Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_IARS_0010200

Sequence Length

1243 nt

GC Content

0.4859

UGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAGAUCAGACACUCCUCUAAUUUACAAAGCAGUGCCCAGCUGGUUUGUGCGAGUGGAGAACAUGGUGGACCAGCUCCUAAGGAACAAUGACCUGUGCUACUGGGUCCCAGAGUUGGUACGAGAAAAACGAUUUGGAAAUUGGCUGAAAGAUGCACGUGACUGGACAAUUUCCAGAAACAGAUACUGGGGCACCCCCAUCCCACUGUGGGUCAGCGAUGACUUUGAGGAGGUGGUAUGCAUUGGGUCAGUGGCGGAACUUGAAGAACUGUCAGGAGCAAAGAUCUCAGAUCUCCACAGAGAGAGUGUUGACCACCUGACCAUUCCUUCACGCUGUGGGAAGGGAUCCUUGCACCGCAUCUCUGAAGUGUUUGACUGUUGGUUUGAGAGUGGCAGCAUGCCCUAUGCUCAGGUUCAUUACCCGUUUGAAAACAAGAGGGAGUUUGAGGAUGCUUUUCCUGCAGAUUUCAUUGCCGAGGGCAUCGACCAAACCAGAGGAUGGUUUUAUACCCUGCUGGUGCUGGCCACGGCCCUCUUUGGACAACCGCCUUUCAAGAACGUAAUUGUGAAUGGGCUUGUCCUGGCAAGUGAUGGCCAAAAAAUGAGCAAACGGAAAAAGAAUUAUCCAGAUCCAGUUUCCAUCAUCCAGAAGUAUGGUGCUGAUGCCCUCAGAUUAUAUCUGAUUAACUCCCCUGUGGUGAGAGCAGAAAACCUCCGCUUUAAAGAAGAGGGUGUGCGGGACGUCCUUAAGGAUGUACUGCUCCCAUGGUACAAUGCCUAUCGCUUCUUAAUCCAGAACGUUCUGAGGCUCCAGAAGGAGGAAGAAAUAGAAUUUCUCUACAAUGAGAACACGGUUAGAGAAAGCCCCAACAUUACAGACCGGUGGAUCCUGUCCUUCAUGCAGUCUCUCAUUGGCUUCUUUGAGACUGAAAUGGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-399.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -419.95

Frequency: 0.0000

Diversity: 222.78

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((.(.....).))))))((((..((.((.(((....))).)).))....(((((.(((((....(((((((.((.(((((((......).))))))))....(((((((((((...............(((.........)))((((((..((((..((((((((((..(.(((((((((....((((......))))......)).))))))).)..))))....))))))..)))).(((((......)))))((..(((((((..(((.....((((((((..(((..........)))((((........)))).......((((((.((((.....)))).)))))).))))))))..((((((((((((((((....((......(((((........))))))).))))))))..........(((((....)))))((........))..((..(((((.....)))))..))......(((((...)))))..))))))))(((((....)))))...(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..(((.....((((...)))))))))))...)))).))).))).))))))..........((((((((((((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((..((.((((...)))))).(((((((((.((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).)))))))..(((((((((((...(.(((.((((((((.((......)).))).)))))..))).)...))))))...((((((..((((((((.((......)).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))..................))))))))))).....))).)))).)).)))))).))).))))(((((...)))))....((.(((((......(((((.((.....)).))))).....)).))).))((((.((((((....)))))).))))))))))))).)))))).)))))))))))....((((....)))).))).)))))))..))...))))))...(((((......)))))...((((......)))))))....)))))))))))))))))))))))))...(((((((..............))))))).....))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.((((.(.....).))))))((((.,((.((.(((....))).)).}).,..(((((.(((((,...{((((((.((.(((((({......).))))))}}....(((((((((((..,............{{{..,......}}}((({{{..((((,,(({((((({{..{.(((({{{{{,,.,{|{|.,,..,}))),...,.)}.))))))),|,{||},....))))))..}}}}.(((((......)))))((..(((((((..(((.,,,,({{{{(((.((((..........)))||||........||||.{{....((((((.((((.....)))).)))))).}))}))))..{{{|||||((((((((....((......((((({......,))))))).))))))))..........,,.(((((((((((,(,.......,,..,,..,|||.})))))))))}.,,.,....(((((...)))))..}}})))))(((((....))))),..(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..((({....{{{{...}}}))))))))...)))).))).)))}})))))..........(((((((((,((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((.{({.((({...})))}}.(((((((({{((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).))))))),.(((((((((((...{.(((.((((((((.,(,,....,),))).)))))..))).,...))))))...((((((..((((((((.{{......}).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))...,,...........})))))))))))).....)}).)))).)).)))))).))).)))|(((((...)))))}...((.{((((.,....(((((.((.....)).))))).....),}))).))((((.{(((((....)))))}.))))))))))))).)))))).)))))))))))....{(({....)))).))).)))))))..))....,,,,}..,(((((,,,..,|}}},,,.,|||}}}},,),,}}}}....)))))))))))))))))))))))))...(((((((..............))))))).....))))