Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0002900
Sequence Length
2379 nt
GC Content
0.4300
AAUUGAGAAGCCAUCAUAAUUGUUUUAUAUUUAAACUUUUAAACAGAAACCUAAAUUUGCAUAAAAACUCAAGACAGCGUUUACAGUUUCAAGGCAUUUUGUUUGCCUUAUUGUAUUUGUGUACUUCUUCCAUAGUGCCUGGCAAACAGUAAGUGCCAAGUACAUUUAGUUUGAUUUUAUUUUUUAUUGUAUCUUAUUUCUUCUUUUUUGAGGUAGGGUCUUCCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGUGUGAUCAUAGCUCACUGCAGACUUGACCUCCUGGUUGGGGAGUGGUGGUGUGCACCAGUGGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAAGCAGAAGGACCCCCCCAGCCCGGGAGGCGCUCCAGAACACCCCAGCUUGGGUGACAGAGUGAGAAUCUUUCUCAAAAAAUAAAUAAGUAAAUAAAGUUGCUUGGGACAUGUUAUAUAGAUGCUAUUUAAAGCUAUCUGGAUAGGUAAUAUCCUCCAGUUUAUAAUCAUCUGUACCCCAUUGCGUGAUGGGGUGAUCAUUUUGUGAUCCACCCCACCCCAACUCAUGCAUGCUAACAGUUAUGUAUGCCUUUUCUCCAAUUUAUCUGCCUGCGUUUUGUCAGACGAUUUUCAGCGAACCUUCACUGGGCAAAGGGGAAGUCUUCUUUUGGCCCCUGUAUUACUAACAAGCAUUGACUUCUAAAUGGGUAAUUUGGUCAGGUGUGGUGGCUCACGCUGUAAUCCAGCACUUUGGGAAGUCAGGGUGGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGUUUGAAACCAGCCUGGGCAAUAUAGUGAGAUCCUGUCUCUACCAAAAAUUAAAAAAAUUAGGCGAGCAUGGUGGCACCCACUUAUAGUCUUACCUACUGGGGACUGGGUAAUAUCCUCAAGGGAAUGAGUGUAGAUAGAAUAGGGAACCAAGAACUAAGAUCUAGGAUAUGUUAGCGUUAAGAUAAUGGAGAAAAGGAAUCAUCAGAGGAUACUGAGAAGGAACAAUCUGUGUGGUAGGACACAAACCUGGAGAAUAUAUCUUGGGAACUGAAGGGAAGAAAGUAAAACAUGGAGGAGGGGAUGAACAGCCAUGUCAGAUUUUGCCAAUAAGUUAGGUAGGAUAAAGACUAGAAUUGAAAAUUGUGUUUAGUAAUGUAAAGGCCUUUGUUACAUGGUCUUCAGUAAUAAAUAGCCAGGUUAGCACUAUUUAUAUAUGUUUUUAAUGGGAAUUUUUGAUGUUUACAGUGUCUCCUUUGCCAUGUUCAGGUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-727.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -771.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 506.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(...((((((.(((((((((((((............(((((..((((........))))..))))).((((((.((((...((((((...((((((.......))))))))))))..((((.........))))((((.(((((.........))))).))))...................((((((....(((((((....((((((((((.(((.((((.((((((((((((((((((.((....(((.(((......((.....))........(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).)))))).))))))))))).)))....)).)))))))))))))))))).)))).))).)))))))))).)))))))..))))))))))))))))..(((...((((((((..(((..(((((....(((((.....)))))...)))))..)))))))))))...)))(((((((((((((((((((...))))).))))))).......)))))))....)))))))))).))).)))))))(((.((((((..(((((((((..((((......(((((.((....)).)))))...(((((..(........)..)))))..............((((........))))(((.((((((((...((((.(.((((((.((((((((((((((((.((((.((..(((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((.(((((((((((((.(((.((...((((.....)))).)).(((((((..((((((((.(((((.((...(((..((((((..........)))))))))....)).)))))..........((((((((......((((((.....(((((((((.....((((((..........((.((((......)))))).((((.((((((((((......))))...((.((((.....)))).)).(((...........)))..(((((((.((((((((((.......((((((((..((.((...........(((........)))..((((((((((((((.((((..((....(((.((((((((.((.....))))))))))..)))....))..))))...))))).))))))))))).))..))))))))......)))))))))).)))))))))))))))))...)))))).....))).)))))).))))))....))))))))..))))).)))(((((((......((((((((((((...((((((((((((...((.((((((............(((((....))))).)))))).))....(((.((.....))))).(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((.....(((((((............)))))))...((((.(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))).))))).)))).)))))).................(((((((..(((((.....((((....)))).))))))))))))..)))..)))))))))...((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).........)))))))))))).....))))))).....))))))))))..))))))))))))).)).)))))))))))))((((....(((.((....)))))))))(((.....))))))).)))))))))))))))))))))))..)).)))))))).)))))).))))))))(((..(((......))).)))(((........)))........)))).).))))....)))))))).))))))))))))))))....)))))).....((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).............((((((..((..((((...((((((((..(((..(((((....)))))...(((((((....(((.((..(((.(((...........................(((......)))(((........)))............))).)))..))))))))))))...................((((((..(((....))).)))))))))..))))))))..))))))..)))))).........(((((((.........)))))))(((((((........))))..))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(...((((((.(((((((((((((.......,,,..,{{{{..((((........}})}..}}}}}.((((((.((((|||{{{.,,...,,(((({{{{{{{{|||,,..,{{{{{{(,({{{{.....,,.}}}}}..})))}}}),.}))))))|||||||...,,...,,....,...,,{{{|,,}.{{{(({{....((((((((((.(((,((((.((((((((((((((((((.((....(((.(((.,,,..({,,...},.,...,},(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).))))))})}))))))))).)))....)).)))))))))))))))))).)))).))).)))))))))).}))))))}})))}}}))))))))))..,{{...((((((((..{{{..(((((....(((((.....)))))...)))))..)},))))))))...||,(((((((((((((((((((...)))))},)))))).......))))))),,..)))))))))).))).)))))))(((.....,,{(((((,(((,.{{{,|,,,.....(((.({....}).}}|(((,{(((((,...,}))))}}.}))|{{(({{,......,{.{{{{{,{.,,.....((((.((((((((...((((.(.(((({{.(((((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((((((((((.((((...{,..(((((((((((((((.(((((((((((((.(({.{{...,,{{.....,,}}.)).(((((((..((((((((.(((((.((,..(((..((((((.,,.....,,))))))})),.,.)).)))))..........((((((((......((((((,,,,,((((({(((,....||||{{.,........{{.((((......)))},,.{,,....|}{((((,.....})))}..,((,({{{.....)))),)}..{{....{{,,{{.,.,..(((((((.{(((((((({..,....{{((((((..((.((......,,.,.|||.......,)}}..{(((((((({((((.{(((,.(({.,.(((.((((((((.((,...,))))))))))..)))...}),,,)}))},.))))).))))))))))).))..))))))))......}))))))))}.))))))),,|,))))))..||},}}),},,.))).)))))}.))))))....))))))))..))))).)))(((((((......((((((((((((,..((((((((((((....{,((,,,,...,,,,.....{((((....}))},,)))}}},{{{{{,((({(({,....,,,}.(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((,....(((((((.,,....,,...)))))))...,{{{.(((((.((((.(((.....))).)))).))))}.))})))))).)))))},))).)))))).{{{.{{,{,,......|||||||...,,.......((((....)))).,}))))))))))}.)))..)))))))))..,((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).......,.}))))))))))).....))))))).....)))))))}))..))))))))))))).))}))))))))))))).,((({..,{{{({....,,}).,,.)))}...}}.,.)))).)))))))))))))))))))))))..)).)))))))).))))))})}))))}}(((..(((......))).))){((........)))........)))).).))))..,.)))))))).)))).,,}}}||||||.{{{((({.......((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).............||,||}),)).}}|}|}},||{||{{(,,(({,.(((({....}))))}}}||{{|||,..,|((,{{,,{{|.{{{,,.....................,}..{{{{|....,|,((({,......,||,,,.........,))}))}...||||,,,))))......,,},,...,,,..|{((((..(((....))).)))))))))},))})))})}}.))))),.||||||...))))))(((((((.........)))))))(({((((........)))),,}}})))
Back