Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ITCH_0003000

Sequence Length

1766 nt

GC Content

0.4094

AAUUGAGAAGCCAUCAUAAUUGUUUUAUAUUUAAACUUUUAAACAGAAACCUAAAUUUGCAUAAAAACUCAAGACAGCGUUUACAGUUUCAAGGCAUUUUGUUUGCCUUAUUGUAUUUGUGUACUUCUUCCAUAGUGCCUGGCAAACAGUAAGUGCCAAGUACAUUUAGUUUGAUUUUAUUUUUUAUUGUAUCUUAUUUCUUCUUUUUUGAGGUAGGGUCUUCCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGUGUGAUCAUAGCUCACUGCAGACUUGACCUCCUGGUUGGGGAGUGGUGGUGUGCACCAGUGGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAAGCAGAAGGACCCCCCCAGCCCGGGAGGCGCUCCAGAACACCCCAGCUUGGGUGACAGAGUGAGAAUCUUUCUCAAAAAAUAAAUAAGUAAAUAAAGUUGCUUGGGACAUGUUAUAUAGAUGCUAUUUAAAGCUAUCUGGAUAGGUAAUAUCCUCCAGUUUAUAAUCAUCUGUACCCCAUUGCGUGAUGGGGUGAUCAUUUUGUGAUCCACCCCACCCCAACUCAUGCAUGCUAACAGUUAUGUAUGCCUUUUCUCCAAUUUAUCUGCCUGCGUUUUGUCAGACGAUUUUCAGCGAACCUUCACUGGGCAAAGGGGAAGUCUUCUUUUGGCCCCUGUAUUACUAACAAGCAUUGACUUCUAAAUGGGUAAUUUGGUCAGGUGUGGUGGCUCACGCUGUAAUCCAGCACUUUGGGAAGUCAGGGUGGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGUUUGAAACCAGCCUGGGCAAUAUAGUGAGAUCCUGUCUCUACCAAAAAUUAAAAAAAUUAGGCGAGCAUGGUGGCACCCACUUAUAGUCUUACCUACUGGGGACUGGGUAAUAUCCUCAAGGGAAUGAGUGUAGAUAGAAUAGGGAACCAAGAACUAAGAUCUAGGAUAUGUUAGCGUUAAGAUAAUGGAGAAAAGGAAUCAUCAGAGGAUACUGAGAAGGAACAAUCUGUGUGGUAGGACACAAACCUGGAGAAUAUAUCUUGGGAACUGAAGGGAAGAAAGUAAAACAUGGAGGAGGGGAUGAACAGCCAUGUCAGAUUUUGCCAAUAAGUUAGGUAGGAUAAAGACUAGAAUUGAAAAUUGUGUUUAGUAAUGUAAAGGCCUUUGUUACAUGGUCUUCAGUAAUAAAUAGCCAGGUUAGCACUAUUUAUAUAUGUUUUUAAUGGGAAUUUUUGAUGUUUACAGUGUCUCCUUUGCCAUGUUCAGGUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-512.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -548.92

Frequency: 0.0000

Diversity: 397.84

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((...((((.........((((.......))))(((((..((((........))))..)))))..(((((((((.(((.((((((((.(((((.......)))))((((((.(((((.(((((((((....((((.(((((.........))))).)))).....(((((((((((..(((((((....(((((((....((((((((((.(((.((((.((((((((((((((((((.((....(((.(((......((.....))........(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).)))))).))))))))))).)))....)).)))))))))))))))))).)))).))).)))))))))).)))))))..)))))))..(((((((((.((((....(((((((......))).))))(((((.....)))))....((((((......(((((((...((((((((((((((((((((...))))).)))))))........((((((((((...)).))))))))(((((((((((..((((((...(((....((((.((.(((((((......(((.....)))......))))))).))((((((.((((((.((((((.((..(((((((((((....((((...((((...(((((((....))))))).....)))).))))..)))))))..(((((((((((((((...(((((((.(((...)))...))))))).....)))))..))))...))))))................((((......(((((...)))))....))))..(((..((((((..........))))))))).))))..))))).))).))))))..)))))).(((.....))))))).....)))...)))))))))))))))))....(((....))).((((((.((((.((((((((((......))))...((.((((.....)))).)).(((...........)))..(((((((.((((((((((.......((((((((..((.((...........(((........)))..((((((((((((((.((((..((....(((.((((((((.((.....))))))))))..)))....))..))))...))))).))))))))))).))..))))))))......)))))))))).))))))))))))))))).(((....)))........((((((((.(((..(((((((((..((((.........))))..))))).)).))..))))))))))))))))).....((((.......))))..((.(((((....))))).)).)))))))).))).))))...)))))).(((......)))...................)))))))))))))((......)).(((((((............)))))))...........(((((((.(((.....))).)))).)))(((((((((...((.(....).)).))))))))).............)))))))))))............))))))))).((((.(((((........))))).)))).......))))).)))))).))))).))).))))))))))))..)))).)))))....((((((..(((((((...)))).....)))..))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((...((((.....,,..((((,......}}}},,|||..{(({........))))..,}}},..(((((((((.({{.((((((((,(((((.......)))))|{((({.{((({.(((((((((,,..((((.(((((.........))))).)))).....(((((((((((..{((((({.,,.(((((((....((((((((((.(((,((((.((((((((((((((((((.((....(((.(((.,,,..({,,...},.,...,},(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).))))))})}))))))))).)))....)).)))))))))))))))))).)))).))).)))))))))).})))))).,})))},,,,(((((((((.((((.,{{(((((,,.,...,|||,,,,,(((((.....)))))...}}|||,.,,,}}}|||||{{{{,((((((({{(((((((((({...}))))||)))))}.,,,....((((((((({...}),})))))))(((((((((((..((((((...,(({{,.((((.,{.((((((({{.{,.,{.,}.}})},..,,{{||,,,,)}))||{(((.((((((.(((((,{((..(((((((((((....((((...((((...(((((({....})))))).....)))).))))..)))))))}.(((((((((((((((...(((((((.,,{,,..,,,,.)))))))..,..))))}.,))))..,})))))...............,(((,,,,..,(((((...)))))..,.)})}|.|||,.((((({.||.....,.)))))}.)},})))..))))).))).))))))..)))}},.,,|,}}}}}.,))))....,)))}..)))))))))))))))))..,{.{({{......||||||.,,,....||{((((,.....}))))...((.((((.....)))).))..,,...,||,,{,.,.,..(((((((.{(((((((({.......((((((((..((.((,......,.,.{{{.......,))}..{(((((((((((((.{(((,.(({.,.(((.((((((((.((,...,))))))))))..)))...,),,,)})),,.))))).))))))))))).))..))))))))......}))))))))}.))))))),,||))}}||.{((....)))}}......{(((((({{{((..|{{{(((((,.((((,......,.))))..))))).}).}}..))))))))))}||||}}.....{{{{.,,....,,,,.....{((((....})))},))))))}))}},))},))})},}})))},.(((......))).......,,..........)))))))))))))|{.,,,,.,,.(((((((.,,.....,...)))))))..........,(({((((.(((.....))).)))).)))|((((((((...{{.|....}.}}.))))))))).,..,,,,,,...)))))))))))....,,......))))))))),{(((.,((((|||,|,..,})}),,))},,.},}.))))}.})))}}.)))))},)).}}}))))))))).,)))).)))))....((((((..(((((((...)))),....})}..))))))..