Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_IARS_0012800
Sequence Length
1512 nt
GC Content
0.4358
CAACAAAAUGCUUCAACAAGUUCCAGAAAACAUAAAUUUUCCUGCUGAAGAAGAGAAAAUCUUGGAGUUUUGGACUGAAUUUAAUUGUUUUCAGGAAUGCUUAAAGCAAUCAAAACAUAAACCAAAAUUUACCUUCUAUGAUGGUCCUCCUUUUGCAACUGGACUGCCUCACUAUGGACAUAUACUUGCGGGUACAAUUAAAGAUAUAGUUACAAGAUAUGCUCACCAGAGUGGGUUUCAUGUUGACAGAAGAUUUGGAUGGGAUUGCCAUGGCUUACCUGUGGAAUAUGAAAUUGAUAAGACACUGGGAAUCAGAGGACCAGAGGAUGUGGCCAAAAUGGGGAUUACAGAGUAUAACAAUCAGUGCCGAGCAAUUGUGAUGAGAUAUUCUGCUGAGUGGAAGUCUACUGUUAGCAGACUUGGCCGAUGGAUUGACUUUGACAAUGACUAUAAAACUCUGUAUCCACAAUUCAUGGAAUCAGUCUGGUGGGUCUUCAAACAACUCUAUGAUAAAGGCCUUGUUUAUAGAGGUGUGAAAGUCAUGCCCUUCUCUACGGCAUGUAACACUCCACUUUCCAACUUCGAGUCACACCAGAAUUAUAAGGAUGUUCAAGAUCCUUCAGUAUUUGUAACUUUCCCUUUGGAAGAAGAUGAAACUGUAUCUUUAGUUGCUUGGACAACCACUCCCUGGACUCUACCUAGUAACCUUGCUGUGUGUGUUAAUCCAGAAAUGCAAUAUGUGAAAAUUAAAGAUGUUGCCAGAGGACGAUUACUCAUUUUAAUGGAAGCCAGAUUGUCAGCCCUCUAUAAAUUGGAGAGUGACUAUGAGAUCCUUGAAAGAUUUCCUGGUGCCUAUCUUAAAGGCAAGAAGUACAGGCCCCUGUUUGACUAUUUCCUGAAGUGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAGAUCAGACACUCCUCUAAUUUACAAAGCAGUGCCCAGCUGGUUUGUGCGAGUGGAGAACAUGGUGGACCAGCUCCUAAGGAACAAUGACCUGUGCUACUGGGUCCCAGAGUUGGUACGAGAAAAACGAUUUGGAAAUUGGCUGAAAGAUGCACGUGACUGGACAAUUUCCAGAAACAGAUACUGGGGCACCCCCAUCCCACUGUGGGUCAGCGAUGACUUUGAGGAGGUGGUAUGCAUUGGGUCAGUGGCGGAACUUGAAGAACUGUCAGGAGCAAAGAUCUCAGAUCUCCACAGAGAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-425.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -455.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 421.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((......))((.......(((((.(((((((((((((((((.(((....((((.....))))..)))...)))..)))))))..))))))).)))))(((...))).(((((..((((..(((...........(((((.(((((((.((((((((((..((..(((.((((.(((.(((((.((((.((.((............)).)).)))))))))....))).))))))).))..)))).))))))........))))))).)))))........)))..))))...))))).....((((((....((((..((((.(((.(((((((((..(((((...((((((....(((((...((((((.................((((((((((((....)))))..))))))))))))).....)))))))))))((((..(((........(((..((((.......))))..)))(((((((.(.(((...(((.((((((((..((....))..)))))))).)))((((((((((((.........)))))).........)))))).......))).).))))))).....((((((.......)))))).)))..))))....))))))))))..(((((((......))))))).(((.....)))..))))))))))).)))).))))))......((((((.(((.............(((((((.(.........).)))))))..(((........))).......(((.(((((((..(((.((((((((.....))))).............(((((.((((...(((((((((((.......))))....(((.(((((....))))))))....((((((((((..(.((....((((.......))))((.((.(((....))).)).)).......((((((((((..((((....(((.((.......)).)))..))))....((((((...((((...........))))...))))))..)))))))..))))).)..))))))))))...(((((((((....((((......))))......)).)))))))((((((......))))))))))))))))).)))))....))).))).))))))).))).......))).))))))....(((((((.((((((((.((..((((.((....((((((.((((.....)))).))))))..)).))))..((..((..((((.(((((((((.....((((((((((((((((...))))...))))))...........(((((((((((.......................))))))))))).((((....(((((...))))).....)))))))))).......)))).))))).))))..))..))(.((..((((((..((...))..)))))).)).).......)).)))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((......))((({..((((((((.(((((,,.,.,|||||({(({{{{{((({,...,}}}|,({(((((({..,|||||,.,,||||||}||{,.{{||.,,)))),)},,,.......))))}))}}.,|||||,{(((,((((((,,,,.{{{,(((({..,{{.......}|((((((((..((((({.(((((((((((((((((.{{.,,...((((((((((.({{{(((((((,,,.{{{{.,.||||.((((,,,,.||||((((,,(((.(((....{{{..,,..,......,||,...))),....))).))).,,.)))),...||}{({||(((((((....,,,(({.{(({((({{{{{.....,.,....((((((((((((....))))}.,)))))))}))},},.,,.))))).)}},).}}.}}}.......))))))))))).)},..)))))))))).)))))))))),{||...,..((((((((..(,....)),.)))))))){{||{{..{{((((((.........))))))..,}.,,,,}}|{{{(({....{(((.{{{...{{{{..,((((((.......)))))).,,,,})))}.)))},,...}}))))),,,.}).)))))))))))))))))..{((,...}}}....((((......,}}}},.}}),})).)))))))},..)))))....(((((((.(.........).)))))))..)))))}.)))},}},......,||,|((((((..(((.((((((((.....)))))...........,.(((((.((((...(((((((((((.......)))),...,{{,{{((((({{{{{{..{{.{{{((({{(((({..,.,{...{||{{,,,,.{,|||||{.||..|,.,,.,,}.,)))}},.}}..))}))))}))},((((....(((.((.......)).))),.))))....((((((...(({{...........}})}...))))))...,,((({,,{(((((((((.((........)),}).},,})).)))))))).,{{{||{........))))))}((((((......))))))})))))))))).))))).}..))).))).))))))|,||(((((((((.(((.((((..........)))))))........((((.((....((((((.((((.....)))).))))))..)).))))..((((((((((((((((....((......((((({......,))))))),)))))))).,........,,.(((((((((((.(,........,...,...,}}.)))))))))))..,.,....(((((...)))))..))))))))(((((....)))))...,)))))))))..}||,||},,)))))),))))))))..,..((((..((({....{{{{...}}}))))}))).,,)))
Back