Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0001400
Sequence Length
2637 nt
GC Content
0.4278
GUACCAUGCAUUUCACGGUGGCCUUGUGGAGACAACGCCUUAACCCAAGGAAGUGACUCAAACUGUGAGAACUUCAGGUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGGUCAAUUAAAUGAAAAGCCCUUACCUGAAGGUUGGGAAAUGAGAUUCACAGUGGAUGGAAUUCCAUAUUUUGUGGACCACAAUAGAAGAACUACCACCUAUAUAGAUCCCCGCACAGGAAAAUCUGCCCUAGACAAUGGACCUCAGAUAGCCUAUGUUCGGGACUUCAAAGCAAAGGUUCAGUAUUUCCGGUUCUGGUGUCAGCAACUGGCCAUGCCACAGCACAUAAAGAUUACAGUGACAAGAAAAACAUUGUUUGAGGAUUCCUUUCAACAGAUAAUGAGCUUCAGUCCCCAAGAUCUGCGAAGACGUUUGUGGGUGAUUUUUCCAGGAGAAGAAGGUUUAGAUUAUGGAGGUGUAGCAAGAGAAUGGUUCUUUCUUUUGUCACAUGAAGUGUUGAACCCAAUGUAUUGCCUGUUUGAAUAUGCAGGGAAGGAUAACUACUGCUUGCAGAUAAACCCCGCUUCUUACAUCAAUCCAGAUCACCUGAAAUAUUUUCGUUUUAUUGGCAGAUUUAUUGCCAUGGCUCUGUUCCAUGGGAAAUUCAUAGACACGGGUUUUUCUUUACCAUUCUAUAAGCGUAUCUUGAACAAACCAGUUGGACUCAAGGAUUUAGAAUCUAUUGAUCCAGAAUUUUACAAUUCUCUCAUCUGGGUUAAGGAAAACAAUAUUGAGGAAUGUGAUUUGGAAAUGUACUUCUCCGUUGACAAAGAAAUUCUAGGUGAAAUUAAGAGUCAUGAUCUGAAACCUAAUGGUGGCAAUAUUCUUGUAACAGAAGAAAAUAAAGAGGAAUACAUCAGAAUGGUAGCUGAGUGGAGGUUGUCUCGAGGUGUUGAAGAACAGACACAAGCUUUCUUUGAAGGCUUUAAUGAAAUUCUUCCCCAGCAAUAUUUGCAAUACUUUGAUGCAAAGGAAUUAGAGGUCCUUUUAUGUGGAAUGCAAGAGAUUGAUUUGAAUGACUGGCAAAGACAUGCCAUCUACCGUCAUUAUGCAAGGACCAGCAAACAAAUCAUGUGGUUUUGGCAGUUUGUUAAAGAAAUUGAUAAUGAGAAGAGAAUGAGACUUCUGCAGUUUGUUACUGGAACCUGCCGAUUGCCAGUAGGAGGAUUUGCUGAUCUCAUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-726.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -772.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 728.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((..((((((.((((....)))).)))...)))....)))))).......((((((((.((((..(((((((......(((.(((...(..((((((((.(((..(((((((((..((((.........))))..))))).)).))..))))))))))).)))).))).......)))))))..))))..(((((....)))))((((((.(((((.(...((.(((((((..((((((..(((..(((.....((((....((((.....(((.....))).((((((((...(((((((((((.....(((((.....))))).((((((((.(((.....))).)))).)))).(((((((....(((((((((((((((((..................((((((..(((((.....((((....)))).)))))))))))((..(((((((.((((....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...(((..((.(((..((((((......(((((((((.(((.........))).)))))))))....((((...(((((((.((((....)))).)).)))))....))))((((((((......((((..((((..........(((((((.(((..((((((((.(((((((.(((((.((((..((((...((((((((((((...((....((.(((((.(((....(((((((..((((((((......)))).((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................))))))....)))).))))))).....)))))))).))...))..))))))).((...(((.....)))....)).........................)))))..)))).(((........)))..........)))))))))...((((...)))).......)))))))(((..((((((..(((....))).)))))).)))(((((((..((....))..)))))))........(((((((.........)))))))((.((((........)))))).))))))))....))).)))))))....((((((((((.....))))))..)))).))))..))))........))))))))......(((((.....))))).......))))))..)))))..)))...)))).)))))))..)))))))))))))))..)))).(((((........))))).((((((.((((((.........))))))))))))..(((((((.....(((((((((....((((.....(((.(((((..((((((..(((((((((((((........))...((((((((....((((.....))))....((((((((..(((((.(((((((((...((((...((.((((.....(.(((((((...((((....))))...))))))).)...((((..(......)..)))).....)))).)).)))).(((((((((...((((..(((((..(((((((((.((((..(.....)..)))).))))....)))))..)))))...)))).((...((((...))))..))......(((((.....(((..(((...(((((((((..((......))..)))))))))...))).))).....)))))(((((((.((((..(((((((((......((((((..((((((.....((.((((((((((((((((.......))))))))..((((...((.....))...)))).((.(((((........))))).))......)))).)))).))..))))))...))))))..........))))))))).)))).)))))))......))))))))).((.((((((.......)))))).))............))))))))).)).........)))..).))))))).........(((((.(((((((((...))))).))))))))).........((((.((((.....(((......))).....)))))))))))))))))))))))))))..))))))((..(((...)))..))..........))).)).)))....))))..))))))))).(((((.......)))))....)))))))..))))))))))))))))))...)).)))))).((((((((((((((((.......((((((((...))))))))........))))))....((((...))))))))))))))...((((((........))))))..))))...)))).....))).)))...))))))(((......)))))))))).))).))))).))))))(((((((....((...((((.(((((((.(((((((.....)))))))..(((((.........))))).((((.....))))....)))))))..))))....))...))))))).))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,((((((..((((((.((((....)))).)))...)))....)))))).,.....{(((((({.((((..(((((((.|||...,||{((,,,{,.((((((({{(((..{{(((((((..((((,......,.))))..))))).)).}}..))))))))))).,||}.},........))))}})..))))..{((((....))))}((((({.(((({.{{.,{{.((((((((.(((((,...,,|,|{,.....{({{....(((,.....{{{,....)}|.((((((((...((((((((((,.....(((((.....))))).((((((((.(((.....))).)))).)))){(((((((....{((((((((((((((((.(({.{{,(,,...,,.,}}|}))...{{.{{{....,(((,,((((((.(((((((({.((.(((((((((((({....((((....(((((((...((......))...)))))))....))))...,,,....{(((((,,(((((((...))))},,,.,}}..)))))}..,,((((..(((((..,...((((((((.((((((((..,{{{({....,})),,,.))))..)))}))))...))))...)))))..)}))..,.}},})))}}})))).)).}))}}})))).)))))))))}..,.}}}.}}(((((.{((({{..,,|...,(..,,||{.{||....||||||{..((({,{{(,,,,{{(|{{.((((((,.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).............,,..}))})),))))))}.|||}}}}}},,,|||||,||{},...{,((((((((((((...(((.(((((((((.....................,.,,,...{({((..,.{{,((({,..,...,||,,{.......,}})))})|,,.((((...))))......|||,,,..{((..((((((..(((....))).)))))).||}{{{{{{(,,((..,,)}..|}}|}}}..,||,.|(((((((.........)))))))|{.||,|.......,)))},)})}}}}}}}},..})))}})|||.,,.,{|{|||,|||,,,..}})))}|.}},,{{{....}},...,...))))))))))))...)))))},)))))),...,,,..}}}...)}})}|{|,{.,,}},))}}}}}}}}.))))))))))))))))))..)))}.(((((........))))).((((((.((((((.........))))))))))))..(((((((.....(((((((((.,,,((((,,,,.{((,(((({.{({((((,(({((((({(((((............,||||{||{|...((((.....))))...{(({{{(({,,{,{{{,(((({,(((..,(({{..,||.|||,..{{.{.(((((((,,,({{{...,))))...})))))).}.,.,{{{..{..,,..,..||}}..,,.||||.||,}|||.,{((((({(,..,,,,..||{{,.,||||,{|||.|||,.}||,,,.,..}}},.})))},.,|||}}{,|||||{{.,||)}|,,,}|||{.,,))}}..}}......{(({{...{.(((..(({...(((((((((..((......))..)))))))))...))}.))).|...}}}}}(((((((.{(((.|(((((((({......((((((..((((((.....((.(((((({(((((((((.......))))))))},|{{{...||},,|.,,.,.}|||.{(.(((((........))))).)},.....)))).)))).))..))))))...))))))..........)))))))))})))).))))))),..,,,)))}))))).||}||||{|,,,,},,))}||}.},.,{{,.,{,.,.||||}}}}}.,,},,......,....},,)))))}},...,,..|((((.(((((((({...})))).))))))))|,........,|||}||||}}}}}||{......,,}....,}}}}}}}))))}}}}|}}}}}}}}}}},}}))))},|..{,,..,||}..}},,,.....,,))).)}.)))...,))}}..))))))))).(((((.......)))))....)))))))..))))))))))))))))))...)).)))))).{(((((((((((((((....,,.((((((((...))))))))...,,...))))))....((({...})))}))))))))},..{(((((........))))))..})))...}))}.,..,}}}.}}}...))})))||,..,,,.)))))))))).))}.})))).))))))(((((((....((...((((.(((((((,{{{({,,{..{{|||||,...(((((.........))))).||||},.}},}},.))})))))))..))))....))...))))))).))))))))
Back