Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ITCH_0003600
Sequence Length
1554 nt
GC Content
0.4260
GUAGGGUCUUCCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGUGUGAUCAUAGCUCACUGCAGACUUGACCUCCUGGUUGGGGAGUGGUGGUGUGCACCAGUGGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAAGCAGAAGGACCCCCCCAGCCCGGGAGGCGCUCCAGAACACCCCAGCUUGGGUGACAGAGUGAGAAUCUUUCUCAAAAAAUAAAUAAGUAAAUAAAGUUGCUUGGGACAUGUUAUAUAGAUGCUAUUUAAAGCUAUCUGGAUAGGUAAUAUCCUCCAGUUUAUAAUCAUCUGUACCCCAUUGCGUGAUGGGGUGAUCAUUUUGUGAUCCACCCCACCCCAACUCAUGCAUGCUAACAGUUAUGUAUGCCUUUUCUCCAAUUUAUCUGCCUGCGUUUUGUCAGACGAUUUUCAGCGAACCUUCACUGGGCAAAGGGGAAGUCUUCUUUUGGCCCCUGUAUUACUAACAAGCAUUGACUUCUAAAUGGGUAAUUUGGUCAGGUGUGGUGGCUCACGCUGUAAUCCAGCACUUUGGGAAGUCAGGGUGGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGUUUGAAACCAGCCUGGGCAAUAUAGUGAGAUCCUGUCUCUACCAAAAAUUAAAAAAAUUAGGCGAGCAUGGUGGCACCCACUUAUAGUCUUACCUACUGGGGACUGGGUAAUAUCCUCAAGGGAAUGAGUGUAGAUAGAAUAGGGAACCAAGAACUAAGAUCUAGGAUAUGUUAGCGUUAAGAUAAUGGAGAAAAGGAAUCAUCAGAGGAUACUGAGAAGGAACAAUCUGUGUGGUAGGACACAAACCUGGAGAAUAUAUCUUGGGAACUGAAGGGAAGAAAGUAAAACAUGGAGGAGGGGAUGAACAGCCAUGUCAGAUUUUGCCAAUAAGUUAGGUAGGAUAAAGACUAGAAUUGAAAAUUGUGUUUAGUAAUGUAAAGGCCUUUGUUACAUGGUCUUCAGUAAUAAAUAGCCAGGUUAGCACUAUUUAUAUAUGUUUUUAAUGGGAAUUUUUGAUGUUUACAGUGUCUCCUUUGCCAUGUUCAGGUUUUCCAACCUAUUGGUGGUAUGUCUGACAGUGGAUCACAACUUGGUUCAAUGGGUAGCCUCACCAUGAAAUCACAGCUUCAGAUCACUGUCAUCUCAGCAAAACUUAAGGAAAAUAAGAAGAAUUGGUUUGGACCAAGUCCUUACGUAGAGGUCACAGUAGAUGGACAGUCAAAGAAGACAGAAAAAUGCAACAACACAAACAGUCCCAAGUGGAAGCAACCCCUUACAGUUAUCGUUACCCCUGUGAGUAAAUUACAUUUUCGUGUGUGGAGUCACCAGACACUGAAAUCUGAUGUUUUGUUGGGAACUGCUGCAUUAGAUAUUUAUGAAACAUUAAAGUCAAACAAUAUGAAACUUGAAGAAGUAGUUGUGACUUUGCAGCUUGGAGGUGACAAAGAGCCAACAGAGACAAUAGGAGACUUGUCAAUUUGUCUUGAUGGGCUACAGUUAGAGUCUGAAGUUGUUACCAAUGGUGAAACUACAUGUUCAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-467.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -496.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 257.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.....((((.((((((((((((((((((.((....(((.(((......((.....))........(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).)))))).))))))))))).)))....)).)))))))))))))))))).))))..)(((((...........(((((((......)))))))((((((((...(((((((..(((..(((((....(((((.....)))))...)))))..))))))))))((((((((....))))))))(((((..(((((((((((.....(((....((((((((((...)).))))))))(((((((((((..((((((...(((....((((.((.(((((((......(((.....)))......))))))).))((((((.((((((.((((((.((..(((((((((((....((((...((((...(((((((....))))))).....)))).))))..)))))))..(((((((((((((((...(((((((.(((...)))...))))))).....)))))..))))...))))))................((((......(((((...)))))....))))..(((..((((((..........))))))))).))))..))))).))).))))))..)))))).(((.....))))))).....)))...)))))))))))))))))..((.((((......))))))..........(((((......)))))...((.((((.....)))).)).......)))...........((((((.((((((((((.......((((((((..((.((...........(((........)))..((((((((((((((.((((..((....(((.((((((((.((.....))))))))))..)))....))..))))...))))).))))))))))).))..))))))))......)))))))))).))))))(((((....(((.((....)))))....)))))..)))))))))))..)))))....((....))(((((((......((((((((((((...((((((((((((...((.((((((............(((((....))))).)))))).))....(((.((.....))))).(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((.....(((((((............)))))))...((((.(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))).))))).)))).)))))).................(((((((..(((((.....((((....)))).))))))))))))..)))..)))))))))...((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).........)))))))))))).....)))))))....)))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.....((((.((((((((((((((((((.((....(((.(((.,,,..({,,...},.,...,},(((((((((((((((.(((((.....))))).)(((((..(((..((((....)))))))....))))).))))))})}))))))))).)))....)).)))))))))))))))))).))))..)(((((...........(((((((......)))))))((((((((..,(((((((..{{{..(((((....(((((.....)))))...)))))..}},)))))))|(((((((....)))))))}(((((..(((((((((((,,,..{{,....((((((((({...}),})))))))(((((((((((..((((((...,(({{,.((((.,{.((((((({{.{,.,{.,}.}})},..,,{{||,,,,)}))||{(((.((((((.(((((,{((..(((((((((((....((((...((((...(((((({....})))))).....)))).))))..)))))))}.(((((((((((((((...(((((((.,,{,,..,,,,.)))))))..,..))))}.,))))..,})))))...............,(((,,,,..,(((((...)))))..,.)})}|.|||,.((((({.||.....,.)))))}.)},})))..))))).))).))))))..)))}},.,,|,}}}}}.,))))....,)))}..)))))))))))))))))..{{.((((......))))}}.,,.....,,|((((......)))))...((.((((.....)))).)).......}))..........,((((((.{(((((((({.......((((((((..((.((,......,.,.{{{.......,)}}..{(((((((((((((.{(((,.(({.,.(((.((((((((.((,...,))))))))))..)))...,),,,)})),,.))))).))))))))))).))..))))))))......}))))))))}.))))))|((({,.,.((,,((....)))))...,))))}..)))))))))))..))))),...((....))(((((((......((((((((((((,..((((((((((((....{,((,,,,...,,,,.....{((((....}))},,)))}}},{{{{{,((({(({,....,,,}.(((......))).....((((((..........(((((((((...(((((,....(((((((.,,....,,...)))))))...,{{{.(((((.((((.(((.....))).)))).))))}.))})))))).)))))},))).)))))).{{{.{{,{,,......|||||||...,,.......((((....)))).,}))))))))))}.)))..)))))))))..,((((....(((((((...((......))...)))))))....)))).......,.}))))))))))).....)))))))....)))))))))))))
Back