Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0003400
Sequence Length
2497 nt
GC Content
0.4445
GUAGGGUCUUCCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGUGUGAUCAUAGCUCACUGCAGACUUGACCUCCUGGUUGGGGAGUGGUGGUGUGCACCAGUGGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAAGCAGAAGGACCCCCCCAGCCCGGGAGGCGCUCCAGAACACCCCAGCUUGGGUGACAGAGUGAGAAUCUUUCUCAAAAAAUAAAUAAGUAAAUAAAGUUGCUUGGGACAUGUUAUAUAGAUGCUAUUUAAAGCUAUCUGGAUAGGUAAUAUCCUCCAGUUUAUAAUCAUCUGUACCCCAUUGCGUGAUGGGGUGAUCAUUUUGUGAUCCACCCCACCCCAACUCAUGCAUGCUAACAGUUAUGUAUGCCUUUUCUCCAAUUUAUCUGCCUGCGUUUUGUCAGACGAUUUUCAGCGAACCUUCACUGGGCAAAGGGGAAGUCUUCUUUUGGCCCCUGUAUUACUAACAAGCAUUGACUUCUAAAUGGGUAAUUUGGUCAGGUGUGGUGGCUCACGCUGUAAUCCAGCACUUUGGGAAGUCAGGGUGGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGUUUGAAACCAGCCUGGGCAAUAUAGUGAGAUCCUGUCUCUACCAAAAAUUAAAAAAAUUAGGCGAGCAUGGUGGCACCCACUUAUAGUCUUACCUACUGGGGACUGGGUAAUAUCCUCAAGGGAAUGAGUGUAGAUAGAAUAGGGAACCAAGAACUAAGAUCUAGGAUAUGUUAGCGUUAAGAUAAUGGAGAAAAGGAAUCAUCAGAGGAUACUGAGAAGGAACAAUCUGUGUGGUAGGACACAAACCUGGAGAAUAUAUCUUGGGAACUGAAGGGAAGAAAGUAAAACAUGGAGGAGGGGAUGAACAGCCAUGUCAGAUUUUGCCAAUAAGUUAGGUAGGAUAAAGACUAGAAUUGAAAAUUGUGUUUAGUAAUGUAAAGGCCUUUGUUACAUGGUCUUCAGUAAUAAAUAGCCAGGUUAGCACUAUUUAUAUAUGUUUUUAAUGGGAAUUUUUGAUGUUUACAGUGUCUCCUUUGCCAUGUUCAGGUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAAAUGGGGUUUCGCUCUGUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUAGUGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUUAAGUGAUUCUCCUAUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGUUUACAGGUGCUUCUCAGAAUGAUGAUGGCUCCAGAUCCAAGGAUGAAACAAGAGUGAGCACAAAUGGAUCAGAUGACCCUGAAGAUGCAGGAGCUGGUGAAAAUAGGAGAGUCAGUGGGAAUAAUUCUCCAUCACUCUCAAAUGGUGGUUUUAAACCUUCUAGACCUCCAAGACCUUCACGACCACCACCACCCACCCCACGUAGACCAGCAUCUGUCAAUGGUUCACCAUCUGCCACUUCUGAAAGUGAUGGGUCUAGUACAGGCUCUCUGCCGCCGACAAAUACAAAUACAAAUACAUCUGAAGGAGCAACAUCUGGAUUAAUAAUUCCUCUUACUAUAUCUGGAGGCUCAGGCCCUAGGCCAUUAAAUCCUGUAACUCAAGCUCCCUUGCCACCUGGUUGGGAGCAGAGAGUGGACCAGCACGGGCGAGUUUACUAUGUAGAUCAUGUUGAGAAAAGAACAACAUGGGAUAGACCAGAACCUCUACCUCCUGGCUGGGAACGGCGGGUUGACAACAUGGGACGUAUUUAUUAUGUUGACCAUUUCACAAGAACAACAACGUGGCAGAGGCCAACACUGGAAUCCGUCCGGAACUAUGAACAAUGGCAGCUACAGCGUAGUCAGCUUCAAGGAGCAAUGCAGCAGUUUAACCAGAGAUUCAUUUAUGGGAAUCAAGAUUUAUUUGCUACAUCACAAAGUAAAGAAUUUGAUCCUCUUGGUCCAUUGCCACCUGGAUGGGAGAAGAGAACAGACAGCAAUGGCAGAGUAUAUUUCGUCAACCACAACACACGAAUUACACAAUGGGAAGACCCCAGAAGUCAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-774.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -820.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 487.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((.((((((((((((((((((.((....(((.(((......((.....))........(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).)))))).))))))))))).)))....)).))))))))))))))))))((((((...)))))).........(((((((......)))))))..........((((((((..(((..(((((....(((((.....)))))...)))))..))))))))))).(((((((.((((((((((((((((...))))).))))))............((((((..........))))))...............(((((((((..(((((.....((((((((........((.((((....(((((..(........)..))))).............((((((.(((((....((((.((((((((...((((.(.((((((.((((((((((((((((.((((.((..(((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((((((((((.(((((((((((((.(((.((...((((.....)))).)).(((((((..((((((((.(((((.((...(((..((((((..........)))))))))....)).)))))..........((((((((......((((((.....(((((((((.....((((((..........((.((((......)))))).((((.((((((((((......))))...((.((((.....)))).)).(((...........)))..(((((((.((((((((((.......((((((((..((.((...........(((........)))..((((((((((((((.((((..((....(((.((((((((.((.....))))))))))..)))....))..))))...))))).))))))))))).))..))))))))......)))))))))).)))))))))))))))))...)))))).....))).)))))).))))))....))))))))..))))).)))(((((((......((((((((((((...((((((((((((...((.((((((............(((((....))))).)))))).))....(((.((.....))))).(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((.....(((((((............)))))))...((((.(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))).))))).)))).)))))).................(((((((..(((((.....((((....)))).))))))))))))..)))..)))))))))...((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).........)))))))))))).....))))))).....))))))))))..))))))))))))).)).)))))))))))))((((....(((.((....)))))))))(((.....))))))).)))))))))))))))))))))))..)).)))))))).)))))).))))))))(((..(((......))).)))(((........)))........)))).).))))....)))))))).))))(((((..(((((.((((((........((((((..(((((((...))).)))).))))))...((((((((........(((.(.....).))).......)))))))).................)))))).)))))..((((....))))((((((.(((....(((((((((((((((...(((.(((((((((................((((((.(((.(.(..(((((....(((........)))...........((((.(((....)))))))(((......(((....((((..((((((..(((....))).))))))...)))))))(((((.((((...((((((...))))))(((((((.........)))))))((.((((........)))))).)))))))))....)))..)))).)..).).))).))))))....(((((.....(((....))))))))..))))))))))))...))))).)))))))....)))..)))...))))))((((...))))....))))))))))))))))..........)))).))........))))))))..((((.((((..(((........)))..))))..))))(((((..((((((........))))))..))))).)))))..)))..)))))).......((((............))))))))).))))))))))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((({((((((((((((((((((.((....(((.(((.,,,..({,,...},.,...,},(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).))))))})}))))))))).)))....)).))))))))))))))))))((((({...}))))).........(((((((......))))))).......,..((((((((..{{{..(((((....(((((.....)))))...)))))..}},)))))))).,((((((,((({((((((((((((...)))))},)))))}.......,(,{(((((({....,,,}}))))),(((((((((.,,{{,,{(({(,,({{{,.,.,,}}}}.....{({.({....}).}}||||,,(((((..{..,,},,,}.,)))}|{,...........((((((.(((((....((((.((((((((...((((.(.(((({{.(((((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((((((((((.((((...{,..(((((((((((((((.(((((((((((((.(({.{{...,,{{.....,,}}.)).(((((((..((((((((.(((((.((,..(((..((((((.,,.....,,))))))})),.,.)).)))))..........((((((((......((((((,,,,,((((({(((,....||||{{.,........{{.((((......)))},,.{,,....|}{((((,.....})))}..,((,({{{.....)))),)}..{{....{{,,{{.,.,..(((((((.{(((((((({..,....{{((((((..((.((......,,.,.|||.......,)}}..{(((((((({((((.{(((,.(({.,.(((.((((((((.((,...,))))))))))..)))...}),,,)}))},.))))).))))))))))).))..))))))))......}))))))))}.))))))),,|,))))))..||},}}),},,.))).)))))}.))))))....))))))))..))))).)))(((((((......((((((((((((,..((((((((((((....{,((,,,,...,,,,.....{((((....}))},,)))}}},{{{{{,((({(({,....,,,}.(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((,....(((((((.,,....,,...)))))))...,{{{.(((((.((((.(((.....))).)))).))))}.))})))))).)))))},))).)))))).{{{.{{,{,,......|||||||...,,.......((((....)))).,}))))))))))}.)))..)))))))))..,((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).......,.}))))))))))).....))))))).....)))))))}))..))))))))))))).))}))))))))))))).,((({..,{{{({....,,}).,,.)))}...}}.,.)))).)))))))))))))))))))))))..)).)))))))).))))))})}))))}}(((..(((......))).))){((........)))........)))).).))))..,.)))))))).))))(((((.,(((((.((((((........((((((..((((((,...,)).)))).))))))...((((((((........(((.{.....}.))).......)))))))).................)))))).))))},.((((....)))){(((((.(((....,{,((((((((((((...(((.(((((((((...................,.,.,,,...{((((..,.,{,((({,..,....||,,{......,,||)))})|,,.((((...)))).....,|||.,...{((..((((((..(((....))).)))))).||}{{{{{{(,,((.,,,|}..|}||}}}..,||,.|(((((((.........)))))))|{.||,{.......,))),,),))}}}|||}...})))}})|||.,..,{{{|||,|||,,,..}})))}|.}},,{{{....}},.......))))))))))))...)))))},)))))),...},}..))}...)))))}((((...))))....))))}))))))))))).{{{|{...{{{{{,({.,,......|{|||||{((((({.((((((.........))))))}))))))))}|}}}|}||..}}})),...,)))).)))))))))..,..,,.))},}})||}}||..,.{((((............)))))}))}.)}})))))))))))............
Back