).)..))))))))))))....)).))))..))))))))((((((...))))))...((......))((((((.(((.....((((..((....))..))))....((((.((((((....)))))).))))..((((((((.((.((((((.(((((((..(((......(((((......))))))))..))))........(((((......)))))...((((......))))...........(((.((.....)).)))..((((.(((((((..............)))))))..)))).)))..)))))).)).)))))))))))))))))(((((((((........))).)))))).))))))......))))))))))))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{{(((((((..{(,.((((((((..(,....)),.)))))))),||}|,,.,.|{{||({{{.{,{..(((((((..{{{{(((,,,,({(((,{{{((,(((,,((((.....,,(((({{..,,{||||||((((((((((...{((((....))))|,{{,,,..,,{{|||||||{((,,..,({....}}|,,,.(((((,.{((({(((((....}||||,|,|||....}}}}}....(((((((.(.........).)))))))..(((........))).......{((.{((((((..(((.((((((((.....)))))...........,.(((((.((((...(((((((((((.......)))),....{,,{{((((({{(({{..{{.{{{(((,{(((({....,{...{{{{(,,,,.,.|||||{.||..|,.,,.,,}.,)))}}}.}}..}),))))}}}},((((..,.(((.((.......)).))),.))))....((((((...{{{{.,.........,}}}...))))))...,,((({,,{{((((((((.((,.......}},}}.},,})).)))))))).,{(((((........))))))}((((((......))))))})))))))))).))))).}..))).))).))))))}.}}|{{{.{,,||{{{.||{{..........||||{||,,,,....|||{.{{....((((((.((((.....)))).)))))).,)),))))....})))}}{|||||{{..,,||......{{{{{|,..,,,}))))}}},))))))))..,,,.....,,,{{{{{,|||||}|},,,,}}}}}}.,}..{{{{{,,,,,))))),.))))))))))(((...,|||.((((((.((((((((....))))).,(((((((((((..(((((...((.((((.(((.{({(,,((.((,,.....,...}).)))))).))))))).))...)))))..))))))}......,})}}},))).)))))),)))}},.,})},}},,},.))))..))))}))),,}}})),,,),))))),..)))))))...{(({{{(((((((({(((.((((....)))).))|((((((((((......)))).)))))),,.{((((((((((,,{(,(((.(({{{,((,(({{.....,.}}|,||}||..|||{{,..||}}}|...((((((..((((((((.{{......}).)))).)))))))))).))}},))}}))))),....,)}))))...(((((..{.{{{.....}}).}..))))),||||||,,..}|.}||},|,}}}))))|(((({...}))))}...|||..,}}}.||||((,((,,,...,,||.,||}...})}.))))},},((((.{(((((....)))))}.))))..((((((((.{{.((((((.((({{{,..,{({{{...,||||.,,{{{|||||))}|,|,,,.......,((((({,,..,|,,,,},.{|||}}}}}}},,|...........|||,||,||.,}}.}))},||,{.(((((((..............)))))))..,})).)))..)))))).}}.)))))))),)))))))|({(((.,,{{{{{.,.|||{{|||||,...}},,.}}}}}))))},)}))))),))}}..,}